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- PDB-6l6y: Crystal Structure of Pluripotency Reprogramming Factor Sox17 muta... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6y
タイトルCrystal Structure of Pluripotency Reprogramming Factor Sox17 mutant (Sox17EK) HMG Domain bound to DNA
要素
  • DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
  • DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
  • Transcription factor SOX-17
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / TRANSCRIPTION / HMG / Stem Cell Transcription Factor / Pluripotency Reprogramming Factor / DNA BINDING PROTEIN-DNA / TRANSCRIPTION complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis ...cardiogenic plate morphogenesis / endodermal cell fate determination / regulation of cardiac cell fate specification / stem cell fate specification / endocardium formation / common bile duct development / endodermal digestive tract morphogenesis / ureter development / gallbladder development / inner cell mass cellular morphogenesis / cardiac cell fate determination / endodermal cell fate specification / regulation of stem cell division / cell migration involved in gastrulation / endoderm formation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / rostrocaudal neural tube patterning / endocardial cell differentiation / positive regulation of endodermal cell differentiation / positive regulation of stem cell differentiation / embryonic foregut morphogenesis / regulation of stem cell proliferation / endoderm development / signal transduction involved in regulation of gene expression / metanephros development / embryonic heart tube development / embryonic heart tube morphogenesis / response to alkaloid / negative regulation of Wnt signaling pathway / heart looping / endodermal cell differentiation / regulation of cell differentiation / outflow tract morphogenesis / regulation of embryonic development / anatomical structure morphogenesis / vasculogenesis / embryonic organ development / gastrulation / cellular response to leukemia inhibitory factor / stem cell differentiation / protein destabilization / negative regulation of canonical Wnt signaling pathway / negative regulation of cell growth / beta-catenin binding / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / sequence-specific double-stranded DNA binding / heart development / gene expression / spermatogenesis / DNA-binding transcription activator activity, RNA polymerase II-specific / angiogenesis / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / sequence-specific DNA binding / transcription regulator complex / protein stabilization / transcription cis-regulatory region binding / DNA-binding transcription factor activity, RNA polymerase II-specific / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / positive regulation of gene expression / regulation of DNA-templated transcription / regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of DNA-templated transcription / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / DNA binding / nucleoplasm / nucleus
類似検索 - 分子機能
Sox, C-terminal / Sox 7/17/18, central domain / Sox 17/18 central domain / Sox C-terminal domain profile. / HMG (high mobility group) box / HMG boxes A and B DNA-binding domains profile. / high mobility group / High mobility group box domain / High mobility group box domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / Transcription factor SOX-17
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Balasubramanian, M. / Kolatkar, P.R.
資金援助Qatar, 1件
組織認可番号国
Qatar FoundationIGP1 2014-004Qatar
引用
ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Pluripotency Reprogramming Factor Sox17 mutant (Sox17EK) HMG Domain bound to DNA
著者: Balasubramanian, M. / Kolatkar, P.R.
#1: ジャーナル: Bioinformatics / 年: 2019
タイトル: DeepCrystal: a deep learning framework for sequence-based protein crystallization prediction.
著者: Elbasir, A. / Moovarkumudalvan, B. / Kunji, K. / Kolatkar, P.R. / Mall, R. / Bensmail, H.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
D: Transcription factor SOX-17
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
F: Transcription factor SOX-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,8587
ポリマ－39,7626
非ポリマー961
水23413
1
A: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
B: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
D: Transcription factor SOX-17
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,9774
ポリマ－19,8813
非ポリマー961
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4160 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area10910 Å2
手法PISA
2
C: DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')
F: Transcription factor SOX-17


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)19,8813
ポリマ－19,8813
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4070 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area10550 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.040, 73.205, 81.952
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: DNA鎖 DNA (5'-D(P*GP*GP*TP*CP*TP*CP*TP*AP*TP*TP*GP*TP*CP*CP*TP*G)-3')


分子量: 4871.149 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*CP*AP*GP*GP*AP*CP*AP*AP*TP*AP*GP*AP*GP*AP*C)-3')


分子量: 4925.233 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: タンパク質 Transcription factor SOX-17


分子量: 10084.753 Da / 分子数: 2 / Mutation: E122K / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Sox17, Sox-17 / プラスミド: PETG20A / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q61473
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.68 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.1 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.6
詳細: 0.2 M Ammonium Sulfate, 30% PEG 4000, 0.1 M Tris pH 8.6

