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万見
- PDB-6kz1: Complex structure of Whirlin and Myosin XVa -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kz1
タイトルComplex structure of Whirlin and Myosin XVa
要素
  • Myosin XVa
  • Whirlin
キーワードMOTOR PROTEIN / Whirlin / Myosin XVa / complex structure
機能・相同性
機能・相同性情報


paranodal junction maintenance / microfilament motor activity => GO:0000146 / periciliary membrane compartment / USH2 complex / stereocilia ankle link / actin-based cell projection / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / sensory perception of light stimulus / cerebellar Purkinje cell layer formation ...paranodal junction maintenance / microfilament motor activity => GO:0000146 / periciliary membrane compartment / USH2 complex / stereocilia ankle link / actin-based cell projection / inner ear receptor cell differentiation / stereocilia ankle link complex / sensory perception of light stimulus / cerebellar Purkinje cell layer formation / photoreceptor connecting cilium / stereocilium tip / inner ear receptor cell stereocilium organization / detection of mechanical stimulus involved in sensory perception of sound / stereocilium / vesicle transport along actin filament / retina homeostasis / auditory receptor cell stereocilium organization / myosin complex / Sensory processing of sound by outer hair cells of the cochlea / Sensory processing of sound by inner hair cells of the cochlea / microfilament motor activity / photoreceptor inner segment / ciliary basal body / establishment of localization in cell / actin filament / actin filament organization / sensory perception of sound / establishment of protein localization / cilium / actin filament binding / actin cytoskeleton / growth cone / vesicle / calmodulin binding / synapse / positive regulation of gene expression / extracellular exosome / ATP binding / identical protein binding / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Unconventional myosin-XV / Whirlin / : / Class XV myosin, motor domain / Myosin-XV, FERM domain C-lobe / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails ...Unconventional myosin-XV / Whirlin / : / Class XV myosin, motor domain / Myosin-XV, FERM domain C-lobe / MyTH4 domain / MyTH4 domain superfamily / MyTH4 domain / MyTH4 domain profile. / Domain in Myosin and Kinesin Tails / IQ calmodulin-binding motif / Variant SH3 domain / Short calmodulin-binding motif containing conserved Ile and Gln residues. / Myosin head, motor domain / Myosin head (motor domain) / Myosin motor domain profile. / Myosin. Large ATPases. / IQ motif profile. / IQ motif, EF-hand binding site / FERM central domain / FERM superfamily, second domain / FERM domain / FERM domain profile. / Band 4.1 domain / Band 4.1 homologues / Kinesin motor domain superfamily / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Src homology 3 domains / SH3-like domain superfamily / Src homology 3 (SH3) domain profile. / SH3 domain / PH-like domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
Whirlin / Unconventional myosin-XV
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.694 Å
データ登録者Lin, L. / Wang, M. / Shi, Y. / Zhu, J. / Zhang, R.
引用ジャーナル: Cell Rep / 年: 2021
タイトル: Phase separation-mediated condensation of Whirlin-Myo15-Eps8 stereocilia tip complex.
著者: Lin, L. / Shi, Y. / Wang, M. / Wang, C. / Lu, Q. / Zhu, J. / Zhang, R.
履歴
登録2019年9月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Whirlin
B: Myosin XVa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0422
ポリマ－14,0422
非ポリマー00
水95553
1
A: Whirlin

B: Myosin XVa


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)14,0422
ポリマ－14,0422
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_665-y+1,x-y+1,z+1/31
Buried area1160 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area6130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.974, 51.974, 70.445
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1023-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Whirlin / Autosomal recessive deafness type 31 protein


分子量: 12430.313 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: WHRN, DFNB31, KIAA1526 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9P202
#2: タンパク質・ペプチド Myosin XVa


分子量: 1611.920 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UKN7*PLUS
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 53 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.12 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Potassium phosphate dibasic, HEPES pH7.5, Sodium phosphate monobasi

