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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6l1m | ||||||
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タイトル | Structure of human StAR-related lipid transfer protein 4 mutant - LWNI107-110GG | ||||||
要素 | StAR-related lipid transfer protein 4 | ||||||
キーワード | TRANSPORT PROTEIN / STARD4 / lipid transport / sterol / cholesterol / lipid transfer protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cholesterol transport involved in cholesterol storage / positive regulation of bile acid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / cholesterol import / positive regulation of cholesterol metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum ...cholesterol transport involved in cholesterol storage / positive regulation of bile acid biosynthetic process / intracellular cholesterol transport / cholesterol import / positive regulation of cholesterol metabolic process / Pregnenolone biosynthesis / cholesterol transfer activity / cholesterol binding / cytoplasmic vesicle / endoplasmic reticulum / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.7 Å | ||||||
データ登録者 | Tong, J. / Im, Y.J. | ||||||
資金援助 | 韓国, 1件
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引用 | ジャーナル: Biochem.Biophys.Res.Commun. / 年: 2019 タイトル: Structural analysis of human sterol transfer protein STARD4. 著者: Tan, L. / Tong, J. / Chun, C. / Im, Y.J. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6l1m.cif.gz | 68.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6l1m.ent.gz | 39 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6l1m.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6l1m_validation.pdf.gz | 423.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6l1m_full_validation.pdf.gz | 423.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6l1m_validation.xml.gz | 10.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6l1m_validation.cif.gz | 14.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/6l1m ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/l1/6l1m | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 23472.477 Da / 分子数: 1 / 変異: C75S, LWNI107-110GG / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: STARD4 / プラスミド: pHIS2-Thr / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q96DR4 |
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#2: 水 | ChemComp-HOH / |
配列の詳細 | The residues 107-110 LWNI were mutated to GG. |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 32.87 % |
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結晶化 | 温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 / 詳細: 0.1M MES pH 6.0, 25% PEG 3350, 200 mM NaCl |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9795 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月23日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9795 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.7→50 Å / Num. obs: 19187 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 15.36 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.088 / Net I/σ(I): 33.8 |
反射 シェル | 解像度: 1.7→1.73 Å / Rmerge(I) obs: 0.432 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 943 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6L1D 解像度: 1.7→31.02 Å / SU ML: 0.1287 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 17.5572
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 17.95 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.7→31.02 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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