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: SEALED TUBE / タイプ: BRUKER D8 QUEST / 詳細: Bruker D8 Venture / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: BRUKER PHOTON 100 / 検出器: CMOS / 日付: 2016年7月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.99→20.97 Å / Num. obs: 16478 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 9.61 % / Biso Wilson estimate: 32.63 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.17 / Net I/σ(I): 11.02
反射 シェル解像度: 2.99→3.09 Å / 冗長度: 7.04 % / Rmerge(I) obs: 0.45 / Mean I/σ(I) obs: 2.74 / Num. unique obs: 839 / % possible all: 95.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
PHENIX1.17_3644精密化
PROTEUMデータ削減
SADABSデータスケーリング
PHENIX1.17_3644位相決定
PROTEUMデータ収集
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3F27

3f27


解像度: 3→20.97 Å / SU ML: 0.3848 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.8894
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2537 1632 9.9 %
Rwork0.1896 --
obs0.1961 16478 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 47.15 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→20.97 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1356 1306 5 13 2680
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01232854
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.25594110
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681436
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071306
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d33.1596810
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.090.37971270.29821252X-RAY DIFFRACTION99.78
3.09-3.190.27351450.24021248X-RAY DIFFRACTION100
3.19-3.30.30081360.23381213X-RAY DIFFRACTION100
3.3-3.430.30391490.21341225X-RAY DIFFRACTION99.85
3.43-3.590.27231290.20731244X-RAY DIFFRACTION100
3.59-3.780.30911320.19181232X-RAY DIFFRACTION100
3.78-4.010.22781320.17471240X-RAY DIFFRACTION100
4.01-4.320.21541320.15561251X-RAY DIFFRACTION100
4.32-4.750.20591340.16441230X-RAY DIFFRACTION100
4.75-5.420.23681390.17711249X-RAY DIFFRACTION100
5.43-6.80.21791330.16851241X-RAY DIFFRACTION100
6.8-20.970.22021440.15621221X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.44982504552-0.0150346654562-0.6480569604822.25765565865-1.529155126742.830916513660.05282521572580.1463135739010.489274339754-0.20774250325-0.00422218395787-0.449917777407-0.3914595239890.3910715027240.01403787030620.209476289746-0.1607621757560.05900339163330.3733622696410.06552770394950.25239855113721.843774519720.39712480574.88275088704
21.762991680260.203021953739-0.08278971996671.781951642750.3752252145841.739580149090.0242071320967-0.3679748275980.1699468295060.3346766519650.103623306543-0.159786837526-0.206043935362-0.1272457272190.3698891614660.245123905460.0145623904739-0.1018632140060.2874451425310.1667637997020.082867908941419.423507468621.30704235115.53088221862
32.067123501670.283275261156-0.5543414343020.582324483088-0.3127917427580.8358164864010.0400795302131-0.358335055964-0.350178716297-0.0910798323139-0.0464137635876-0.143619857260.1594792847290.1241744592370.02645299844150.108441713512-0.01098910246630.05376928722790.1558771691760.08484567131850.18068071810219.82260521667.773766230727.78369420734
40.7275499093141.017877737810.3396526254981.440864328140.4200372100191.24534652741-0.101315056721-0.651911187469-0.2037914271110.5457035527630.171265769599-0.4373985406160.6493743841190.7410057929380.07768044978410.6421958987380.38081384458-0.03872607976380.860072998395-0.1129929039430.2961730630237.3555776798-8.42136322885-5.15487968827
51.696089398810.8188165920570.3271572970941.600698186740.8364938674170.4452606743620.1200554746-0.558546616841-0.6560643317740.4445768426780.248529664527-0.4696737998610.8698524245020.551685691657-0.03519572463990.7344516429630.395790368146-0.04321311523780.8743717020130.04018365536230.42923546260436.9649978261-10.8735281099-5.6298263526
62.193676581190.8455989357641.253907044972.189764560961.01467807632.452069661480.166685519333-0.176848027398-0.4254975175830.318824308849-0.104637570242-0.2824459973820.757825895525-0.11144782675-0.0551560018030.306109874075-0.06682250167010.03006187426840.363722795351-0.1299674028640.25323271531325.8671400928-3.28937488941-6.61224228081
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 0 through 15)
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1 through 16)
3X-RAY DIFFRACTION3(chain 'D' and resid 62 through 141)
4X-RAY DIFFRACTION4(chain 'C' and resid 0 through 15)
5X-RAY DIFFRACTION5(chain 'E' and resid 1 through 16)
6X-RAY DIFFRACTION6(chain 'F' and resid 62 through 141)

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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