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→45.011 Å / Num. obs: 23647 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.261 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.055 / Rrim(I) all: 0.057 / Χ2: 1.13 / Net I/σ(I): 22.54 / Num. measured all: 242635
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.69-1.89.8130.6853.1237386385938100.9280.72298.7
1.8-1.9210.3190.396.2236695355735560.9820.411100
1.92-2.0710.860.20112.2936632337333730.9950.211100
2.07-2.2710.6180.12119.8632692307930790.9970.127100
2.27-2.549.6650.08425.5826819277527750.9980.089100
2.54-2.939.9660.06234.0624765248524850.9990.066100
2.93-3.5810.660.04748.6621927205720570.9990.049100
3.58-5.0510.1040.03855.1116368162016200.9990.04100
5.05-45.01110.4830.03557.7193518928920.9990.037100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
PHENIX1.8.4_1496精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1UFX

1ufx


解像度: 1.694→45.011 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 21.6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2008 637 5.03 %
Rwork0.1787 --
obs0.1798 12670 99.72 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 86.41 Å2 / Biso mean: 34.83 Å2 / Biso min: 17.83 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.694→45.011 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数811 0 0 53 864
Biso mean---42.96 -
残基数----109
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.012819
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4241108
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06137
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007141
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.155301
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.694-1.82470.2411260.2211233399
1.8247-2.00830.23131280.18722371100
2.0083-2.29890.18731290.17272379100
2.2989-2.89640.24121230.20852423100
2.8964-45.0110.18251310.16452527100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.16490.34060.25240.70610.66490.61750.0002-0.4190.04210.1469-0.09070.15140.0667-0.2076-0.08820.2229-0.0805-0.0310.31020.01430.228-11.032717.75465.8321
21.25020.66320.73180.65410.26880.4729-0.83070.19410.9039-0.820.20230.5284-0.6746-0.1388-0.01110.2807-0.0834-0.08680.25880.00920.2452-10.216625.4206-6.9816
30.03810.02810.0360.03940.01640.01520.1848-0.4660.5580.38910.0653-0.08140.1040.4163-0.00030.2459-0.0266-0.00860.3238-0.05120.27315.694327.21161.9601
40.0778-0.0498-0.08990.08030.05230.1125-0.26960.39980.3992-0.36090.29420.1342-0.21660.3255-0.00090.2828-0.0514-0.04580.18240.02670.2738-6.958931.589-0.2822
50.34840.5138-0.03170.5660.12170.26290.0951-0.0369-0.0638-0.0408-0.15060.3093-0.0143-0.0957-0.00020.2423-0.0064-0.05690.2354-0.03240.2833-11.667925.40970.3936
60.0813-0.0683-0.06710.11530.11360.1030.06240.2648-0.88020.036-0.0135-0.37440.27730.4995-0.00280.23480.0002-0.06310.31160.00630.33992.790717.5046-0.0431
70.0095-0.00610.01180.12420.13530.0624-0.63840.8327-0.3513-0.66220.5429-0.0475-0.11770.31080.00070.3012-0.0780.04620.3479-0.06640.2528-1.383719.92-8.8304
80.8049-0.2626-0.40580.2550.21690.4541-0.1923-0.254-0.67610.47790.0185-0.02150.55840.1024-0.0010.3162-0.03260.0370.2195-0.02850.4497-12.299410.6831-9.6896
90.1186-0.013-0.02790.0473-0.06410.07050.0088-0.0696-0.29830.20970.0369-0.20260.0677-0.07880.00110.2583-0.0483-0.0290.24040.00840.2399-9.031217.64791.6248
100.0240.0730.03530.07450.01770.05350.3902-0.0671-0.38980.4837-0.1029-0.19240.029-0.3226-0.00240.3667-0.037-0.01420.4003-0.04090.25720.334827.885911.2051
110.04540.1098-0.01240.0254-0.01050.1221-0.1268-0.51770.004-0.3547-0.169-0.13870.14910.21480.00110.2741-0.0526-0.00940.34960.04390.30123.912234.3247-11.9894
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 811 through 820 )A811 - 820
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 821 through 831 )A821 - 831
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 832 through 841 )A832 - 841
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 842 through 846 )A842 - 846
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 847 through 867 )A847 - 867
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 868 through 876 )A868 - 876
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 877 through 889 )A877 - 889
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 890 through 894 )A890 - 894
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 895 through 901 )A895 - 901
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 902 through 907 )A902 - 907
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 3500 through 3511 )B0

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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