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万見
- PDB-6l26: Neutron crystal structure of the mutant green fluorescent protein... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l26
タイトルNeutron crystal structure of the mutant green fluorescent protein (EGFP)
要素Green fluorescent protein
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / GFP / mutant / recombinant
機能・相同性Green fluorescent protein, GFP / Green fluorescent protein-related / Green fluorescent protein / Green fluorescent protein / bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy / trideuteriooxidanium / DEUTERATED WATER / Green fluorescent protein
機能・相同性情報
生物種Nicotiana benthamiana (ナス科)
手法中性子回折 / NUCLEAR REACTOR / フーリエ合成 / 解像度: 1.444 Å
データ登録者Adachi, M. / Shimizu, R. / Shibazaki, C. / Kagotani, Y. / Ostermann, A. / Schrader, T.E.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)JP16KT0063 日本
引用ジャーナル: J Phys Chem Lett / 年: 2020
タイトル: Direct Observation of the Protonation States in the Mutant Green Fluorescent Protein.
著者: Shibazaki, C. / Shimizu, R. / Kagotani, Y. / Ostermann, A. / Schrader, T.E. / Adachi, M.
履歴
登録2019年10月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年6月9日Group: Non-polymer description / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.formula
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,8652
ポリマ－25,8431
非ポリマー221
水6,702372
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.857, 62.160, 69.202
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Green fluorescent protein


分子量: 25843.053 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The amino acids of TYG are processed to chromophore as CRO by post-translational reaction.
由来: (組換発現) Nicotiana benthamiana (ナス科) / 遺伝子: gfp / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: W6KDG8
#2: 化合物 ChemComp-D3O / trideuteriooxidanium / perdeuterated oxonium


分子量: 22.042 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: D3O / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-DOD / water / 重水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 372 / 由来タイプ: 天然 / 式: D2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
配列の詳細Residue SER 66 has been mutated to THR 66. Residues THR 66, TYR 67 and GLY 68 constitute the ...Residue SER 66 has been mutated to THR 66. Residues THR 66, TYR 67 and GLY 68 constitute the chromophore CRO 66.

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実験情報

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実験

実験手法: 中性子回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.96 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1 M MES-NaOD (pD 7.0), 5.0 % w/v PEG 2000 and 50 mM NDSB

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: NUCLEAR REACTOR / サイト: FRM II / ビームライン: BIODIFF / 波長: 2.668 Å
検出器タイプ: BIODIFF / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2017年11月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: neutron
放射波長波長: 2.668 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.45→24.8 Å / Num. obs: 90310 / % possible obs: 88.9 % / 冗長度: 2.5 % / Rmerge(I) obs: 0.098 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル解像度: 1.45→1.49 Å / 冗長度: 1.9 % / Rmerge(I) obs: 0.177 / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 25594 / % possible all: 73.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成
開始モデル: 2WUR

2wur


解像度: 1.444→24.764 Å / SU ML: 0.07 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 15.37
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2065 1777 5 %
Rwork0.1676 --
obs0.1696 35540 88.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 0.88→39.362 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1811 0 4 1132 2947
Biso mean--22.72 27.68 -
残基数----226
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
NEUTRON DIFFRACTIONf_bond_d0.0124709
NEUTRON DIFFRACTIONf_angle_d1.3897567
NEUTRON DIFFRACTIONf_chiral_restr0.094281
NEUTRON DIFFRACTIONf_plane_restr0.008784
NEUTRON DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.8341087
LS精密化 シェル

Refine-ID: NEUTRON DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.4442-1.48330.26791070.2211203670
1.4833-1.52690.24121220.1913231681
1.5269-1.57620.2261280.179242784
1.5762-1.63250.22011340.1708255188
1.6325-1.69780.20421360.1545258190
1.6978-1.77510.20681400.1521264691
1.7751-1.86870.211410.154268192
1.8687-1.98570.19781430.1483270793
1.9857-2.13890.19051400.1618267392
2.1389-2.3540.20111370.1688259589
2.354-2.69430.22481410.181267990
2.6943-3.39310.19481500.1682286396
3.3931-24.7640.17561580.1684300896

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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