PDB-6kvh: The mutant crystal structure of endo-polygalacturonase (T284A) fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kvh

タイトル

The mutant crystal structure of endo-polygalacturonase (T284A) from Talaromyces leycettanus JCM 12802

要素

endo-polygalacturonase

キーワード

HYDROLASE / endo-polygalacturonase

機能・相同性

alpha-D-mannopyranose

機能・相同性情報

生物種

Talaromyces leycettanus (菌類)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.2 Å

データ登録者

Tu, T. / Wang, Z. / Luo, H. / Yao, B.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Mechanisms Underlying the Kinetic Stability of GH28 Endo-Polygalacturonase.
著者: Tu, T. / Wang, Z. / Luo, Y. / Li, Y. / Su, X. / Wang, Y. / Zhang, J. / Rouvinen, J. / Yao, B. / Hakulinen, N. / Luo, H.

履歴

登録	2019年9月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年9月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年3月23日	Group: Database references / Structure summary カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2 Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kvh.cif.gz	187.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kvh.ent.gz	122.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kvh.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kvh_validation.pdf.gz	1 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kvh_full_validation.pdf.gz	1 MB	表示
XML形式データ	6kvh_validation.xml.gz	17.9 KB	表示
CIF形式データ	6kvh_validation.cif.gz	27.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kv/6kvh	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kveSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1nhc-3 5u1e-d 4eqm-6 4otz-2 4obb-1 1nhc-5 2iq7-6 6ya1-d 2ozt-d 4otz-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#247 - 2020年7月ミエリン関連糖タンパク質 (Myelin-associated Glycoprotein) 類似性 (1) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (1) #83 - 2006年11月フィブリン (Fibrin) 類似性 (1)

登録構造単位

A: endo-polygalacturonase

ヘテロ分子

35.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	44.361, 68.562, 88.276
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁
Space group name Hall	P2ac2ab
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y+1/2,-z #3: -x,y+1/2,-z+1/2 #4: -x+1/2,-y,z+1/2

#1: タンパク質

endo-polygalacturonase

分子量: 35208.250 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Talaromyces leycettanus (菌類) / 株: JCM 12802 / 発現宿主:

Komagataella phaffii GS115 (菌類)

#2: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#3: 糖

ChemComp-MAN / alpha-D-mannopyranose / alpha-D-mannose / D-mannose / mannose / α-D-マンノピラノ-ス

タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₆H₁₂O₆ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 392 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

研究の焦点であるリガンドがあるか

Y

Has protein modification

Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 37.05 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.5 詳細: 0.1 M citric acid (pH 3.5), 25% (w/v) polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.198→25.93 Å / Num. obs: 80946 / % possible obs: 94.95 % / 冗長度: 1.3 % / B_iso Wilson estimate: 15.24 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.01 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.01146 / Net I/σ(I): 15.72
反射シェル	解像度: 1.198→1.241 Å / 冗長度: 1 % / R_merge(I) obs: 0.01 / Mean I/σ(I) obs: 3.94 / Num. unique obs: 6194 / CC_1/2: 1 / R_pim(I) all: 0.01 / R_rim(I) all: 0.01 / % possible all: 73.61

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6KVE

6kve

解像度: 1.2→25.93 Å / SU ML: 0.0843 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 13.5573

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1497	4108	5.08 %
R_work	0.1239	-	-
obs	0.1253	80926	94.96 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 20.12 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.2→25.93 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2406	0	25	392	2823

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0044	2682
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.7955	3708
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0871	443
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0053	491
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	3.2128	1809

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.2-1.21	0.208	99	0.1239	1749	X-RAY DIFFRACTION	64.77
1.21-1.23	0.1599	112	0.1239	2087	X-RAY DIFFRACTION	74.77
1.23-1.24	0.1619	123	0.1239	2241	X-RAY DIFFRACTION	82.03
1.24-1.26	0.1673	111	0.1239	2424	X-RAY DIFFRACTION	87.53
1.26-1.28	0.1695	127	0.1239	2562	X-RAY DIFFRACTION	91.71
1.28-1.29	0.17	149	0.1239	2594	X-RAY DIFFRACTION	94.62
1.29-1.31	0.1831	141	0.1239	2591	X-RAY DIFFRACTION	94.66
1.31-1.33	0.1675	147	0.1239	2664	X-RAY DIFFRACTION	95.94
1.33-1.36	0.159	155	0.1239	2637	X-RAY DIFFRACTION	96.34
1.36-1.38	0.1708	144	0.1228	2643	X-RAY DIFFRACTION	95.77
1.38-1.4	0.1353	131	0.1132	2690	X-RAY DIFFRACTION	97.31
1.4-1.43	0.163	141	0.1121	2714	X-RAY DIFFRACTION	96.45
1.43-1.46	0.1401	145	0.1107	2677	X-RAY DIFFRACTION	98.19
1.46-1.49	0.1363	153	0.1101	2718	X-RAY DIFFRACTION	97.82
1.49-1.53	0.1403	143	0.1147	2679	X-RAY DIFFRACTION	96.94
1.53-1.57	0.1371	164	0.1028	2734	X-RAY DIFFRACTION	98.87
1.57-1.61	0.1415	149	0.1057	2711	X-RAY DIFFRACTION	98.21
1.61-1.66	0.1328	135	0.1059	2731	X-RAY DIFFRACTION	97.98
1.66-1.71	0.1417	142	0.1146	2752	X-RAY DIFFRACTION	98.34
1.71-1.77	0.1517	122	0.1234	2806	X-RAY DIFFRACTION	99.05
1.77-1.84	0.1382	148	0.1221	2744	X-RAY DIFFRACTION	99.04
1.84-1.92	0.1449	155	0.122	2765	X-RAY DIFFRACTION	98.85
1.92-2.03	0.1572	134	0.1196	2783	X-RAY DIFFRACTION	99.05
2.03-2.15	0.1435	144	0.1198	2807	X-RAY DIFFRACTION	99.53
2.15-2.32	0.1553	150	0.122	2801	X-RAY DIFFRACTION	99.63
2.32-2.55	0.1468	149	0.1322	2824	X-RAY DIFFRACTION	99.56
2.55-2.92	0.1415	136	0.1284	2855	X-RAY DIFFRACTION	99.73
2.92-3.68	0.1508	197	0.1194	2838	X-RAY DIFFRACTION	99.97
3.68-10	0.1547	162	0.1319	2997	X-RAY DIFFRACTION	99.65

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 55.6251 Å / Origin y: 7.6311 Å / Origin z: 98.9514 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.1781 Å²	0.0052 Å²	0.0016 Å²	-	0.1687 Å²	0.0101 Å²	-	-	0.0839 Å²
L	0.3324 °²	0.0316 °²	-0.0205 °²	-	0.4502 °²	0.0425 °²	-	-	0.3717 °²
S	-0.0082 Å °	0.0082 Å °	0.0065 Å °	0.0208 Å °	0.0123 Å °	0.0031 Å °	-0.0137 Å °	0.0046 Å °	-0.0099 Å °

精密化 TLSグループ

Selection details: all

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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