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万見
- PDB-6knm: Apelin receptor in complex with single domain antibody -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6knm
タイトルApelin receptor in complex with single domain antibody
要素
  • Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor
  • Single domain antibody JN241
キーワードMEMBRANE PROTEIN / GPCR / Single-domain antibody / Antagonist / Agonist
機能・相同性
機能・相同性情報


apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress ...apelin receptor activity / apelin receptor signaling pathway / mechanoreceptor activity / regulation of gap junction assembly / positive regulation of G protein-coupled receptor internalization / vascular associated smooth muscle cell differentiation / atrioventricular valve development / regulation of body fluid levels / venous blood vessel development / positive regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / negative regulation of cAMP-mediated signaling / alkane catabolic process / positive regulation of blood vessel endothelial cell proliferation involved in sprouting angiogenesis / endocardial cushion formation / coronary vasculature development / vasculature development / adult heart development / G protein-coupled peptide receptor activity / aorta development / negative regulation of cardiac muscle hypertrophy in response to stress / ventricular septum morphogenesis / blood vessel development / heart looping / vasculogenesis / gastrulation / Peptide ligand-binding receptors / positive regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol / adenylate cyclase-inhibiting G protein-coupled receptor signaling pathway / G protein-coupled receptor activity / positive regulation of angiogenesis / signaling receptor activity / heart development / regulation of gene expression / G alpha (i) signalling events / angiogenesis / electron transfer activity / G protein-coupled receptor signaling pathway / iron ion binding / negative regulation of gene expression / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : ...Apelin receptor / Rubredoxin / : / Rubredoxin, iron-binding site / Rubredoxin signature. / Rubredoxin domain / Rubredoxin / Rubredoxin-like domain / Rubredoxin-like domain profile. / : / G-protein coupled receptors family 1 signature. / G protein-coupled receptor, rhodopsin-like / GPCR, rhodopsin-like, 7TM / G-protein coupled receptors family 1 profile. / 7 transmembrane receptor (rhodopsin family)
類似検索 - ドメイン・相同性
Rubredoxin / Apelin receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Clostridium pasteurianum (バクテリア)
Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Ma, Y.B. / Ding, Y. / Song, X. / Ma, X. / Li, X. / Zhang, N. / Song, Y. / Sun, Y. / Shen, Y. / Zhong, W. ...Ma, Y.B. / Ding, Y. / Song, X. / Ma, X. / Li, X. / Zhang, N. / Song, Y. / Sun, Y. / Shen, Y. / Zhong, W. / Hu, L.A. / Ma, Y.L. / Zhang, M.Y.
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Structure-guided discovery of a single-domain antibody agonist against human apelin receptor.
著者: Ma, Y. / Ding, Y. / Song, X. / Ma, X. / Li, X. / Zhang, N. / Song, Y. / Sun, Y. / Shen, Y. / Zhong, W. / Hu, L.A. / Ma, Y. / Zhang, M.Y.
履歴
登録2019年8月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年1月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Advisory / Database references
カテゴリ: citation / citation_author / pdbx_database_PDB_obs_spr
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor
A: Single domain antibody JN241
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,2753
ポリマ－60,2102
非ポリマー651
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: surface plasmon resonance
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3250 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area22910 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.780, 48.390, 350.100
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Apelin receptor,Rubredoxin,Apelin receptor / Angiotensin receptor-like 1 / G-protein coupled receptor APJ / G-protein coupled receptor HG11 / Rd ...Angiotensin receptor-like 1 / G-protein coupled receptor APJ / G-protein coupled receptor HG11 / Rd / Angiotensin receptor-like 1 / G-protein coupled receptor APJ / G-protein coupled receptor HG11


分子量: 46443.621 Da / 分子数: 1
変異: V117A, T177N,W261K, C325L, C326M,V117A, T177N,W261K, C325L, C326M,V117A, T177N,W261K, C325L, C326M
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Clostridium pasteurianum (バクテリア)
遺伝子: APLNR, AGTRL1, APJ
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P35414, UniProt: P00268
#2: 抗体 Single domain antibody JN241


分子量: 13766.321 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Camelus bactrianus (フタコブラクダ)
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.15 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.34 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 100 mM MES pH 6.1, 26% PEG500 DME, 125 mM MgCl2, 100 mM NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 93 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.2→46.641 Å / Num. obs: 12402 / % possible obs: 92.5 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.19 / Net I/σ(I): 4.38
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
3.2-3.281.8440.2811.8610869495890.940.36962.1
3.28-3.371.9840.2821.7513919337010.9230.35275.1
3.37-3.472.150.2551.9118349598530.9480.31188.9
3.47-3.583.110.322.3324978378030.8780.37695.9
3.58-3.73.430.2812.630058958760.9510.32297.9
3.7-3.833.5580.2453.0128298147950.9760.27897.7
3.83-3.973.6960.2283.5829468257970.9760.25796.6
3.97-4.133.5160.2213.827397967790.9650.25297.9
4.13-4.323.890.2134.9328247427260.9780.23997.8
4.32-4.533.5880.2035.0325267247040.9650.23197.2
4.53-4.773.6490.1735.4425036946860.9790.19698.8
4.77-5.063.5530.1725.7422996736470.9730.19696.1
5.06-5.413.4780.1735.7821016166040.9610.19998.1
5.41-5.843.7250.1666.1120715665560.9640.19198.2
5.84-6.43.6310.1586.2519685555420.9760.1897.7
6.4-7.163.4120.1356.7916144954730.9840.15595.6
7.16-8.263.2680.1277.3814254474360.9640.14997.5
8.26-10.123.4620.1118.4312813783700.9780.1397.9
10.12-14.312.9580.1027.948553112890.9940.12392.9
14.31-46.6412.8350.0817.844991961760.9960.189.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4NC2, 5VBL

4nc2

5vbl


解像度: 3.2→46.641 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.86 / 位相誤差: 34.67
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3051 619 5.01 %
Rwork0.2575 --
obs0.2598 12361 92.24 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 192.15 Å2 / Biso mean: 95.5703 Å2 / Biso min: 67.94 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→46.641 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3746 0 422 0 4168
Biso mean--94.76 --
残基数----426
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
3.2004-3.52240.43921250.379238177
3.5224-4.03180.38761610.2911304197
4.0318-5.07870.28141620.2244308497
5.0787-46.640.25761710.237323697
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -2.6352 Å / Origin y: 14.0224 Å / Origin z: -43.999 Å
111213212223313233
T0.7684 Å20.0264 Å20.0127 Å2-0.7122 Å20.0127 Å2--0.6866 Å2
L0.0748 °2-0.0491 °20.02 °2-0.0821 °20.0099 °2--0.0197 °2
S-0.1 Å °-0.1242 Å °-0.0238 Å °-0.2154 Å °-0.0286 Å °0.0074 Å °-0.0835 Å °0.0799 Å °-0.0417 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allB18 - 327
2X-RAY DIFFRACTION1allB1001 - 1054
3X-RAY DIFFRACTION1allA1 - 129
4X-RAY DIFFRACTION1allD1

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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