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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l75 | ||||||||||||||||||||
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タイトル | Crystal structure of d(GTGGGCCGAC)2 DNA duplex | ||||||||||||||||||||
要素 | (DNA (5'-D(P*キーワード | DNA / A form DNA / GGGGCC motif / GC rich duplex / G4C2 | 機能・相同性 | DNA | 機能・相同性情報 生物種 | synthetic construct (人工物) | 手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.578 Å | データ登録者 | Hou, M.H. / Satange, R.B. / Zeng, J.Y. | 引用 | ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2021 | タイトル: Targeting the ALS/FTD-associated A-DNA kink with anthracene-based metal complex causes DNA backbone straightening and groove contraction. 著者: Jhan, C.R. / Satange, R. / Wang, S.C. / Zeng, J.Y. / Horng, Y.C. / Jin, P. / Neidle, S. / Hou, M.H. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l75.cif.gz | 34.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l75.ent.gz | 23.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l75.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l75_validation.pdf.gz | 381.7 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l75_full_validation.pdf.gz | 381.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l75_validation.xml.gz | 4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l75_validation.cif.gz | 5.6 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l75 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l7/6l75 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: DNA鎖 | 分子量: 3086.016 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3005.969 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.09 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 1mM DNA, 100mM Licl, 10mM MnCl2, 50mM MES (pH 6.5), 2.6M Sodium malonate dibasic monohydrate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL15A1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年11月11日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.5→30 Å / Num. obs: 9886 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 9.8 % / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.055 / Χ2: 0.979 / Net I/σ(I): 15.3 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: A DNA 解像度: 1.578→20.806 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.38 / 位相誤差: 23.96
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 83.26 Å2 / Biso mean: 30.0366 Å2 / Biso min: 18.54 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.578→20.806 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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