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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kve
タイトルCrystal structure of a GH28 endo-polygalacturonase from Talaromyces leycettanus JCM 12802
要素Endo-polygalacturonase
キーワードHYDROLASE / Thermophilic / Endo-polygalacturonase
生物種Talaromyces leycettanus (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Tu, T. / Hakulinen, N. / Yao, B.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31702145 中国
引用ジャーナル: J.Agric.Food Chem. / 年: 2021
タイトル: Structural Insights into the Mechanisms Underlying the Kinetic Stability of GH28 Endo-Polygalacturonase.
著者: Tu, T. / Wang, Z. / Luo, Y. / Li, Y. / Su, X. / Wang, Y. / Zhang, J. / Rouvinen, J. / Yao, B. / Hakulinen, N. / Luo, H.
履歴
登録2019年9月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Database references / Structure summary
カテゴリ: audit_author / citation ...audit_author / citation / citation_author / database_2
Item: _audit_author.name / _citation.country ..._audit_author.name / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年11月6日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Endo-polygalacturonase


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,2381
ポリマ－35,2381
非ポリマー00
水8,521473
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area500 Å2
ΔGint5 kcal/mol
Surface area12200 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)44.175, 67.823, 87.991
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Endo-polygalacturonase


分子量: 35238.273 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Talaromyces leycettanus (菌類) / 発現宿主: Komagataella phaffii GS115 (菌類)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 473 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 35.86 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8
詳細: 0.1 M citrate buffer (pH 4.8), 28% (w/v) polyethylene glycol monomethyl ether 5000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→53.72 Å / Num. obs: 60589 / % possible obs: 95.83 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 11.94 Å2 / CC1/2: 0.993 / Rmerge(I) obs: 0.08757 / Rpim(I) all: 0.05173 / Rrim(I) all: 0.1027 / Net I/σ(I): 6.63
反射 シェル解像度: 1.32→1.37 Å / 冗長度: 3.1 % / Rmerge(I) obs: 0.7499 / Mean I/σ(I) obs: 1.09 / Num. unique obs: 5346 / CC1/2: 0.528 / Rpim(I) all: 0.4617 / Rrim(I) all: 0.8882 / % possible all: 84.93

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: フーリエ合成 / 解像度: 1.32→53.72 Å / SU ML: 0.2158 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 27.1827
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2197 2948 4.88 %
Rwork0.1596 --
obs0.1626 60352 95.83 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.17 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.32→53.72 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2409 0 25 473 2907
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0052584
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.77483556
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.085432
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0049462
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d3.62961346
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.32-1.340.35921280.27572218X-RAY DIFFRACTION78.28
1.34-1.360.30211150.26692550X-RAY DIFFRACTION90.89
1.36-1.390.37171260.26752750X-RAY DIFFRACTION96.67
1.39-1.420.34031180.26772749X-RAY DIFFRACTION97.32
1.42-1.440.34791410.25982753X-RAY DIFFRACTION97.61
1.44-1.480.32811600.23662724X-RAY DIFFRACTION97.17
1.48-1.510.28521510.21932763X-RAY DIFFRACTION98.75
1.51-1.550.31341460.19772701X-RAY DIFFRACTION95.76
1.55-1.590.28181210.21562774X-RAY DIFFRACTION97.87
1.59-1.640.34971400.20882804X-RAY DIFFRACTION98.4
1.64-1.690.25691270.22142819X-RAY DIFFRACTION99.03
1.69-1.750.28561480.21762776X-RAY DIFFRACTION98.75
1.75-1.820.27041220.19582749X-RAY DIFFRACTION95.92
1.82-1.90.2771450.17462795X-RAY DIFFRACTION98.62
1.9-20.2281490.16122837X-RAY DIFFRACTION98.87
2-2.130.2031310.13512823X-RAY DIFFRACTION98.7
2.13-2.290.17761590.11682737X-RAY DIFFRACTION96.57
2.29-2.520.16431700.11892774X-RAY DIFFRACTION96.71
2.52-2.890.18291670.12012779X-RAY DIFFRACTION97.1
2.89-3.640.17321550.11892733X-RAY DIFFRACTION93.4
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 55.474 Å / Origin y: 7.3858 Å / Origin z: 98.65 Å
111213212223313233
T0.1268 Å20.0051 Å20.001 Å2-0.1089 Å20.0165 Å2--0.1142 Å2
L0.2867 °20.0858 °20.0423 °2-0.5296 °20.1136 °2--0.3353 °2
S-0.0066 Å °0.004 Å °-0.0016 Å °-0.014 Å °0.008 Å °0.0007 Å °-0.0061 Å °0.0044 Å °-0.0034 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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