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- PDB-6kr4: Crystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kr4
タイトルCrystal structure of the liprin-alpha3_SAM123/LAR_D1D2 complex
要素
  • Liprin-alpha-3
  • Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
キーワードTRANSFERASE/PROTEIN BINDING / Complex / Phosphatase / TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


epididymosome / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / chondroitin sulfate proteoglycan binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration ...epididymosome / Serotonin Neurotransmitter Release Cycle / Norepinephrine Neurotransmitter Release Cycle / Acetylcholine Neurotransmitter Release Cycle / Dopamine Neurotransmitter Release Cycle / Glutamate Neurotransmitter Release Cycle / chondroitin sulfate proteoglycan binding / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / neuron projection regeneration / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / synaptic vesicle docking / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / presynaptic active zone cytoplasmic component / regulation of axon regeneration / Synaptic adhesion-like molecules / neurotransmitter secretion / regulation of short-term neuronal synaptic plasticity / presynaptic active zone / synaptic vesicle exocytosis / phosphoprotein phosphatase activity / peptidyl-tyrosine dephosphorylation / cell adhesion molecule binding / Insulin receptor recycling / protein-tyrosine-phosphatase / acrosomal vesicle / protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of receptor binding / synapse organization / cell migration / heparin binding / cell adhesion / neuron projection / neuronal cell body / glutamatergic synapse / synapse / protein-containing complex binding / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Liprin-alpha, SAM domain repeat 1 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 2 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 3 / LAR-interacting protein, Liprin / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A ...Liprin-alpha, SAM domain repeat 1 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 2 / Liprin-alpha, SAM domain repeat 3 / LAR-interacting protein, Liprin / : / Transcription Factor, Ets-1 / SAM domain (Sterile alpha motif) / SAM domain (Sterile alpha motif) / Protein tyrosine phosphatase superfamily / Protein-Tyrosine Phosphatase; Chain A / SAM domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Sterile alpha motif. / Sterile alpha motif domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Sterile alpha motif/pointed domain superfamily / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / DNA polymerase; domain 1 / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
TRIETHYLENE GLYCOL / PHOSPHATE ION / Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F / Liprin-alpha-3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.85 Å
データ登録者Xie, X. / Liang, M. / Luo, L. / Wei, Z.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770791 中国
National Natural Science Foundation of China31570741 中国
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Structural basis of liprin-alpha-promoted LAR-RPTP clustering for modulation of phosphatase activity.
著者: Xie, X. / Luo, L. / Liang, M. / Zhang, W. / Zhang, T. / Yu, C. / Wei, Z.
履歴
登録2019年8月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
C: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
D: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
E: Liprin-alpha-3
F: Liprin-alpha-3
H: Liprin-alpha-3
G: Liprin-alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)415,72319
ポリマ－414,0828
非ポリマー1,64011
水2,900161
1
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
E: Liprin-alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9055
ポリマ－103,5212
非ポリマー3843
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
F: Liprin-alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,8104
ポリマ－103,5212
非ポリマー2892
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
G: Liprin-alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)103,9605
ポリマ－103,5212
非ポリマー4393
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F
H: Liprin-alpha-3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,0485
ポリマ－103,5212
非ポリマー5273
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)250.378, 147.678, 143.972
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 103.850, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D
12chain E
22chain F
32chain H

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11HISHISTYRTYRchain AAA1328 - 19051 - 578
21HISHISASPASPchain BBB1328 - 19031 - 576
31HISHISHISHISchain CCC1328 - 19041 - 577
41HISHISTYRTYRchain DDD1328 - 19051 - 578
12ALAALALEULEUchain EEE806 - 11165 - 315
22LYSLYSARGARGchain FFF807 - 11146 - 313
32ALAALAILEILEchain HHG806 - 11085 - 307

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

-
タンパク質 , 2種, 8分子 ABCDEFHG

#1: タンパク質
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase F / Leukocyte common antigen related / LAR


