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- PDB-6l2n: Crystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(GTAC-3bp-GTAC) ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l2n
タイトルCrystal structure of the R.PabI(Y68F-K154A)-dsDNA(GTAC-3bp-GTAC) complex
要素
  • DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3')
  • RE_R_Pab1 domain-containing protein
キーワードHYDROLASE/DNA / glycosylase / complex / HYDROLASE / HYDROLASE-DNA complex
機能・相同性Restriction endonuclease, type II, Pab1 / R.Pab1 restriction endonuclease / DNA / DNA (> 10) / Restriction endonuclease type II Pab1 domain-containing protein
機能・相同性情報
生物種Pyrococcus abyssi (古細菌)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.45 Å
データ登録者Miyazono, K. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号
Japan Society for the Promotion of Science26712012 日本
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / : 2020
タイトル: Distortion of double-stranded DNA structure by the binding of the restriction DNA glycosylase R.PabI.
著者: Miyazono, K.I. / Wang, D. / Ito, T. / Tanokura, M.
履歴
登録2019年10月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月25日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22020年4月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.32020年5月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.42023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RE_R_Pab1 domain-containing protein
B: RE_R_Pab1 domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,7133
ポリマ-57,7133
非ポリマー00
00
1
A: RE_R_Pab1 domain-containing protein
B: RE_R_Pab1 domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3')

A: RE_R_Pab1 domain-containing protein
B: RE_R_Pab1 domain-containing protein
C: DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,4266
ポリマ-115,4266
非ポリマー00
0
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_555y,x,-z1
Buried area14380 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area45910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.682, 83.682, 140.346
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 RE_R_Pab1 domain-containing protein


分子量: 25324.137 Da / 分子数: 2 / 変異: Y68F,K154A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pyrococcus abyssi (strain GE5 / Orsay) (古細菌)
: GE5 / Orsay / 遺伝子: PAB0105 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9V2B6
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*AP*GP*CP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*AP*AP*GP*TP*AP*CP*TP*GP*CP*TP*GP*A)-3')


分子量: 7064.585 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.9 / 詳細: 0.1 M Bis-Tris pH 5.9, 51% 2-methyl-2,4-pentanediol

