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- PDB-6kyu: Complex assembly, crystallization and preliminary X-ray crystallo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kyu
タイトルComplex assembly, crystallization and preliminary X-ray crystallographic studies of duck MHC class I molecule
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • MHC class I antigen
  • peptide
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MHC class I structure / Peptide motifs / Random peptide library
機能・相同性
機能・相同性情報


antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production ...antigen processing and presentation of peptide antigen via MHC class I / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / negative regulation of forebrain neuron differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / cellular response to nicotine / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / negative regulation of epithelial cell proliferation / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / immune response / structural molecule activity / Golgi apparatus / protein homodimerization activity / extracellular region / cytosol
類似検索 - 分子機能
MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. ...MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
MHC class I antigen / Beta-2-microglobulin / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Anas platyrhynchos (アヒル)
Duck Tembusu virus (ウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.5 Å
データ登録者Liu, Z.X. / Zhang, L. / Zhang, N.Z.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Basic Research Program of China (973 Program)2016YFD0500106 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Complex assembly, crystallization and preliminary X-ray crystallographic analysis of the duck pAnpl-UAA
著者: Liu, Z.X. / Zhang, N.Z.
履歴
登録2019年9月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年12月30日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen / Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_gene
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MHC class I antigen
B: Beta-2-microglobulin
C: peptide


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,1763
ポリマ－44,1763
非ポリマー00
水10,377576
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4940 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area18860 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)82.468, 82.468, 112.507
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number171
Space group name H-MP62
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-575-

HOH

21A-609-

HOH

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要素

#1: タンパク質 MHC class I antigen


分子量: 31459.705 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 遺伝子: Apnl-UAA*B4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2Z4U0R6
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11586.955 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Anas platyrhynchos (アヒル) / 遺伝子: b2m / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q14U75, UniProt: U3I3I3*PLUS
#3: タンパク質・ペプチド peptide


分子量: 1129.419 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Duck Tembusu virus (ウイルス)
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 576 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.8 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 2% v/v Tacsimate TM pH 7.0 0.1 M HEPES pH 7.5 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97931 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年4月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97931 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.26→19.85 Å / Num. obs: 101015 / % possible obs: 86.26 % / 冗長度: 14.6 % / Rmerge(I) obs: 0.086 / Rsym value: 0.086 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 1.26→1.3 Å / Rmerge(I) obs: 0.086 / Num. unique obs: 101015 / Rsym value: 0.086

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0253精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.5→19.81 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.964 / SU B: 1.271 / SU ML: 0.047 / 交差検証法: NONE / ESU R: 0.068 / ESU R Free: 0.068 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1878 3477 5.032 %
Rwork0.1662 --
all0.167 --
obs-69095 99.831 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 22.042 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å20 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.5→19.81 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3095 0 0 576 3671
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0133182
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172804
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7391.6594315
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4791.5836504
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.65376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.31621.244201
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.82615519
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.3051530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0910.2392
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.023604
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02746
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2070.2547
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.1840.22649
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1760.21482
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.080.21643
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.2150.2361
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.1750.212
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.1670.262
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.3410.232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.2320.22
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7451.9821513
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7391.9821512
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.542.9761886
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.5412.9761887
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.3212.3611669
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.322.361670
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it5.0333.3912429
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other5.0323.3912430
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.40825.2073722
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.14423.983564
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5-1.5390.2732460.2984764X-RAY DIFFRACTION99.6222
1.539-1.5810.2642240.2234767X-RAY DIFFRACTION99.98
1.581-1.6260.2122700.1894551X-RAY DIFFRACTION100
1.626-1.6760.22200.1734494X-RAY DIFFRACTION100
1.676-1.7310.1962220.1754313X-RAY DIFFRACTION100
1.731-1.7920.2072320.1724185X-RAY DIFFRACTION99.9774
1.792-1.8590.1982090.1664032X-RAY DIFFRACTION99.9764
1.859-1.9340.2072050.1743887X-RAY DIFFRACTION99.9511
1.934-2.020.2071840.1713740X-RAY DIFFRACTION99.9745
2.02-2.1180.1672070.163565X-RAY DIFFRACTION100
2.118-2.2320.1921840.1593370X-RAY DIFFRACTION99.9438
2.232-2.3660.2151650.1563205X-RAY DIFFRACTION99.8519
2.366-2.5280.2051700.1563005X-RAY DIFFRACTION99.8428
2.528-2.7290.1781630.1562797X-RAY DIFFRACTION99.8651
2.729-2.9870.1731540.1612580X-RAY DIFFRACTION99.8175
2.987-3.3340.1781300.1612341X-RAY DIFFRACTION100
3.334-3.8410.171100.1582083X-RAY DIFFRACTION100
3.841-4.6820.16730.1491782X-RAY DIFFRACTION99.6776
4.682-6.5290.206660.1811366X-RAY DIFFRACTION98.2841
6.529-19.810.147430.182791X-RAY DIFFRACTION96.6396

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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