分子量: 66584.641 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRF, LAR / プラスミド: modified pET-32a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P10586, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質
Liprin-alpha-3 / Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-3 / PTPRF- ...Protein tyrosine phosphatase receptor type f polypeptide-interacting protein alpha-3 / PTPRF-interacting protein alpha-3


分子量: 36935.949 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Ppfia3 / プラスミド: modified pET-28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: P60469

-
非ポリマー , 5種, 172分子

#3: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物
ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル


分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O4
#6: 化合物 ChemComp-P6G / HEXAETHYLENE GLYCOL / POLYETHYLENE GLYCOL PEG400 / ヘキサエチレングリコ-ル


分子量: 282.331 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C12H26O7 / コメント: 沈殿剤*YM
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 161 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.58 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 50mM Tris-HCl, 200mM NaCl, 1mM ethylenediaminetetraacetic acid, 1mM dithiothreitol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.85→50 Å / Num. obs: 118298 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 8.2 % / Biso Wilson estimate: 65.09 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.15 / Rpim(I) all: 0.055 / Rrim(I) all: 0.16 / Χ2: 0.937 / Net I/σ(I): 3.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.85-2.98.61.06858720.7440.3831.1370.52499.9
2.9-2.958.60.89458860.80.3210.9520.52499.9
2.95-3.018.60.76358820.8410.2730.8120.54299.9
3.01-3.078.60.6259060.8810.2230.660.55599.9
3.07-3.148.50.50859450.9120.1840.5410.57499.8
3.14-3.218.30.43158760.9290.1570.4590.60199.9
3.21-3.298.20.3659160.9450.1320.3840.629100
3.29-3.387.90.30459450.9570.1140.3260.68399.9
3.38-3.487.40.25258490.9630.0970.2710.75399.8
3.48-3.598.40.23559110.9760.0850.250.815100
3.59-3.726.80.26158890.9360.1090.2841.83898.9
3.72-3.878.40.18159220.9850.0650.1920.8999.9
3.87-4.048.10.15659020.9880.0570.1671.17599.8
4.04-4.268.40.12359100.9910.0440.1311.09299.7
4.26-4.528.80.11159170.9940.0390.1181.21199.8
4.52-4.878.70.10259050.9940.0360.1081.23799.6
4.87-5.368.50.09759610.9940.0340.1031.14899.7
5.36-6.148.30.09559200.9930.0340.1011.05199.6
6.14-7.737.70.09359740.9930.0350.11.18299.7
7.73-5080.08960100.9920.0320.0951.94398.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1LAR, 3TAC

