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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6ks1 | |||||||||
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Title | Crystal structure of the human adiponectin receptor 2 | |||||||||
![]() |
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![]() | MEMBRANE PROTEIN/IMMUNE SYSTEM / membrane protein / MEMBRANE PROTEIN-IMMUNE SYSTEM complex | |||||||||
Function / homology | ![]() adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis ...adiponectin binding / adipokinetic hormone receptor activity / adiponectin-activated signaling pathway / AMPK inhibits chREBP transcriptional activation activity / vascular wound healing / fatty acid oxidation / hormone-mediated signaling pathway / glucose homeostasis / signaling receptor activity / positive regulation of cold-induced thermogenesis / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Tanabe, H. / Fujii, Y. / Nakamura, Y. / Hosaka, T. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Human adiponectin receptor AdipoR1 assumes closed and open structures. Authors: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. ...Authors: Tanabe, H. / Fujii, Y. / Okada-Iwabu, M. / Iwabu, M. / Kano, K. / Kawana, H. / Hato, M. / Nakamura, Y. / Terada, T. / Kimura-Someya, T. / Shirouzu, M. / Kawano, Y. / Yamamoto, M. / Aoki, J. / Yamauchi, T. / Kadowaki, T. / Yokoyama, S. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
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PDB format | ![]() | 188.6 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
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Full document | ![]() | 1.5 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 24.1 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 33.2 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Related structure data | ![]() 6krzC ![]() 6ks0C ![]() 3wxv S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 1 molecules A
#1: Protein | Mass: 33097.793 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() |
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-Antibody , 2 types, 2 molecules HL
#2: Antibody | Mass: 13160.635 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
---|---|
#3: Antibody | Mass: 11647.850 Da / Num. of mol.: 1 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() ![]() ![]() |
-Non-polymers , 6 types, 210 molecules ![](data/chem/img/ZN.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/LPX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/OLA.gif)
![](data/chem/img/OLB.gif)
![](data/chem/img/OLC.gif)
![](data/chem/img/LPX.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#4: Chemical | ChemComp-ZN / | ||||||
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#5: Chemical | ChemComp-OLA / | ||||||
#6: Chemical | ChemComp-OLB / ( #7: Chemical | ChemComp-OLC / ( | #8: Chemical | ChemComp-LPX / ( | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | N |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.53 Å3/Da / Density % sol: 65.19 % |
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Crystal grow | Temperature: 293 K / Method: lipidic cubic phase / pH: 6 / Details: PEG 400, potassium citrate, sodium citrate |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Detector | Type: RAYONIX MX225HE / Detector: CCD / Date: Dec 22, 2012 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection | Resolution: 2.4→19.5162 Å / Num. obs: 32174 / % possible obs: 98.1 % / Redundancy: 4.512 % / Biso Wilson estimate: 48.1 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.115 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.987 / Net I/σ(I): 8.55 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Reflection shell | Diffraction-ID: 1
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: 3WXV ![]() 3wxv Resolution: 2.4→19.5162 Å / SU ML: 0.4291 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / Phase error: 34.059
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 83.21 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2.4→19.5162 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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