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万見
- PDB-6l1v: Domain-swapped Alcaligenes xylosoxidans azurin dimer -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6l1v
タイトルDomain-swapped Alcaligenes xylosoxidans azurin dimer
要素Azurin-1
キーワードELECTRON TRANSPORT
機能・相同性
機能・相同性情報


periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能
Azurin / Blue (type 1) copper domain / Copper binding proteins, plastocyanin/azurin family / Blue (type 1) copper protein, binding site / Type-1 copper (blue) proteins signature. / Cupredoxin
類似検索 - ドメイン・相同性
COPPER (II) ION / Azurin-1
類似検索 - 構成要素
生物種Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Cahyono, R.N. / Yamanaka, M. / Nagao, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
資金援助 日本, 3件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H02088 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP16K17935 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP19K05695 日本
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2020
タイトル: 3D domain swapping of azurin from Alcaligenes xylosoxidans.
著者: Cahyono, R.N. / Yamanaka, M. / Nagao, S. / Shibata, N. / Higuchi, Y. / Hirota, S.
履歴
登録2019年9月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年4月8日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Azurin-1
C: Azurin-1
E: Azurin-1
G: Azurin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,1548
ポリマ－55,9004
非ポリマー2544
水4,846269
1
A: Azurin-1
G: Azurin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0774
ポリマ－27,9502
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5340 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area13020 Å2
手法PISA
2
C: Azurin-1
E: Azurin-1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,0774
ポリマ－27,9502
非ポリマー1272
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5330 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area13010 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)107.451, 167.809, 116.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

#1: タンパク質
Azurin-1 / AZN-1 / Azurin-I


分子量: 13974.933 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Alcaligenes xylosoxydans xylosoxydans (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56547
#2: 化合物
ChemComp-CU / COPPER (II) ION


分子量: 63.546 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 269 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 4.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.92 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1 M MES-NaOH, 25% (w/v) PEG 3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年2月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→49.17 Å / Num. obs: 50385 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.8 % / Rmerge(I) obs: 0.079 / Net I/σ(I): 12.3
反射 シェル解像度: 2.25→2.32 Å / Rmerge(I) obs: 1.145 / Num. unique obs: 4598 / CC1/2: 0.739

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0238精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1RKR

1rkr


解像度: 2.25→49.17 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.23021 2534 -
Rwork0.20277 --
obs0.20414 47826 99.9 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→49.17 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3908 0 4 269 4181
LS精密化 シェル解像度: 2.25→2.308 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.323 199 -
Rwork0.327 3450 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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