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- PDB-6l85: The sodium-dependent phosphate transporter -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l85
タイトルThe sodium-dependent phosphate transporter
要素Phosphate transporter
キーワードMEMBRANE PROTEIN / PHOSPHATE BINDING / SODIUM-DEPENDENT PHOSPHATE IMPORT / TRANSPORT PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphate transmembrane transporter activity / phosphate ion transport / phosphate ion transmembrane transport / membrane => GO:0016020 / membrane
類似検索 - 分子機能
Phosphate transporter / Phosphate transporter family
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Phosphate transporter / Phosphate transporter
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.302 Å
データ登録者Tsai, J.-Y. / Sun, Y.-J.
資金援助 台湾, 2件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2321-B-007-002 台湾
Ministry of Science and Technology (Taiwan)108-2811-B-007-504 台湾
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structure of the sodium-dependent phosphate transporter reveals insights into human solute carrier SLC20.
著者: Tsai, J.-Y. / Chu, C.-H. / Lin, M.-G. / Chou, Y.-H. / Hong, R.-Y. / Yen, C.-Y. / Hsiao, C.-D. / Sun, Y.-J.
履歴
登録2019年11月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Phosphate transporter
B: Phosphate transporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)88,47824
ポリマ－85,4512
非ポリマー3,02722
水2,828157
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7210 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area30790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)121.178, 112.650, 110.792
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 119.360, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Phosphate transporter


分子量: 42725.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
遺伝子: Tmari_0259 / プラスミド: pYES2 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 株 (発現宿主): BJ2168 / 参照: UniProt: R4NN92, UniProt: Q9WY99*PLUS
#5: 糖 ChemComp-LMT / DODECYL-BETA-D-MALTOSIDE / ドデシルβ-D-マルトシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 510.615 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C24H46O11 / コメント: 可溶化剤*YM

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非ポリマー , 4種, 176分子

#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C4H10O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 157 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50mM sodium citrate (pH 5.5), 100mM NaCl, 18-20% (w/v) pentaerythritol propoxylate (5/4 PO/OH) and 10-12% polyethylene glycol 300

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: TPS 05A / 波長: 0.9998 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300-HS / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月3日
放射モノクロメーター: LN2-Cooled Fixed-Exit Double Crystal Si(111)
プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9998 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→30 Å / Num. obs: 56236 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 43.5 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.052 / Χ2: 0.875 / Net I/σ(I): 12.4 / Num. measured all: 208830
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.3-2.3830.35551930.8750.2270.4230.51691.2
2.38-2.483.40.30855520.9130.1910.3630.5297.6
2.48-2.593.70.22356780.9590.1330.260.54998.8
2.59-2.733.90.16256490.9810.0950.1880.59598.9
2.73-2.93.90.11156340.990.0650.1290.64798.9
2.9-3.123.90.08456720.9940.0490.0970.74599.1
3.12-3.433.90.05457120.9970.0320.0620.89799.3
3.43-3.933.90.03756970.9980.0220.0431.21699.3
3.93-4.953.80.0357070.9990.0180.0351.52199.3
4.95-303.70.02457420.9990.0140.0281.36798.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.302→29.399 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 22.84 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2241 2864 5.09 %
Rwork0.1879 53361 -
obs0.1898 56225 97.96 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 112.03 Å2 / Biso mean: 51.4142 Å2 / Biso min: 30.06 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.302→29.399 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5991 0 152 157 6300
Biso mean--64.6 61.47 -
残基数----801
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.3023-2.3420.27971140.2224234887
2.342-2.38460.2571360.223256193
2.3846-2.43040.27561440.2273266897
2.4304-2.480.24111380.216260298
2.48-2.53390.28981250.2086270899
2.5339-2.59280.23421350.2023271199
2.5928-2.65760.24091320.2031269699
2.6576-2.72940.21441500.1817267199
2.7294-2.80970.24961280.1827269099
2.8097-2.90030.20521390.1737268299
2.9003-3.00380.21781630.1931267799
3.0038-3.1240.22331440.1877269599
3.124-3.2660.25151580.1882270699
3.266-3.43790.18241390.1892270499
3.4379-3.65290.25041480.179269099
3.6529-3.93440.21321520.1785271999
3.9344-4.32920.2021750.1886269699
4.3292-4.95310.20981480.1773269599
4.9531-6.23050.26071450.207274699
6.2305-29.3990.20491510.1717269697

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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