[日本語] English
万見
- PDB-6ks0: Crystal structure of the human adiponectin receptor 1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ks0
タイトルCrystal structure of the human adiponectin receptor 1
要素
  • Adiponectin receptor protein 1
  • The heavy chain variable domain (Antibody)
  • The light chain variable domain (Antibody)
キーワードMEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / membrane protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex
機能・相同性
機能・相同性情報


adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / fatty acid oxidation ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / leptin-mediated signaling pathway / negative regulation of epithelial cell migration / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of epithelial to mesenchymal transition / negative regulation of non-canonical NF-kappaB signal transduction / fatty acid oxidation / regulation of lipid metabolic process / regulation of glucose metabolic process / positive regulation of insulin receptor signaling pathway / hormone-mediated signaling pathway / positive regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / negative regulation of cell growth / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / protein kinase binding / identical protein binding / membrane / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
AdipoR/Haemolysin-III-related / Haemolysin-III related
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / Adiponectin receptor protein 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.79 Å
データ登録者Tanabe, H. / Fujii, Y. / Nakamura, Y. / Hosaka, T. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S.
資金援助 日本, 2件
組織認可番号国
Japan Agency for Medical Research and Development (AMED)JP17am010108 日本
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16K18509 日本
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2020
タイトル: Human adiponectin receptor AdipoR1 assumes closed and open structures.
著者: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. / ...著者: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S.
履歴
登録2019年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2020年8月19日ID: 3WXV
改定 1.02020年8月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月16日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Adiponectin receptor protein 1
H: The heavy chain variable domain (Antibody)
L: The light chain variable domain (Antibody)
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,0105
ポリマ－59,8493
非ポリマー1602
水52229
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area24300 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.663, 194.443, 74.384
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221
Space group name HallC2c2

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Adiponectin receptor protein 1 / Progestin and adipoQ receptor family member 1 / Progestin and adipoQ receptor family member I


分子量: 35040.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ADIPOR1, PAQR1, TESBP1A, CGI-45 / 発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: Q96A54

-
抗体 , 2種, 2分子 HL

#2: 抗体 The heavy chain variable domain (Antibody)


分子量: 13160.635 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 抗体 The light chain variable domain (Antibody)


分子量: 11647.850 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
非ポリマー , 3種, 31分子

#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 29 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.06 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 / pH: 8 / 詳細: PEG 400, magnesium sulphate, bicine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→30 Å / Num. obs: 17815 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 7.4 % / Biso Wilson estimate: 58.33 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 131713
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Num. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible allRmerge(I) obs
2.75-2.857.517450.9991100
2.85-2.967.517491.0011100
2.96-3.17.517781.00311000.842
3.1-3.267.517601.00211000.579
3.26-3.467.517600.997199.90.43
3.46-3.737.417920.998199.90.303
3.73-4.117.417620.999199.90.209
4.11-4.77.417961.001199.90.118
4.7-5.917.318121199.60.102
5.91-30718611198.10.068

