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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kw6 | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of cytidine deaminase from Streptomyces noursei | ||||||
![]() | cytidine deaminase | ||||||
![]() | HYDROLASE | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xie, T. / Liu, Z.C. / Wang, G.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Crystal Structure of cytidine deaminase from Streptomyces noursei 著者: Xie, T. / Liu, Z.C. / Wang, G.G. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 60.6 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 42 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 427.9 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 428.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 16.4 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 3mpzS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 13979.904 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.97 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 詳細: 0.2M Magnesium chloride hexahydrate, 0.1M Tris pH8.5 and 25% w/v Polyethylene glycol 3,350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月2日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.89→29.933 Å / Num. obs: 19489 / % possible obs: 98.2 % / 冗長度: 3.3 % / Rmerge(I) obs: 0.074 / Net I/σ(I): 14.2 |
反射 シェル | 解像度: 1.89→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.476 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 992 |
-位相決定
位相決定 | 手法: ![]() |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3mpz 解像度: 1.895→29.933 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.09
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 63.22 Å2 / Biso mean: 31.2394 Å2 / Biso min: 19.66 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 1.895→29.933 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0
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