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- PDB-6kyv: Crystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyv
タイトルCrystal Structure of RIG-I and hairpin RNA with G-U wobble base pairs
要素
  • Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
  • RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
キーワードIMMUNE SYSTEM / RIG-I / DDX58 / dsRNA / Wobble base pair
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation ...regulation of type III interferon production / RIG-I signaling pathway / positive regulation of myeloid dendritic cell cytokine production / OAS antiviral response / detection of virus / NF-kB activation through FADD/RIP-1 pathway mediated by caspase-8 and -10 / positive regulation of response to cytokine stimulus / positive regulation of granulocyte macrophage colony-stimulating factor production / Modulation of host responses by IFN-stimulated genes / TRAF6 mediated IRF7 activation / cytoplasmic pattern recognition receptor signaling pathway / pattern recognition receptor activity / cellular response to exogenous dsRNA / RSV-host interactions / response to exogenous dsRNA / TRAF6 mediated NF-kB activation / positive regulation of interferon-alpha production / bicellular tight junction / positive regulation of defense response to virus by host / antiviral innate immune response / Negative regulators of DDX58/IFIH1 signaling / positive regulation of interferon-beta production / regulation of cell migration / positive regulation of interleukin-8 production / DDX58/IFIH1-mediated induction of interferon-alpha/beta / Evasion by RSV of host interferon responses / ISG15 antiviral mechanism / positive regulation of interleukin-6 production / response to virus / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / ruffle membrane / Ovarian tumor domain proteases / positive regulation of tumor necrosis factor production / actin cytoskeleton / double-stranded RNA binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / double-stranded DNA binding / defense response to virus / gene expression / single-stranded RNA binding / RNA helicase activity / Ub-specific processing proteases / RNA helicase / ribonucleoprotein complex / innate immune response / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of gene expression / GTP binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / zinc ion binding / ATP binding / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain ...RIG-I, CARD domain repeat 2 / RIG-I-like receptor, C-terminal / RIG-I receptor C-terminal domain / RIG-I-like receptor, C-terminal regulatory domain / RIG-I-like receptor, C-terminal domain superfamily / : / C-terminal domain of RIG-I / RIG-I-like receptor (RLR) C-terminal regulatory (CTR) domain profile. / Caspase recruitment domain / Caspase recruitment domain / Death-like domain superfamily / DEAD/DEAH box helicase domain / DEAD/DEAH box helicase / Helicase conserved C-terminal domain / helicase superfamily c-terminal domain / Superfamilies 1 and 2 helicase C-terminal domain profile. / Superfamilies 1 and 2 helicase ATP-binding type-1 domain profile. / DEAD-like helicases superfamily / Helicase, C-terminal / Helicase superfamily 1/2, ATP-binding domain / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
RNA / RNA (> 10) / Antiviral innate immune response receptor RIG-I
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3 Å
データ登録者Kim, K.-H. / Hwang, J. / Kim, J.H. / Son, K.-P. / Jang, Y. / Kim, M. / Kang, S.-J. / Lee, J.-O. / Choi, B.-S.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
Other privateKDDF-201706-06 韓国
引用ジャーナル: Rna Biol. / 年: 2020
タイトル: Structural and biophysical properties of RIG-I bound to dsRNA with G-U wobble base pairs.
著者: Kim, K.H. / Hwang, J. / Kim, J.H. / Son, K.P. / Jang, Y. / Kim, M. / Kang, S.J. / Lee, J.O. / Kang, J.Y. / Choi, B.S.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年10月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author / database_2
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
C: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
E: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
F: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
G: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
H: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
I: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
J: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
K: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
L: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)512,50118
ポリマ－512,10912
非ポリマー3926
水00
1
A: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
B: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-35 kcal/mol
Surface area32750 Å2
手法PISA
2
C: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
D: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32950 Å2
手法PISA
3
E: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
F: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3310 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
4
G: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
H: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3460 Å2
ΔGint-37 kcal/mol
Surface area32980 Å2
手法PISA
5
I: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
J: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3410 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area33230 Å2
手法PISA
6
K: RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')
L: Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)85,4173
ポリマ－85,3512
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3510 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area32930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)112.166, 175.130, 308.965
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab

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要素

#1: RNA鎖
RNA (5'-R(*GP*GP*UP*AP*GP*AP*CP*GP*CP*UP*UP*CP*GP*GP*CP*GP*UP*UP*UP*GP*CP*C)-3')


分子量: 7043.186 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: タンパク質
Probable ATP-dependent RNA helicase DDX58 / DEAD box protein 58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG- ...DEAD box protein 58 / RIG-I-like receptor 1 / RLR-1 / Retinoic acid-inducible gene 1 protein / RIG-1 / Retinoic acid-inducible gene I protein / RIG-I


分子量: 78308.250 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DDX58 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O95786, RNA helicase
#3: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.69 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 15% PEG 3350 (w/v), 100mM MES pH 6.5, 100mM NaSCN, 20mM Na Citrate tribasic

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2018年5月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→36.565 Å / Num. obs: 116928 / % possible obs: 95.54 % / 冗長度: 6.3 % / Biso Wilson estimate: 64.05 Å2 / CC1/2: 0.979 / Rmerge(I) obs: 0.168 / Rpim(I) all: 0.07 / Rrim(I) all: 0.182 / Χ2: 3.117 / Net I/σ(I): 15.44
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 1.4 / Mean I/σ(I) obs: 1.76 / Num. unique obs: 5596 / Rpim(I) all: 0.594 / Rrim(I) all: 1.526

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5F9F

5f9f


解像度: 3→36.56 Å / SU ML: 0.3464 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.9583 / 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2741 5998 5.13 %
Rwork0.222 110895 -
obs0.2248 116893 95.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62.68 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3→36.56 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数31816 2790 6 0 34612
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.001435555
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.405248688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.03735618
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00275762
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.139921333
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3-3.030.36171760.32623264X-RAY DIFFRACTION84.42
3.03-3.070.40681890.32983477X-RAY DIFFRACTION91.97
3.07-3.110.37251910.30943552X-RAY DIFFRACTION92.42
3.11-3.150.3631910.30813518X-RAY DIFFRACTION92.96
3.15-3.190.32881920.30313548X-RAY DIFFRACTION92.55
3.19-3.230.34491930.29613567X-RAY DIFFRACTION92.98
3.23-3.280.37511910.29843524X-RAY DIFFRACTION92.34
3.28-3.330.34051930.28423566X-RAY DIFFRACTION92.81
3.33-3.380.36711920.27263541X-RAY DIFFRACTION92.36
3.38-3.430.30571910.2563544X-RAY DIFFRACTION92.86
3.43-3.490.31351940.24753570X-RAY DIFFRACTION93.12
3.49-3.560.29591920.24813579X-RAY DIFFRACTION93.34
3.56-3.620.28281940.2493599X-RAY DIFFRACTION93.15
3.62-3.70.26761930.24463572X-RAY DIFFRACTION93.49
3.7-3.780.31291980.24053637X-RAY DIFFRACTION94.41
3.78-3.870.30221970.233655X-RAY DIFFRACTION94.43
3.87-3.960.28111970.23123647X-RAY DIFFRACTION95.53
3.96-4.070.30532020.22893733X-RAY DIFFRACTION96.49
4.07-4.190.2692040.22153750X-RAY DIFFRACTION97.82
4.19-4.330.26132080.22013858X-RAY DIFFRACTION98.86
4.33-4.480.25742070.19743810X-RAY DIFFRACTION99.09
4.48-4.660.23962090.18493869X-RAY DIFFRACTION99.71
4.66-4.870.22252090.1793863X-RAY DIFFRACTION99.93
4.87-5.130.24552090.19153870X-RAY DIFFRACTION100
5.13-5.450.2742100.21193889X-RAY DIFFRACTION99.98
5.45-5.870.2522120.21513913X-RAY DIFFRACTION100
5.87-6.450.27962130.2163922X-RAY DIFFRACTION99.98
6.45-7.380.27252120.20493943X-RAY DIFFRACTION99.98
7.38-9.270.20152160.16933987X-RAY DIFFRACTION100
9.27-36.560.21672230.17354128X-RAY DIFFRACTION99.47

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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