PDB-6krm: Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F46A mutant

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6krm

タイトル

Peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 (ApPrx) 0Cys F46A mutant

要素

Peroxiredoxin

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxin

機能・相同性

機能・相同性情報

peroxiredoxin activity / thioredoxin-dependent peroxiredoxin / thioredoxin peroxidase activity / antioxidant activity / cell redox homeostasis / hydrogen peroxide catabolic process / cellular response to hydrogen peroxide / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Himiyama, T. / Nakamura, T.

資金援助

日本, 2件

引用

ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2020
タイトル: Disassembly of the ring-type decameric structure of peroxiredoxin from Aeropyrum pernix K1 by amino acid mutation.
著者: Himiyama, T. / Nakamura, T.

履歴

登録	2019年8月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月1日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6krm.cif.gz	528.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6krm.ent.gz	421.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6krm.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6krm_validation.pdf.gz	536.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6krm_full_validation.pdf.gz	581.1 KB	表示
XML形式データ	6krm_validation.xml.gz	104.7 KB	表示
CIF形式データ	6krm_validation.cif.gz	144.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kr/6krm	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6krkC 6krpC 6krqC 6krrC 6krsC 2e2gS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6krs-d 6krp-d 3a2x-d 2e2g-d 6krq-d 2cv4-d 2e2m-d 7c89-d 3a2w-d 3a2v-d 2nvl-d 7c8a-d 6krk-d 3a5w-d 1x0r-d 7c87-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Peroxiredoxin

B: Peroxiredoxin

C: Peroxiredoxin

D: Peroxiredoxin

E: Peroxiredoxin

F: Peroxiredoxin

G: Peroxiredoxin

H: Peroxiredoxin

I: Peroxiredoxin

J: Peroxiredoxin

ヘテロ分子

288 kDa, 10 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	75.996, 103.077, 104.801
Angle α, β, γ (deg.)	105.801, 105.255, 92.531
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Peroxiredoxin / Thioredoxin peroxidase / ApTPx 分子量: 28619.734 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aeropyrum pernix K1 (好気性超好熱古細菌) 株: K1 / 遺伝子: APE_2278 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y9L0, peroxiredoxin
#2: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1425 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.66 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.75 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 1.0 M Ammonium phosphate monobasic

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 263527 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 2.4 % / R_merge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / R_merge(I) obs: 0.47 / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 12878

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0257	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 2E2G

2e2g

解像度: 1.8→49.252 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.952 / SU B: 2.585 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.108 / ESU R Free: 0.107

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1981	13337	5.063 %	RANDOM
R_work	0.1633	-	-	-
all	0.165	-	-	-
obs	-	263395	96.991 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.939 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.097 Å²	-1.197 Å²	1.123 Å²
2-	-	-1.569 Å²	-1.08 Å²
3-	-	-	1.181 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.8→49.252 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	19670	0	130	1425	21225

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.012	0.013	20330
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	19080
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.762	1.647	27650
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.451	1.574	43970
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.781	5	2430
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	28.914	19.829	1170
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.859	15	3330
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.595	15	220
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.092	0.2	2570
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	22670
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	4710
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	4216
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.192	0.2	19165
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.172	0.2	9940
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.097	0.2	9616
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.192	0.2	1236
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.141	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.19	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.285	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.239	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other	0.145	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.087	2.3	9750
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.084	2.3	9749
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.868	3.438	12170
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.868	3.439	12171
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.695	2.769	10580
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.695	2.769	10577
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.522	3.958	15480
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.522	3.958	15481
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.248	27.917	23377
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.192	27.563	23096

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.8-1.847	0.268	1012	0.236	18282	X-RAY DIFFRACTION	95.8042
1.847-1.897	0.257	957	0.222	17878	X-RAY DIFFRACTION	95.9256
1.897-1.952	0.235	958	0.208	17380	X-RAY DIFFRACTION	96.3181
1.952-2.012	0.241	928	0.199	16847	X-RAY DIFFRACTION	96.4512
2.012-2.078	0.224	923	0.184	16362	X-RAY DIFFRACTION	96.5157
2.078-2.151	0.213	853	0.175	15903	X-RAY DIFFRACTION	96.6153
2.151-2.232	0.213	804	0.163	15366	X-RAY DIFFRACTION	96.6123
2.232-2.324	0.192	748	0.157	14836	X-RAY DIFFRACTION	96.783
2.324-2.427	0.21	799	0.154	14169	X-RAY DIFFRACTION	96.9116
2.427-2.545	0.192	703	0.155	13638	X-RAY DIFFRACTION	97.1612
2.545-2.683	0.203	650	0.156	13000	X-RAY DIFFRACTION	97.4374
2.683-2.845	0.219	656	0.163	12284	X-RAY DIFFRACTION	97.4618
2.845-3.042	0.202	626	0.161	11523	X-RAY DIFFRACTION	97.2231
3.042-3.285	0.189	536	0.155	10755	X-RAY DIFFRACTION	97.3614
3.285-3.598	0.183	513	0.159	9983	X-RAY DIFFRACTION	98.3048
3.598-4.022	0.167	482	0.139	9054	X-RAY DIFFRACTION	98.7368
4.022-4.643	0.149	432	0.133	7984	X-RAY DIFFRACTION	98.9536
4.643-5.684	0.173	357	0.148	6757	X-RAY DIFFRACTION	98.9705
5.684-8.024	0.194	269	0.168	5193	X-RAY DIFFRACTION	98.2374
8.024-49.252	0.18	131	0.164	2864	X-RAY DIFFRACTION	97.8438

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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