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- PDB-6l39: Cytochrome P450 107G1 (RapN) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l39
タイトルCytochrome P450 107G1 (RapN)
要素Cytochrome P450
キーワードOXIDOREDUCTASE / Cytochrome P450
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
Cytochrome P450, B-class / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / PHOSPHATE ION / Cytochrome P450
類似検索 - 構成要素
生物種Streptomyces rapamycinicus
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.97 Å
データ登録者Kim, V.C. / Kim, D.H. / Lim, Y.R. / Lee, I.H. / Lee, J.H. / Kang, L.W.
引用ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2020
タイトル: Structural insights into CYP107G1 from rapamycin-producing Streptomyces rapamycinicus.
著者: Kim, V. / Lim, Y.R. / Lee, I. / Lee, J.H. / Han, S. / Pham, T.V. / Kim, H. / Lee, R. / Kang, L.W. / Kim, D.
履歴
登録2019年10月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cytochrome P450
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)91,9058
ポリマ－90,2702
非ポリマー1,6356
水724
1
A: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9644
ポリマ－45,1351
非ポリマー8293
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Cytochrome P450
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9414
ポリマ－45,1351
非ポリマー8063
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)59.978, 99.798, 62.684
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 89.820, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Cytochrome P450 / RapN


分子量: 45134.879 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Streptomyces rapamycinicus (strain ATCC 29253 / DSM 41530 / NRRL 5491 / AYB-994) (バクテリア)
株: ATCC 29253 / DSM 41530 / NRRL 5491 / AYB-994 / 遺伝子: D3C57_102975 / プラスミド: pET28a+ / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A0A0NSZ7
#2: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.08 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.82 %
結晶化温度: 287.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8 / 詳細: 0.1 M imidazole pH 8.0 1 M sodium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 39493 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 2.8 % / CC1/2: 0.949 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / Mean I/σ(I) obs: 8.6 / Num. unique obs: 39493 / CC1/2: 0.949

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
HKL-2000データ削減
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4Z5P

4z5p


解像度: 2.97→32.77 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.837 / SU B: 0.017 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.398 / ESU R Free: 0.63 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3132 997 6.8 %RANDOM
Rwork0.1975 ---
obs0.2049 13728 96.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 140.65 Å2 / Biso mean: 69.884 Å2 / Biso min: 30 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.04 Å20 Å2-0.04 Å2
2--0.02 Å2-0 Å2
3---0.02 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.97→32.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5915 0 110 4 6029
Biso mean--63.83 52.78 -
残基数----759
LS精密化 シェル解像度: 2.972→3.049 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.364 45 -
Rwork0.278 734 -
all-779 -
obs--70.18 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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