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万見
- PDB-6l6m: HSP18.5 from E. histolytica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l6m
タイトルHSP18.5 from E. histolytica
要素Heat shock protein hsp20 family putative
キーワードCHAPERONE / Small heat shock protein HSP18.5 Molecular chaperone E. histolytica
機能・相同性Hsp20/alpha crystallin family / Small heat shock protein (sHSP) domain profile. / Alpha crystallin/Hsp20 domain / HSP20-like chaperone / Heat shock protein, Hsp20 family, putative
機能・相同性情報
生物種Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.28000381979 Å
データ登録者Kurre, D. / Suguna, K.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Department of Science & Technology (DST, India)EMR/2016/005407 インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2021
タイトル: Network of Entamoeba histolytica HSP18.5 dimers formed by two overlapping [IV]-X-[IV] motifs.
著者: Kurre, D. / Suguna, K.
履歴
登録2019年10月29日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年11月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Heat shock protein hsp20 family putative
B: Heat shock protein hsp20 family putative
C: Heat shock protein hsp20 family putative
D: Heat shock protein hsp20 family putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3944
ポリマ－75,3944
非ポリマー00
水00
1
A: Heat shock protein hsp20 family putative
C: Heat shock protein hsp20 family putative

B: Heat shock protein hsp20 family putative
D: Heat shock protein hsp20 family putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,3944
ポリマ－75,3944
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation5_455x-1/2,y+1/2,z1
Buried area7590 Å2
ΔGint-51 kcal/mol
Surface area21730 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.237, 173.988, 159.058
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x,-y,-z
#3: -x,y,-z+1/2
#4: -x,-y,z+1/2
#5: x+1/2,y+1/2,z
#6: x+1/2,-y+1/2,-z
#7: -x+1/2,y+1/2,-z+1/2
#8: -x+1/2,-y+1/2,z+1/2

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要素

#1: タンパク質
Heat shock protein hsp20 family putative / Heat shock protein / Hsp20 family / putative


分子量: 18848.393 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Entamoeba histolytica (赤痢アメーバ)
遺伝子: CL6EHI_193390, EHI_193390 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C4M4U3

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.92 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.2
詳細: 0.1 M Bis-Tris 160 mM ammonium acetate 45% 2-Methyl-2,4-pentanediol
PH範囲: 6.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID30B / 波長: 0.991872 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月31日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.991872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.28→79.53 Å / Num. obs: 15560 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 11.1 % / Biso Wilson estimate: 112.375814491 Å2 / CC1/2: 0.99 / Net I/σ(I): 5.99
反射 シェル解像度: 3.28→3.43 Å / Num. unique obs: 2004 / CC1/2: 0.99 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
MOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3W1Z

3w1z


解像度: 3.28000381979→79.529 Å / SU ML: 0.359075090824 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.91706635515 / 位相誤差: 24.653739223
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22750744055 769 4.94501961289 %random selection
Rwork0.187278420596 14782 --
obs0.189283205598 15551 99.90363613 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.2352389117 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.28000381979→79.529 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3260 0 0 0 3260
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01023249110023351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.048806232784579
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0577420152582512
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00629784085347589
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.192457067472163
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.28000381979-3.53330.2700485039941890.2408425110422864X-RAY DIFFRACTION99.8038574698
3.5333-3.88880.2515415393671380.1970205059812929X-RAY DIFFRACTION100
3.8888-4.45150.2285024210151450.1642894918392944X-RAY DIFFRACTION99.9676375405
4.4515-5.60820.2001227623841570.1659872192982954X-RAY DIFFRACTION99.9678663239
5.6082-79.5290.229059145141400.1989336316613091X-RAY DIFFRACTION99.7838171711

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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