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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l2l | ||||||
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タイトル | The structure of the tRNA-specific deaminase from M. capricolum | ||||||
要素 | Nucleoside deaminase family protein | ||||||
キーワード | RNA BINDING PROTEIN (RNA結合タンパク質) / tRNA-specific deaminase / protein engineering (タンパク質工学) | ||||||
機能・相同性 | Cytidine and deoxycytidylate deaminase zinc-binding region / APOBEC/CMP deaminase, zinc-binding / Cytidine and deoxycytidylate deaminases zinc-binding region signature. / Cytidine and deoxycytidylate deaminase domain / Cytidine and deoxycytidylate deaminases domain profile. / Cytidine deaminase-like / hydrolase activity / zinc ion binding / Nucleoside deaminase family protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.40045827641 Å | ||||||
データ登録者 | Xie, W. / Liu, H. / Wu, S. | ||||||
資金援助 | 中国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.J. / 年: 2020 タイトル: Structure of a tRNA-specific deaminase with compromised deamination activity. 著者: Liu, H. / Wu, S. / Ran, D. / Xie, W. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l2l.cif.gz | 53.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l2l.ent.gz | 29.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l2l.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l2/6l2l | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 18222.051 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Mycoplasma capricolum subsp. capricolum (バクテリア) 遺伝子: MCGM508_01875 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0C2W6A5 |
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#2: 化合物 | ChemComp-ZN / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.98 % |
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結晶化 | 温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 詳細: 0.49M sodium phosphate monobasic monohydrate, 0.91M potassium phosphate dibasic, pH 6.9 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.54 Å |
検出器 | タイプ: OXFORD ONYX CCD / 検出器: CCD / 日付: 2019年5月7日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.4→21.07 Å / Num. obs: 7697 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.6 % / Biso Wilson estimate: 30.8505494456 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1 / Net I/σ(I): 15.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.4→2.53 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.46 / Mean I/σ(I) obs: 4.5 / Num. unique obs: 1081 / CC1/2: 0.884 / % possible all: 99.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 2A8N 解像度: 2.40045827641→21.0651823974 Å / SU ML: 0.283284022304 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35523401539 / 位相誤差: 22.7719217549 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 37.4680633037 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.40045827641→21.0651823974 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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