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- PDB-6ktq: Crystal structure of catalytic domain of homocitrate synthase fro... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ktq
タイトルCrystal structure of catalytic domain of homocitrate synthase from Sulfolobus acidocaldarius (SaHCS(dRAM)) in complex with alpha-ketoglutarate/Zn2+/CoA
要素Homocitrate synthase
キーワードLYASE / Homocitrate synthase / Sulfolobus acidocaldarius / complex / BIOSYNTHETIC PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


homocitrate synthase / homocitrate synthase activity / lysine biosynthetic process via aminoadipic acid / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Homocitrate synthase, fungi/archaea / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 2. / : / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. ...Homocitrate synthase, fungi/archaea / Homocitrate synthase post-HMGL domain-like / Alpha-isopropylmalate and homocitrate synthases signature 2. / : / Alpha-isopropylmalate/homocitrate synthase, conserved site / Transcription regulator AsnC/Lrp, ligand binding domain / Lrp/AsnC ligand binding domain / Pyruvate carboxyltransferase / HMGL-like / Pyruvate carboxyltransferase domain. / Dimeric alpha-beta barrel / Aldolase class I / Aldolase-type TIM barrel / TIM Barrel / Alpha-Beta Barrel / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-OXOGLUTARIC ACID / COENZYME A / Homocitrate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.98 Å
データ登録者Suzuki, T. / Tomita, T. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of Science (JSPS)24228001 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: Involvement of subdomain II in the recognition of acetyl-CoA revealed by the crystal structure of homocitrate synthase from Sulfolobus acidocaldarius.
著者: Suzuki, T. / Tomita, T. / Hirayama, K. / Suzuki, M. / Kuzuyama, T. / Nishiyama, M.
履歴
登録2019年8月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年9月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月23日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22021年3月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Homocitrate synthase
B: Homocitrate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)94,39317
ポリマ－91,4282
非ポリマー2,96515
水6,179343
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4680 Å2
ΔGint-170 kcal/mol
Surface area36750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)114.693, 114.693, 125.713
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Homocitrate synthase


分子量: 45714.051 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (strain ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770) (好気性・好酸性)
株: ATCC 33909 / DSM 639 / JCM 8929 / NBRC 15157 / NCIMB 11770
遺伝子: Saci_1304 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4J989, homocitrate synthase

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非ポリマー , 6種, 358分子

#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-AKG / 2-OXOGLUTARIC ACID / α-ケトグルタル酸


分子量: 146.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H6O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#6: 化合物 ChemComp-1PE / PENTAETHYLENE GLYCOL / PEG400 / ペンタエチレングリコ-ル


分子量: 238.278 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H22O6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 343 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.7 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES-NaOH, pH 7.5, 1.0 M (NH4)2SO4, 2% PEG 400

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.98→125.71 Å / Num. obs: 66792 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 10.1 % / CC1/2: 0.999 / Rpim(I) all: 0.031 / Rsym value: 0.095 / Net I/σ(I): 28.3
反射 シェル解像度: 1.98→2.03 Å / Num. unique obs: 3298 / CC1/2: 0.911 / Rpim(I) all: 0.222 / Rsym value: 0.658

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位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
REFMAC5.8.0073精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2ZTJ

2ztj


解像度: 1.98→125.71 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.966 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 3.725 / SU ML: 0.104 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.151 / ESU R Free: 0.142 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2157 3233 4.8 %RANDOM
Rwork0.1743 ---
obs0.1763 63520 99.9 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 86.49 Å2 / Biso mean: 35.851 Å2 / Biso min: 19.59 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0 Å20 Å2
3---0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.98→125.71 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6234 0 174 343 6751
Biso mean--45.34 40.14 -
残基数----797
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0196524
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.026285
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.5351.9788839
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.82314431
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6765791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.52722.887291
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.083151087
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.6171552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1380.21003
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.027203
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021481
LS精密化 シェル解像度: 1.981→2.032 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 215 -
Rwork0.231 4634 -
all-4849 -
obs--99.24 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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