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万見
- PDB-6kpc: Crystal structure of an agonist bound GPCR -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kpc
タイトルCrystal structure of an agonist bound GPCR
要素Cannabinoid receptor 2,Endolysin
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / LCP / agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / leukocyte chemotaxis / regulation of metabolic process / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger ...trans-synaptic signaling by endocannabinoid, modulating synaptic transmission / cannabinoid receptor activity / negative regulation of mast cell activation / negative regulation of synaptic transmission, GABAergic / negative regulation of action potential / Class A/1 (Rhodopsin-like receptors) / leukocyte chemotaxis / regulation of metabolic process / extrinsic component of cytoplasmic side of plasma membrane / G protein-coupled receptor signaling pathway, coupled to cyclic nucleotide second messenger / viral release from host cell by cytolysis / peptidoglycan catabolic process / response to amphetamine / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / G alpha (i) signalling events / perikaryon / response to lipopolysaccharide / postsynaptic membrane / host cell cytoplasm / defense response to bacterium / immune response / inflammatory response / dendrite / endoplasmic reticulum / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Cannabinoid receptor type 2 / Cannabinoid receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx ...Cannabinoid receptor type 2 / Cannabinoid receptor family / Lysozyme - #40 / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / : / Glycoside hydrolase, family 24 / Phage lysozyme / Lysozyme domain superfamily / Serpentine type 7TM GPCR chemoreceptor Srsx / Lysozyme / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family) / Lysozyme-like domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-E3R / Endolysin / Cannabinoid receptor 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Li, X.T. / Hua, T. / Wu, L.J. / Makriyannis, A. / Wu, M. / Liu, Z.J.
引用ジャーナル: Cell / 年: 2020
タイトル: Activation and Signaling Mechanism Revealed by Cannabinoid Receptor-G Complex Structures.
著者: Tian Hua / Xiaoting Li / Lijie Wu / Christos Iliopoulos-Tsoutsouvas / Yuxia Wang / Meng Wu / Ling Shen / Christina A Brust / Spyros P Nikas / Feng Song / Xiyong Song / Shuguang Yuan / ...著者: Tian Hua / Xiaoting Li / Lijie Wu / Christos Iliopoulos-Tsoutsouvas / Yuxia Wang / Meng Wu / Ling Shen / Christina A Brust / Spyros P Nikas / Feng Song / Xiyong Song / Shuguang Yuan / Qianqian Sun / Yiran Wu / Shan Jiang / Travis W Grim / Othman Benchama / Edward L Stahl / Nikolai Zvonok / Suwen Zhao / Laura M Bohn / Alexandros Makriyannis / Zhi-Jie Liu /
要旨: Human endocannabinoid systems modulate multiple physiological processes mainly through the activation of cannabinoid receptors CB1 and CB2. Their high sequence similarity, low agonist selectivity, ...Human endocannabinoid systems modulate multiple physiological processes mainly through the activation of cannabinoid receptors CB1 and CB2. Their high sequence similarity, low agonist selectivity, and lack of activation and G protein-coupling knowledge have hindered the development of therapeutic applications. Importantly, missing structural information has significantly held back the development of promising CB2-selective agonist drugs for treating inflammatory and neuropathic pain without the psychoactivity of CB1. Here, we report the cryoelectron microscopy structures of synthetic cannabinoid-bound CB2 and CB1 in complex with G, as well as agonist-bound CB2 crystal structure. Of important scientific and therapeutic benefit, our results reveal a diverse activation and signaling mechanism, the structural basis of CB2-selective agonists design, and the unexpected interaction of cholesterol with CB1, suggestive of its endogenous allosteric modulating role.
履歴
登録2019年8月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年3月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02022年4月27日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / database_2 / entity / entity_name_com / entity_src_gen / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_site
Item: _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id ..._atom_site.auth_comp_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.details / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_mutation / _entity_name_com.name / _entity_src_gen.gene_src_common_name / _pdbx_entity_instance_feature.auth_comp_id / _pdbx_entity_instance_feature.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.comp_id / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _struct_site.details / _struct_site.pdbx_auth_comp_id
改定 2.12023年11月22日Group: Data collection / Derived calculations ...Data collection / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
改定 2.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cannabinoid receptor 2,Endolysin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,6102
ポリマ－56,2101
非ポリマー4001
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.960, 140.220, 156.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Cannabinoid receptor 2,Endolysin / hCB2 / CX5 / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase


