PDB-6krs: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W211A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6krs

タイトル

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys W211A mutant

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Disassembly of the ring-type decameric structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 by amino acid mutation.
著者: Himiyama, T. / Nakamura, T.

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6krs.cif.gz	478.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6krs.ent.gz	398.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6krs.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6krs_validation.pdf.gz	533.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6krs_full_validation.pdf.gz	570.3 KB	表示
XML形式データ	6krs_validation.xml.gz	88.2 KB	表示
CIF形式データ	6krs_validation.cif.gz	117.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krs ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krs	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6krkC 6krmC 6krpC 6krqC 6krrC 2e2gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6krm-d 6krq-d 6krp-d 2e2m-d 2e2g-d 7c89-d 7c8a-d 2nvl-d 3a2x-d 3a2v-d 2cv4-d 6krk-d 3a2w-d 3a5w-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

278 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	76.73, 103.53, 105.79
Angle α, β, γ (deg.)	106.167, 104.505, 92.778
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx 分子量: 27647.592 Da / 分子数: 10 / 変異: C50S, W211A, C207S, C213S / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix (strain ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1) (好気性超好熱古細菌) 株: ATCC 700893 / DSM 11879 / JCM 9820 / NBRC 100138 / K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.71 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.64 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→50 Å / Num. obs: 130548 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 5.3 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.053 / R_rim(I) all: 0.059 / Net I/σ(I): 17
反射シェル	解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 5.3 % / R_merge(I) obs: 0.265 / Mean I/σ(I) obs: 5.5 / Num. unique obs: 6421 / CC_1/2: 0.982 / R_rim(I) all: 0.295 / % possible all: 97.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0253	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E2G

2e2g

解像度: 2.3→49.363 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.239	6471	5 %	Random
R_work	0.189	-	-	-
obs	-	130545	97.85 %	-

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→49.363 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19530	0	130	341	20001

LS精密化シェル

解像度: 2.3→2.36 Å /

	R_factor	%反射
R_free	0.303	-
R_work	0.272	-
obs	-	97.5 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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