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1E6J, 1FDL

1e6j

1fdl


解像度: 2.79→19.94 Å / SU ML: 0.4503 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.9487
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2771 824 5 %
Rwork0.221 15665 -
obs0.2238 16489 96.03 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 78.4 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.79→19.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4065 0 6 30 4101
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00184434
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.48816026
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0386645
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031757
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d10.90192525
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.79-2.960.38391280.29582452X-RAY DIFFRACTION91.98
2.96-3.190.37411400.28582650X-RAY DIFFRACTION98.62
3.19-3.510.33581380.25822635X-RAY DIFFRACTION98.33
3.51-4.010.26491400.21852647X-RAY DIFFRACTION97.62
4.01-5.040.21381390.18372635X-RAY DIFFRACTION96.55
5.04-19.940.26421390.20262646X-RAY DIFFRACTION93.17
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.719688832940.607770368758-0.497317545795.305529847811.297430131151.721661196980.08652524435810.1369196613130.250264293483-0.682418895407-0.04205416560340.749380705471-0.67485597804-0.307087624486-0.1257230682330.8005501938270.236206994362-0.1553888098510.540482470234-0.01077678778090.48701544805720.193624317836.910149148-13.912193524
21.56677794361-0.6393837821730.09206615056346.218941985983.230441788983.1876418799-0.0157195855984-0.2273816618270.4544982318730.5683294789120.682711336536-0.938314892261-0.5727605881260.0994199472087-0.4405951415840.9971966530870.169493296655-0.00674234081550.609732169271-0.1246766231390.64374830610329.815695186149.2901697319-2.97976757476
30.370876657607-0.4492646206621.463381394040.596657762414-1.882456846875.86305013287-0.2940778169040.3224913035780.4338213990590.0901752633168-0.689105518843-0.427168969552-0.4077781357121.2668912625-0.3580870562840.7284611319950.0535611374383-0.08107183573360.381098550604-0.1458098393431.0005048843333.82991824931.9782034733.55711010778
40.8982360682160.4018091571330.06518032025220.329944864779-0.2982040484840.5272615228580.00822854990988-0.2822650247750.178848142277-0.55429035730.0248562204313-0.0684098349586-0.968423309834-0.157282666265-0.01866571482741.133203749640.2418142911580.1299045274010.702731824141-0.01189339841640.50946299443524.70851.3687.186
54.90830433201-2.58434818731-3.149075802175.24278757179-0.5761348291493.590401394070.8054359099410.4420389703880.208803844890.7762373431470.7663425924451.09479371616-0.76836715469-0.0302356323768-0.4232096852512.091201153620.530235191518-0.08167834301790.944966187605-0.1443015475611.0459620049612.611924965267.51046229933.62411720984
62.158428832270.141552311807-1.120665742697.24820066486-0.3952108566213.032225296910.110810779371-0.4205674950731.339668187750.9712813310250.0705048121478-0.806194641993-0.283566316231.15026370323-0.2314799650211.21051686230.2557306930110.1204637428220.753936443045-0.03067868141071.056273889513.412897961848.30713711111.91335401213
73.19551009934-0.335403870928-0.9776258931572.723035598930.8122049762093.019697185720.260651840242-0.0007655321950770.5736552759610.520516191960.01755954425990.885580218228-1.03933021138-0.137310457167-0.1054156001930.9600083409750.371039510019-0.005508456083110.743015119482-0.09847574590890.72724989922713.032226358849.8543930449-4.31615407593
81.78521347304-1.17063614658-2.414226933574.556905264570.8723337781115.41025236406-0.200239057946-0.2863256431-0.470940085652-0.1375502419990.09498723224930.448221614510.796092057496-0.1051476671060.3598355326090.628744504392-0.437740859083-0.05423232796431.008037748580.02287890055480.74852532268213.0692358059-11.2798544383-17.2094496104
90.935068143427-0.7849708074510.5877179690861.095965409070.7354065438233.77064029926-0.323356823386-0.5275595847040.0350692383215-0.069874097477-0.2788892756051.287304987890.324091824225-1.687768708930.5968188164860.418776518266-0.1304208440170.09590299620410.890256345281-0.1407006713080.8654717704489.675902488511.22890482637-12.5715645747
104.898884636820.1503612515970.2014189199746.04080864493-0.6836849178455.62262287705-0.2098102593290.6415710536770.00547006073763-1.33592118364-0.07114628518150.662584291186-0.429623609965-0.8452662477110.3514400476390.648947528471-0.0658530869555-0.218917899460.582678346695-0.1205206124760.66598570277515.19463557030.244948674122-24.6637521838
116.35846743353-5.51640458752-4.070058709488.631121791411.072942733334.11842719313-0.3335144268510.2667282176370.423889235282-0.378979904077-0.2107692185842.21754307398-0.111177807424-1.680471628750.2767028719590.378699660342-0.102836823713-0.08159059669781.06008629287-0.206506525841.043257312895.9267733753-2.62996647948-17.4933755826