1lar

3tac


解像度: 2.85→42.173 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.8
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2298 1992 1.69 %
Rwork0.1915 --
obs0.1922 117634 98.68 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 291.03 Å2 / Biso mean: 81.9738 Å2 / Biso min: 21.49 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.85→42.173 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数24470 0 103 161 24734
Biso mean--94.73 48.78 -
残基数----3065
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00725228
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.92234170
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0443704
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0054420
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.3419383
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A11041X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
12B11041X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
13C11041X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
14D11041X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
21E3590X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
22F3590X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
23H3590X-RAY DIFFRACTION6.669TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.85-2.9160.30961330.2704773293
2.916-2.99480.29611430.25968326100
2.9948-3.08290.28481440.2438334100
3.0829-3.18240.27261430.23048292100
3.1824-3.29610.31811430.23068361100
3.2961-3.4280.26781450.22528341100
3.428-3.58390.25371420.21198339100
3.5839-3.77280.2561430.224815598
3.7728-4.0090.19641430.18438354100
4.009-4.31820.1931440.16138361100
4.3182-4.75230.17421430.15168322100
4.7523-5.43870.24491450.1638375100
5.4387-6.84740.24471440.1953838399
6.8474-42.1730.19311370.1698796793
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1819-0.24230.15662.40840.67731.66880.0091-0.0840.01470.01720.01720.02520.05270.102-0.02020.3231-0.0350.02480.26340.03050.324119.195444.8938141.3342
23.4304-0.9443-0.11032.4470.07432.5777-0.1119-0.4632-0.08810.3850.1534-0.01890.01790.0009-0.03910.43380.09430.01010.30090.02770.361421.57946.8868149.9436
32.1940.6212-0.63273.3822-1.13373.8464-0.01980.0645-0.0741-0.1590.12370.20510.0205-0.2173-0.10760.28210.0823-0.03520.2361-0.01510.319414.674611.5143135.1021
43.0425-1.29050.39073.54910.16363.2165-0.14810.130.39150.0862-0.1864-0.5301-0.1390.34290.32110.65530.01170.03930.64040.15170.429433.6279.076788.1299
52.52660.250.64892.3744-0.33374.895-0.4185-0.22310.79170.13-0.24830.2866-0.6418-0.34620.5820.64330.1811-0.19430.6609-0.1210.84028.37828.86371.3038
61.6985-0.1110.71391.94140.29932.9014-0.1990.08320.1225-0.23110.02970.2493-0.2494-0.03970.16060.4214-0.0845-0.10040.290.04230.47248.754963.9992117.951
73.7747-0.82124.6042.2588-0.07895.97530.01430.72650.1014-0.5393-0.03350.42040.18360.43180.1070.5736-0.1664-0.05570.66360.02260.66863.512153.432992.229
83.175-0.3853-0.40783.651-0.03263.5831-0.2207-0.1016-0.26540.08060.04010.22550.5599-0.31180.18390.6459-0.2246-0.08030.62950.00260.5659-19.475635.4676106.4028
94.50832.4619-1.3652.8992-0.83992.8528-0.28680.38030.3388-0.33690.17440.4651-0.1186-0.41590.11410.5303-0.1226-0.21120.5880.0210.6572-19.124649.277297.0522
103.7628-0.5669-0.24613.0797-0.17242.3882-0.03360.0745-0.2799-0.2418-0.13110.15520.28480.04850.16350.53460.07290.03430.40760.0030.300225.5628-16.6307107.6367
113.3133-0.24390.14293.64770.52096.2970.47260.39290.2701-0.9731-0.24311.4072-0.386-1.137-0.23571.08650.092-0.28380.846-0.0181.3824-3.8998-33.718993.9034
124.58420.57652.34875.42093.59453.33090.4432-1.12470.7211-1.0704-0.98852.44711.3845-2.22830.51131.5661-0.373-0.6452.00770.31622.0242-10.059113.8132123.5887
136.01931.33672.04591.82621.48013.9039-0.20460.9209-0.2782-0.1921-0.48761.5670.6446-1.59360.44340.7149-0.1452-0.03171.1258-0.31971.4004-11.0798-2.6805134.4434
143.7374-1.3591-1.6464.70692.19645.0971-0.1073-0.3148-0.01040.06940.04640.2515-0.2331-0.6380.10220.43470.11770.06970.88650.0970.6177-15.827520.9351157.7751
151.5295-1.2191.49061.1977-1.45096.07061.74010.3589-1.3585-0.32541.05220.99362.0381-1.0273-2.79952.5512-0.448-0.56451.54930.24292.0375-6.1852-1.575664.1194
165.39895.9495.49596.60276.0635.6043-0.3166-0.29880.57250.5762-0.45542.62411.5156-2.32310.82120.8523-0.32360.07621.2769-0.02921.2524-13.7624.626453.7621
176.572-0.02044.32854.16970.84799.19090.1241-0.1108-0.1708-0.5401-0.06650.57910.3145-0.4521-0.14920.8356-0.024-0.04261.0046-0.15640.9667-9.811615.300949.7839
