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万見
- PDB-6ksa: Crystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ksa
タイトルCrystal Structure of E447A Acyl-CoA Dehydrogenase FadE5 mutant from Mycobacteria smegmatis in complex with C18CoA
要素Acyl-CoA dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


long-chain acyl-CoA dehydrogenase / medium-chain acyl-CoA dehydrogenase / long-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain acyl-CoA dehydrogenase / butyryl-CoA dehydrogenase activity / medium-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / short-chain fatty acyl-CoA dehydrogenase activity / fatty acid metabolic process / flavin adenine dinucleotide binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Acyl-CoA dehydrogenase, N-terminal, bacteria / Acyl-CoA dehydrogenase N terminal / Acetyl-CoA dehydrogenase-like C-terminal domain / Acetyl-CoA dehydrogenase C-terminal like / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase C-terminal / Acyl-CoA dehydrogenase, C-terminal domain / Acyl-CoA oxidase/dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase, middle domain / Acyl-CoA dehydrogenase/oxidase, N-terminal and middle domain superfamily / Acyl-CoA dehydrogenase-like, C-terminal
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / STEAROYL-COENZYME A / Acyl-CoA dehydrogenase / Broad-specificity linear acyl-CoA dehydrogenase FadE5
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.768 Å
データ登録者Liu, X. / Chen, X.B.
引用ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2020
タイトル: Structural basis for the broad substrate specificity of two acyl-CoA dehydrogenases FadE5 from mycobacteria.
著者: Chen, X. / Chen, J. / Yan, B. / Zhang, W. / Guddat, L.W. / Liu, X. / Rao, Z.
履歴
登録2019年8月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title ..._citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22020年7月29日Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: citation / citation_author / struct_conn
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acyl-CoA dehydrogenase
B: Acyl-CoA dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,66511
ポリマ－133,6892
非ポリマー3,9769
水20,7171150
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12530 Å2
ΔGint-137 kcal/mol
Surface area38650 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)97.934, 206.586, 74.064
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-1250-

HOH

21B-1272-

HOH

31B-1380-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Acyl-CoA dehydrogenase


分子量: 66844.531 Da / 分子数: 2 / 変異: E447A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis (バクテリア)
遺伝子: fadE5, ERS451418_00380 / プラスミド: pET28 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: A0A0D6G5A8, UniProt: Q3L887*PLUS, short-chain acyl-CoA dehydrogenase

-
非ポリマー , 5種, 1159分子

#2: 化合物 ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-ST9 / STEAROYL-COENZYME A / ステアロイルCoA


分子量: 1033.996 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H70N7O17P3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1150 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7
詳細: 0.1 M Hepes sodium (pH 7.0), 2% v/v PEG 400, 2 M (NH4)2SO4, 1 mM FAD and 1.2 mM C18CoA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9785 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月1日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9785 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.768→50 Å / Num. obs: 147197 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 5.6 % / Rmerge(I) obs: 0.124 / Rpim(I) all: 0.056 / Rrim(I) all: 0.136 / Χ2: 0.952 / Net I/σ(I): 4.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.77-1.84.70.86972210.6110.4360.9770.9799.6
1.8-1.835.50.77472890.7120.3550.8550.95499.8
1.83-1.875.70.68872420.7610.3110.7580.96299.9
1.87-1.915.70.60273200.8160.2710.6620.96599.9
1.91-1.955.70.52572940.8530.2380.5780.958100
1.95-1.995.70.45772910.8770.2080.5040.976100
1.99-2.045.40.3773150.9080.1740.4110.98199.9
2.04-2.15.50.32172750.9310.1490.3550.999100
2.1-2.165.90.2773040.9470.120.2961.003100
2.16-2.235.90.22473610.9630.10.2461.005100
2.23-2.315.80.19773070.9720.0880.2161.025100
2.31-2.45.60.17173490.9750.0780.1881.004100
2.4-2.515.40.14773200.980.0690.1630.99699.8
2.51-2.645.70.12673590.9860.0570.1390.98899.9
2.64-2.815.90.11173360.9880.0490.1220.98799.9
2.81-3.035.80.0973830.9910.040.0990.939100
3.03-3.335.40.06874400.9940.0320.0750.93399.9
3.33-3.815.90.05274560.9960.0230.0570.927100
3.81-4.85.50.03975150.9970.0180.0430.82399.8
4.8-505.40.03478200.9980.0150.0370.64699.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.768→45.683 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.03
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1714 7292 5.02 %
Rwork0.1488 --
obs0.1499 145200 98.6 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 287.85 Å2 / Biso mean: 26.0235 Å2 / Biso min: 11.07 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.768→45.683 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9329 0 450 1150 10929
Biso mean--32.23 34.22 -
残基数----1218
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149773
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.20413250
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.4235700
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0681453
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.011694
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.7682-1.78830.26862180.2352405988
1.7883-1.80930.27552010.2235427692
1.8093-1.83140.25792250.2079437995
1.8314-1.85460.21522400.2008441696
1.8546-1.8790.22892470.1932447397
1.879-1.90470.22392490.1877448097
1.9047-1.93190.23032380.1756454798
1.9319-1.96070.18542740.1688451398
1.9607-1.99140.18762500.1717456299
1.9914-2.0240.19692290.1691454699
2.024-2.05890.18842570.1626461499
2.0589-2.09640.19012400.15354609100
2.0964-2.13670.1762500.14584634100
2.1367-2.18030.18592340.14254654100
2.1803-2.22770.17242240.13944662100
2.2277-2.27950.16912450.13364605100
2.2795-2.33650.17982270.13374664100
2.3365-2.39970.17532530.1354641100
2.3997-2.47030.18322380.1394645100
2.4703-2.550.15032410.13014657100
2.55-2.64120.16262340.12864672100
2.6412-2.74690.16022550.13274636100
2.7469-2.87190.16682480.1364667100
2.8719-3.02330.15162750.14074624100
3.0233-3.21270.16222410.14514707100
3.2127-3.46060.1382480.13864705100
3.4606-3.80870.15092520.13914728100
3.8087-4.35950.13642600.1244741100
4.3595-5.4910.1482480.13324797100
5.491-45.6830.21862510.201499599

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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