123.102719292210.3782781676670.2397000160024.996721074232.012822680294.85393897922-0.161172939510.360691258930.0451813161867-1.345429956970.6291423925440.1253583907370.548730815365-0.608764583770.08923278544690.514673437905-0.236060151225-0.01012007642270.549360793092-0.01327174204340.45436222575917.1841951222-7.67493738422-24.308630329
131.799297534911.00335529988-0.6282708817354.811475527040.8654456024053.357093082880.0857285707699-0.2357802042810.009912634040270.674128207393-0.4515521755650.8983631984260.671605960562-0.5469590482330.2878074848570.384277723545-0.05081441352670.0409617981810.533404633526-0.02282514627780.47821352423719.1174221219-4.14599281466-17.0548918505
149.43814255945-5.229597600170.8053039847279.82978199314-2.737973389474.79150662767-0.1779318692371.00263364280.218886332009-1.024109175390.3496364962020.243896915428-0.911622485602-0.41193058363-0.1167347385220.8348992749290.02398251815520.03180708341650.428604242220.0312741517810.40877340336434.51964035683.84698180199-26.8364304963
153.20174266789-2.20103188422-0.151773373714.64311710257-1.425355868680.7559256831060.2212737390080.2765530592650.155921554269-0.431700408801-0.530509099869-0.859984132895-0.300160760171.121309695310.2590367299650.4001421013860.0599257284098-0.04076441282520.3931587114850.01584790205660.44300195083243.82152845050.948044443067-15.2706165427
163.53831776854-0.453930812888-0.3606849633741.125753520070.9245170736213.11158839643-0.131380395532-0.07083593531910.304676283533-0.09615241641690.05295893816490.313500789691-0.386585899955-0.5050865137470.1936890740290.2221960677230.0922698321889-0.0323677626370.224202932207-0.006644353691960.36845785672530.65249250188.91734678035-19.5471081014
173.62362576146-0.0734201292431.200982763534.962513160051.168887592174.46184112677-0.292384039277-0.360967452793-1.514385919540.88512049441-0.3572548166070.190444601551.55855120505-1.151073092960.03783037076420.514717808298-0.1135996165110.04471960821840.386851295757-0.04909930265860.60983195251928.4078673689-1.67095177586-11.1028247873
183.30031926724-1.448905103590.5344348570083.41561559237-1.782967055667.961555564320.4399402923520.058444848551-0.00223788476279-0.00273771829961-0.130198077105-0.12631459816-0.853034259460.2556804450810.551870705430.301515151407-0.0212369102609-0.1131071771710.273617850354-0.04969829435750.40741777997834.06976845569.42406981319-8.60535711052
193.53741717524-2.097944444013.148791653127.78179981516-5.544361341818.455225717720.0824743147999-0.3498856089230.0280584788815-0.105544533835-0.2063096300420.00705299507404-0.2556917698860.1451940318830.1100680615130.3288860235380.08175437224510.1500476329470.3156758065770.001437769914090.41556899078839.7718821173.0222728654-11.393396232
203.98124290415-0.3341177235140.7829324037873.82303545948-0.1179035199064.48321468456-0.02576180260740.00799560173663-0.765196988753-0.5580970880640.2150263985830.330967275947-0.248132560334-0.447274113134-0.1753104561040.3385407449610.0585256337213-0.02621760513030.35174025723-0.04356685514060.27806829376528.11802432954.95921879802-22.1741843619
214.80899904361-0.943225373136.561184132224.75394458414-1.982303556552.00515468647-0.06625134812980.116204171326-1.70077647292-0.383221976685-0.372235128084-0.1031751206461.46702090510.932388341487-0.9156358062640.195102719022-0.00397575393933-0.06109419439610.552857245846-0.1206704468510.53063745105841.9065235962-7.4361658197-13.781023256
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 195 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 196 through 252 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 253 through 263 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 264 through 288 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 289 through 299 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 300 through 319 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 320 through 373 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'H' and (resid 1 through 17 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'H' and (resid 18 through 33 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'H' and (resid 34 through 73 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'H' and (resid 74 through 83 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'H' and (resid 84 through 99 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'H' and (resid 100 through 119 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'L' and (resid 1 through 9 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'L' and (resid 10 through 25 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'L' and (resid 26 through 38 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'L' and (resid 39 through 49 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'L' and (resid 50 through 67 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'L' and (resid 68 through 83 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'L' and (resid 84 through 101 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'L' and (resid 102 through 107 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る