187.853-1.62190.30554.10450.74694.592-0.06210.4101-0.73520.0844-0.1673-0.27671.52270.23950.20261.21170.11180.19720.8730.02460.613613.05073.400146.6387
199.0064-3.3668-0.9584.88411.18165.28140.01750.9909-0.1911-0.1517-0.0519-1.2251.47422.09950.01111.3030.62090.08061.88980.05631.313333.96830.900140.7079
201.6533-2.6890.42324.1678-0.91981.99430.18960.0082-0.0058-0.5727-0.04780.91380.7338-0.1932-0.04781.5377-0.2269-0.38590.78220.09441.13168.294-62.740597.5958
213.28061.455-2.4377.9662-0.88736.62840.40050.6698-0.6118-2.1078-0.07971.05861.88260.2866-0.4922.30830.1513-0.62730.9806-0.06351.19453.221-65.40682.9867
223.47040.9046-1.85494.6688-1.1153.07380.61660.46050.2625-2.5979-0.0603-0.08961.3660.8609-0.4251.77120.3391-0.0411.4802-0.09141.008416.0176-51.019979.1777
230.45350.23940.01691.5223-0.73533.32510.37790.8497-0.1196-0.58760.1651-0.3490.47581.2672-0.11573.09661.16320.25042.4695-0.23010.478625.5736-53.565772.6376
242.3466-1.36411.2022.4821-3.01345.5970.8849-0.228-0.6648-0.4315-0.0389-0.74092.10911.2077-0.67622.3520.7043-0.4112.1671-0.50250.864930.1391-57.523787.0023
251.6408-0.3677-0.54042.4722-0.18284.44710.57381.22250.6829-1.5789-0.154-1.78470.18591.6506-0.59812.15030.05070.69513.3052-0.06591.241836.1435-44.823579.4988
262.53270.76120.23680.2364-0.0090.60021.2130.80440.1878-1.2353-0.7828-1.291-0.59381.4647-0.39862.36680.6890.83593.1480.15191.453831.5484-44.4771.6642
271.286-0.4843-1.3280.25630.51021.96230.53413.41561.347-2.14390.4054-1.21120.36521.2071-1.16761.88110.48790.53343.6230.3951.860940.0741-41.004667.5972
283.20910.6214-2.59760.3253-0.28912.3418-0.25930.82580.2528-0.3253-0.5684-0.0928-0.0284-0.52790.3081.93210.4287-0.78051.58440.33611.6674-26.840161.472896.8523
290.5785-0.07271.10840.0109-0.14552.1353-0.26030.09690.1620.1526-0.1083-0.3166-0.16740.09990.26681.96050.3288-0.38443.1512-0.27631.3367-42.713954.694292.6244
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1328 through 1648 )A0
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 1649 through 1773 )A0
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 1774 through 1905 )A0
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1328 through 1628 )B0
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 1629 through 1903 )B0
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 1328 through 1593 )C0
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 1594 through 1648 )C0
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1649 through 1773 )C0
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 1774 through 1904 )C0
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'D' and (resid 1328 through 1627 )D0
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'D' and (resid 1628 through 1905 )D0
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'E' and (resid 806 through 831 )E806 - 831
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'E' and (resid 832 through 904 )E832 - 904
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'E' and (resid 905 through 1116 )E905 - 1116
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 807 through 831 )F807 - 831
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'F' and (resid 832 through 849 )F832 - 849
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'F' and (resid 850 through 887 )F850 - 887
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'F' and (resid 888 through 1053 )F888 - 1053
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'F' and (resid 1054 through 1114 )F0
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'H' and (resid 806 through 864 )H806 - 864
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'H' and (resid 865 through 904 )H865 - 904
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'H' and (resid 905 through 1000 )H905 - 1000
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'H' and (resid 1001 through 1016 )H0
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'H' and (resid 1017 through 1027 )H0
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'H' and (resid 1028 through 1050 )H0
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'H' and (resid 1051 through 1079 )H0
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'H' and (resid 1080 through 1108 )H0
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'G' and (resid 807 through 856 )G807 - 856
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'G' and (resid 857 through 864 )G857 - 864

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る