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データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→41.84 Å / Num. obs: 20923 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 4.7 % / Biso Wilson estimate: 62.44 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.044 / Rpim(I) all: 0.023 / Rrim(I) all: 0.05 / Net I/σ(I): 16
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.45-2.554.50.691925420580.8660.3540.7811.986.8
8.84-41.844.30.02421865070.9990.0130.02745.396.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
PHENIX1.12精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5IFF
解像度: 2.45→41.84 Å / SU ML: 0.33 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0.51 / 位相誤差: 34.05
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2557 1980 5.06 %
Rwork0.2288 --
obs0.2303 20891 96.8 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 180.83 Å2 / Biso mean: 84.8186 Å2 / Biso min: 40.92 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.45→41.84 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3483 469 0 0 3952
残基数----451
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0034077
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.6025602
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043626
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003631
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.92403
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4504-2.51170.4683980.3837216779
2.5117-2.57960.30141820.3618253495
2.5796-2.65550.39821440.3726270999
2.6555-2.74120.31971230.34042758100
2.7412-2.83920.37881500.3194272399
2.8392-2.95280.31221260.3309271598
2.9528-3.08720.2951380.3065269397
3.0872-3.24990.30521250.2883269499
3.2499-3.45340.23351260.2564274999
3.4534-3.71990.29231220.2273270598
3.7199-4.09390.30831350.2223269298
4.0939-4.68560.21651780.1808268698
4.6856-5.90080.22321610.1832264798
5.9008-41.840.20741720.1781265697
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.01140.14986.95817.12551.9455.1659-2.613-1.3273-0.6522-1.78192.3368-0.14370.50170.99260.64811.3855-0.15320.50520.9671-0.02321.1669.9513-17.8885-13.6084
28.66644.7625-2.02127.9228-5.03093.3877-0.8196-0.20020.327-0.93310.29150.06281.05620.47080.38680.72350.02590.14660.9250.01910.8509-1.6476-29.5465-3.7022
37.948-5.41475.44255.7025-1.50835.5827-0.61730.1023-2.20312.19930.49890.9526-1.3343-0.30380.15360.81090.22130.05621.03880.17250.9826-12.9515-16.75542.3992
45.7957-2.1686-4.79859.25963.35766.39610.9706-0.78030.98510.32010.104-0.982-1.5550.9107-0.81431.0345-0.06220.01320.8994-0.24460.8214-25.9813-4.72949.5473
58.36045.82361.7544.51030.50755.42890.0020.04870.3548-0.0720.19390.07540.0723-0.6379-0.13720.54590.0281-0.00040.56980.0470.40251.0248-43.9954-14.9867
64.38742.55960.12324.36461.29375.18730.2092-0.14840.21920.22820.015-0.18440.23710.3935-0.27280.5550.0295-0.00160.45820.01360.34544.5636-45.7985-8.1329
70.23150.04771.12972.23572.89467.47540.1484-0.2616-0.14620.3632-0.0382-0.01240.7506-0.2005-0.09830.7616-0.004-0.02660.51730.07790.38161.1857-51.195611.4464
83.80980.3486-0.54482.242-0.72594.39860.0919-0.02990.10250.03270.1558-0.05270.1821-0.1555-0.23930.5691-0.0105-0.03360.4219-0.00290.3355-0.8001-48.6989-4.1574
94.76240.3399-0.72933.04451.78621.38970.27631.2920.67190.2569-0.10640.502-2.1597-0.1546-0.13931.8020.1776-0.00570.66650.16510.54431.1748-14.052714.0723
100.8169-1.63371.07113.3907-2.40886.7790.46350.4436-0.2953-0.0004-0.06240.5461-0.7027-1.2398-0.43310.81530.1505-0.06450.8190.00170.5785-5.9395-29.310418.0514
112.6036-0.33560.18482.32010.64480.2160.4019-0.1089-0.44490.210.76080.349-0.7678-1.9785-0.98511.32710.67970.11991.22050.12050.8399-14.6179-21.747319.176
126.48430.08621.72262.44730.3274.9695-0.54250.40080.3789-0.51970.5242-0.097-0.88080.0668-0.21351.15160.17790.12680.59050.0430.51996.1841-19.41916.641
134.2672-2.426-2.33761.46311.7012.65410.6252-0.5082.3066-0.72690.8019-0.3224-3.58471.1846-0.76472.7244-0.55350.32070.7126-0.21870.832116.6304-8.77423.1702
148.52470.52214.11287.0969-1.33832.43960.0403-1.805-0.24341.43481.17030.1715-0.87081.1245-1.32421.3884-0.37160.1691.5784-0.07710.619725.8402-19.095629.4015
154.7264.42892.85988.08823.58747.48330.1153-0.4156-0.8751-0.6550.1458-1.21530.49250.6226-0.25710.55690.18870.07210.60140.00890.516312.0013-47.971914.5657
161.20940.05810.32259.82193.30769.92360.2701-0.03790.04460.5295-0.534-0.2696-0.2862-0.1130.18620.4764-0.0362-0.02080.52930.08530.38597.5504-34.854422.6128
175.19530.09820.44032.57382.51142.5289-0.32421.0786-0.0702-0.93040.493-0.6501-0.19091.45570.11781.03650.02380.15880.8587-0.02530.564712.9364-32.524111.8244
182.7048-4.00530.11597.45330.33627.67430.52130.5664-0.1694-1.1371-0.0712-0.0315-1.9876-0.0327-0.49440.79160.04690.05450.4686-0.0580.47385.783-25.383418.9861
194.71730.3807-1.65030.9197-1.15742.071-1.46420.17741.23812.27231.61830.4565-2.6911-1.6142-0.32162.20120.78970.18320.7458-0.01440.6877-6.6558-12.325320.082
205.9319-3.5674-0.25359.01940.23383.5869-0.2798-0.78720.20620.48460.56-0.116-1.39440.7944-0.41190.9389-0.24930.03360.76410.04010.472115.5435-21.932824.4226
213.4210.73050.59215.28422.65248.37440.1063-0.50770.2402-0.532-0.1254-0.793-1.05421.0935-0.01761.1347-0.50080.14161.2922-0.08460.595125.1938-19.121618.3965
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid -11 through -7 )C-11 - -7
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid -6 through -2 )C-6 - -2
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid -1 through 3 )C-1 - 3
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 4 through 11 )C4 - 11
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 7 through 30 )A7 - 30
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 31 through 92 )A31 - 92
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 93 through 145 )A93 - 145
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 146 through 223 )A146 - 223
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 8 through 30 )B8 - 30
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 31 through 43 )B31 - 43
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 44 through 55 )B44 - 55
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 56 through 77 )B56 - 77
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 78 through 92 )B78 - 92
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 93 through 105 )B93 - 105
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 106 through 129 )B106 - 129
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 130 through 145 )B130 - 145
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'B' and (resid 146 through 159 )B146 - 159
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'B' and (resid 160 through 172 )B160 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'B' and (resid 173 through 193 )B173 - 193
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'B' and (resid 194 through 208 )B194 - 208
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'B' and (resid 209 through 223 )B209 - 223

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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