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- PDB-6kuw: Crystal structure of human alpha2C adrenergic G protein-coupled r... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kuw
タイトルCrystal structure of human alpha2C adrenergic G protein-coupled receptor.
要素Alpha-2C adrenergic receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / Alpha2c adrenergic receptor / antagonist / GPCR
機能・相同性
機能・相同性情報


: / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / epinephrine binding / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion / regulation of smooth muscle contraction / Surfactant metabolism / Adrenoceptors ...: / alpha2-adrenergic receptor activity / Adrenaline signalling through Alpha-2 adrenergic receptor / epinephrine binding / negative regulation of norepinephrine secretion / alpha-2A adrenergic receptor binding / negative regulation of epinephrine secretion / regulation of smooth muscle contraction / Surfactant metabolism / Adrenoceptors / adrenergic receptor signaling pathway / activation of protein kinase B activity / regulation of vasoconstriction / adenylate cyclase-activating adrenergic receptor signaling pathway / positive regulation of neuron differentiation / guanyl-nucleotide exchange factor activity / negative regulation of insulin secretion / platelet activation / Adrenaline,noradrenaline inhibits insulin secretion / G alpha (z) signalling events / cell-cell signaling / G alpha (i) signalling events / endosome / positive regulation of MAPK cascade / G protein-coupled receptor signaling pathway / protein heterodimerization activity / protein homodimerization activity / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Alpha 2C adrenoceptor / Glycosyl transferases group 1 / Adrenoceptor family / Glycogen Phosphorylase B; / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) ...Alpha 2C adrenoceptor / Glycosyl transferases group 1 / Adrenoceptor family / Glycogen Phosphorylase B; / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CHOLESTEROL / Chem-E33 / OLEIC ACID / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / Alpha-2C adrenergic receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Chen, X.Y. / Wu, L.J. / Wu, D. / Zhong, G.S.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31771130 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of human alpha2C adrenergic G protein-coupled receptor.
著者: Chen, X.Y. / Wu, D. / Wu, L.J. / Han, G.W. / Guo, Y. / Zhong, G.S.
履歴
登録2019年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.22024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-2C adrenergic receptor
B: Alpha-2C adrenergic receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)115,58015
ポリマ－111,0172
非ポリマー4,56313
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2310 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area44610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)74.480, 78.740, 190.450
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Alpha-2C adrenergic receptor


分子量: 55508.660 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト)
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P18825*PLUS

-
非ポリマー , 5種, 15分子

#2: 化合物 ChemComp-E33 / (8~{a}~{R},12~{a}~{S},13~{a}~{R})-12-ethylsulfonyl-3-methoxy-5,6,8,8~{a},9,10,11,12~{a},13,13~{a}-decahydroisoquinolino[2,1-g][1,6]naphthyridine


分子量: 364.502 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H28N2O3S
#3: 化合物 ChemComp-CLR / CHOLESTEROL / コレステロ-ル


分子量: 386.654 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H46O
#4: 化合物
ChemComp-OLC / (2R)-2,3-dihydroxypropyl (9Z)-octadec-9-enoate / 1-Oleoyl-R-glycerol / L-グリセロ-ル3-オレア-ト


分子量: 356.540 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H40O4
#5: 化合物 ChemComp-OLA / OLEIC ACID / オレイン酸


分子量: 282.461 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H34O2
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.1 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: sodium phosphate monobasic (0.1M), Hepes pH6.5-6.9 (0.1M), PEG400 24-35%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年4月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 26778 / % possible obs: 94.4 % / 冗長度: 3.74 % / Biso Wilson estimate: 79.97 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Rrim(I) all: 0.127 / Net I/σ(I): 8.15
反射 シェル解像度: 2.8→2.87 Å / 冗長度: 3.23 % / Rmerge(I) obs: 0.721 / Mean I/σ(I) obs: 1.74 / Num. unique obs: 1692 / CC1/2: 0.604 / % possible all: 82.1
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4s0v

4s0v


解像度: 2.8→47.04 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.939 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.91 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.389
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 1302 4.86 %RANDOM
Rwork0.213 ---
obs0.216 26777 94.4 %-
原子変位パラメータBiso mean: 65 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--6.353 Å20 Å20 Å2
2--2.8413 Å20 Å2
3---3.5116 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.41 Å
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→47.04 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7370 0 243 2 7615
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数Restraint functionWeight
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d0.0097819HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg1.0910596HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d2669SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_incorr_chiral_ct
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes1275HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it7819HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.62
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion20.17
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion999SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact9309SEMIHARMONIC4
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.91 Å / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3088 137 5.23 %
Rwork0.2242 2483 -
all0.2285 2620 -
obs--83.15 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.79130.23850.72991.61430.61633.711-0.0429-0.0058-0.0128-0.0950.00440.0260.0654-0.21930.0385-0.0142-0.0397-0.002-0.1668-0.0017-0.2213-33.664-14.845342.5422
23.10140.0118-0.83674.75561.4489.7294-0.22450.4141-0.3984-0.5396-0.1411-0.5338-0.0761-0.08570.36560.3163-0.14230.16-0.257-0.043-0.4493-22.5118-26.5342-4.8486
31.5677-0.1863-0.47761.53240.44483.5257-0.11670.13690.174-0.27130.2219-0.2212-0.610.817-0.1051-0.1098-0.18020.0533-0.0674-0.0344-0.2769-7.92624.546543.2563
45.2038-1.4977-1.21955.5791.1897.7060.1983-0.18340.1528-0.3868-0.4140.0932-1.0885-0.62970.21580.27340.26570.0628-0.09290.0026-0.4832-16.711512.3845-6.7691
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|41 - 454 }
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - 1196 }
3X-RAY DIFFRACTION3{ B|41 - 453 }
4X-RAY DIFFRACTION4{ B|1001 - 1196 }

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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