分子量: 56209.934 Da / 分子数: 1 / 変異: G78L,T127A,T153L,G210A,C54T,C97A,R242E,G304E / 由来タイプ: 組換発現
詳細: CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, ...詳細: CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion,CB2, T4 lysozyme, CB2 fusion
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage RB59 (ファージ)
遺伝子: CNR2, CB2A, CB2B, e, RB59_126
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P34972, UniProt: A0A097J809, lysozyme
#2: 化合物 ChemComp-E3R / 7-[(6aR,9R,10aR)-1-Hydroxy-9-(hydroxymethyl)-6,6-dimethyl-6a,7,8,9,10,10a-hexahydro-6H-benzo[c]chromen-3-yl]- 7-methyloctanenitrile


分子量: 399.566 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C25H37NO3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.19 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM HEPES sodium pH 7.0, 25% PEG 400, 220 mM Sodium sulfate decahydrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: Y
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→44.78 Å / Num. obs: 11476 / % possible obs: 87.6 % / 冗長度: 2.847 % / Biso Wilson estimate: 96.93 Å2 / CC1/2: 0.986 / Rmerge(I) obs: 0.171 / Rrim(I) all: 0.2 / Χ2: 0.994 / Net I/σ(I): 4.26 / Num. measured all: 32673 / Scaling rejects: 21
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.282.7960.6731.2223859448530.6270.78990.4
3.28-3.373.0650.5991.5325999388480.6390.69790.4
3.37-3.472.70.5561.5820258857500.7350.66484.7
3.47-3.582.7780.4212.0420758457470.8990.49588.4
3.58-3.73.1320.4192.7324658737870.8480.48290.1
3.7-3.822.8670.313.2321198297390.8870.36589.1
3.82-3.972.7220.323.3318627686840.9030.3889.1
3.97-4.132.8750.2584.1920217807030.940.390.1
4.13-4.312.9110.2514.6919277386620.9410.29389.7
4.31-4.532.5230.2084.9115396906100.9370.24988.4
4.53-4.772.8440.1945.8916986935970.9470.22786.1
4.77-5.062.8510.1995.7915856305560.9640.23188.3
5.06-5.412.8760.1955.9914816095150.950.22784.6
5.41-5.842.920.1855.8814605735000.9750.21787.3
5.84-6.42.9690.1626.2913515194550.9580.18887.7
6.4-7.162.810.1546.9111694904160.9560.18384.9
7.16-8.262.8270.1458.6810464333700.9330.16985.5
8.26-10.122.6030.1228.817943683050.9570.14682.9
10.12-14.312.7470.0899.476733062450.9880.10380.1
14.31-44.782.9780.0749.883991881340.9950.08671.3
Serial crystallography sample delivery手法: fixed target

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
BUSTER2.10.3精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5zty

5zty


解像度: 3.2→44.78 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.905 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.871 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU Rfree Blow DPI: 0.48
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.262 531 4.63 %RANDOM
Rwork0.23 ---
obs0.231 11475 87.7 %-
原子変位パラメータBiso max: 262.08 Å2 / Biso mean: 118.21 Å2 / Biso min: 11.04 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-20.7169 Å20 Å20 Å2
2---22.8308 Å20 Å2
3---2.1138 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.53 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→44.78 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3471 0 29 0 3500
Biso mean--114.15 --
残基数----445
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1211SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes578HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3581HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion473SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4227SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3581HARMONIC20.009
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg4871HARMONIC21.03
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion1.95
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.89
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.5 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2744 130 4.83 %
Rwork0.2316 2560 -
all0.2337 2690 -
obs--88.31 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.1904-1.0658-0.37887.0911-5.820810.97730.18120.01180.15150.1045-0.5129-0.2743-0.63840.84620.3318-0.4219-0.05990.0676-0.11010.304-0.313310.6139-2.8231-32.6508
24.27570.0526-1.6961.13690.59831.75620.1452-0.54180.37250.18310.07990.1184-0.15730.0554-0.225-0.1209-0.05780.04580.0746-0.1068-0.2662-5.1493-22.92519.9196
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|19 - 315 }A19 - 315
2X-RAY DIFFRACTION2{ A|1001 - 1160 }A1001 - 1160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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