PDB-6ky9: Crystal structure of ASFV dUTPase and UMP complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ky9

タイトル

Crystal structure of ASFV dUTPase and UMP complex

要素

E165R

キーワード

HYDROLASE / Inhibitor / Complex. dUTPase / ASFV / E165R / VIRAL PROTEIN

機能・相同性

dUTP diphosphatase / dUTP diphosphatase activity / dUTPase-like / dUTPase / dUTPase, trimeric / dUTPase-like superfamily / metal ion binding / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / Deoxyuridine 5'-triphosphate nucleotidohydrolase

機能・相同性情報

生物種

African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Li, C. / Chai, Y. / Song, H. / Qi, J. / Sun, Y. / Gao, G.F.

引用

ジャーナル: Mbio / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure of African Swine Fever Virus dUTPase Reveals a Potential Drug Target.
著者: Li, C. / Chai, Y. / Song, H. / Weng, C. / Qi, J. / Sun, Y. / Gao, G.F.

履歴

登録	2019年9月17日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2019年11月13日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ky9.cif.gz	192.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ky9.ent.gz	150.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ky9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ky9_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ky9_full_validation.pdf.gz	1.4 MB	表示
XML形式データ	6ky9_validation.xml.gz	22.9 KB	表示
CIF形式データ	6ky9_validation.cif.gz	33.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ky/6ky9	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ky8C 1vyqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	2y1n-2 6lis-1 2y1n-1 6lj3-d 3nut-1 6o03-1 2bb3-1 4jwu-1 6ljo-1 2m56-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#259 - 2021年7月人工設計タンパク質と市民科学 (Designed Proteins and Citizen Science) 類似性 (5)

登録構造単位

A: E165R

B: E165R

C: E165R

ヘテロ分子

58.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.418, 57.418, 149.529
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	78
Space group name H-M	P4₃

#1: タンパク質	E165R / E165R CDS protein 分子量: 19114.328 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) African swine fever virus (アフリカ豚コレラウイルス) 遺伝子: E165R CDS, E165R, ASFV-Georgia_4-154 / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A0A2X0SE53
#2: 化合物	ChemComp-UMP / 2'-DEOXYURIDINE 5'-MONOPHOSPHATE / DUMP / dUMP 分子量: 308.182 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₃N₂O₈P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 448 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.15 Å³/Da / 溶媒含有率: 42.77 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M Citric acid pH 3.5, 14% w/v Polyethylene glycol 1,000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 1.03923 Å
検出器	タイプ: RDI CMOS_8M / 検出器: CMOS / 日付: 2019年5月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.03923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.696→50 Å / Num. obs: 53337 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 13.8 % / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.03 / Net I/σ(I): 24.81
反射シェル	解像度: 1.7→1.76 Å / Mean I/σ(I) obs: 3.07 / Num. unique obs: 5306 / CC_1/2: 0.997 / R_pim(I) all: 0.026

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.15.2_3472	精密化
PDB_EXTRACT	3.25	データ抽出
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1vyq

1vyq

解像度: 1.7→37.64 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.56

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2154	2643	4.97 %
R_work	0.1883	-	-
obs	0.1897	53231	99.81 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 74.43 Å² / B_iso mean: 18.3329 Å² / B_iso min: 3.38 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.7→37.64 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3378	0	60	448	3886
B_iso mean	-	-	16.74	26.94	-
残基数	-	-	-	-	432

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.7-1.7271	0.2732	151	0.2443	2573	97
1.7271-1.7603	0.2933	165	0.2393	2630	100
1.7603-1.7962	0.226	125	0.2226	2691	100
1.7962-1.8353	0.2241	143	0.2193	2624	100
1.8353-1.878	0.2453	134	0.2137	2658	100
1.878-1.9249	0.2239	96	0.2102	2715	100
1.9249-1.977	0.2321	135	0.1955	2706	100
1.977-2.0351	0.2326	140	0.1978	2623	100
2.0351-2.1008	0.2299	113	0.199	2674	100
2.1008-2.1759	0.244	131	0.1933	2669	100
2.1759-2.263	0.2384	160	0.1996	2657	100
2.263-2.366	0.2444	140	0.2107	2663	100
2.366-2.4907	0.2154	134	0.2049	2675	100
2.4907-2.6467	0.2333	165	0.2	2625	100
2.6467-2.851	0.2312	153	0.1941	2672	100
2.851-3.1378	0.1911	146	0.1838	2672	100
3.1378-3.5915	0.1803	160	0.1672	2652	100
3.5915-4.5237	0.1677	121	0.1484	2689	100
4.5237-37.64	0.1997	131	0.1607	2720	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0612	0.0237	0.0031	0.0115	-0.0058	0.0207	0.0194	-0.022	0.0321	-0.027	-0.0428	-0.0231	-0.0119	0.0195	-0.0181	0.058	0.0098	0.0227	0.0419	0.0029	0.0507	8.7993	-15.3993	8.6045
2	0.0151	-0.007	0.0036	0.0045	-0.0078	0.0331	-0.0045	0.022	-0.0229	-0.0729	-0.0364	0.025	0.0385	-0.0222	-0.0601	0.0889	0.0208	-0	0.0472	-0.025	0.0587	3.128	-40.8559	2.9452
3	0.0227	-0.0009	0.0065	0.0251	-0.0037	0.0023	0.0079	-0.0113	0.003	-0.0006	-0.0301	-0.0528	0.0087	0.0407	-0.018	0.0445	0.0126	-0.0141	0.1031	0.0335	0.0799	17.9728	-35.1892	23.7595

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A	A	2 - 144
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B	B	2 - 149
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C	C	2 - 201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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