[日本語] English
万見
- PDB-6kn4: HUMAN PARALLEL STRANDED 7-MER G-QUADRUPLEX COMPLEXED WITH 2 ADRIA... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kn4
タイトルHUMAN PARALLEL STRANDED 7-MER G-QUADRUPLEX COMPLEXED WITH 2 ADRIAMYCIN (DM2) MOLECULES
要素DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
キーワードDNA / G-QUADRUPLEX / ADRIAMYCIN / DOXORUBICIN
機能・相同性DOXORUBICIN / DNA
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / simulated annealing
Model type detailsCHAIN A, B, C, D, L
データ登録者Barthwal, R. / Raje, S. / Pandav, K.
引用ジャーナル: J.Biomol.Struct.Dyn. / 年: 2021
タイトル: Structural basis for stabilization of human telomeric G-quadruplex [d-(TTAGGGT)] 4 by anticancer drug adriamycin.
著者: Barthwal, R. / Raje, S. / Pandav, K.
履歴
登録2019年8月3日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年4月8日Group: Atomic model / Author supporting evidence ...Atomic model / Author supporting evidence / Data collection / Derived calculations / Experimental preparation / Polymer sequence / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_poly / entity_poly_seq / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_entity_instance_feature / pdbx_nmr_exptl_sample / pdbx_nmr_refine / pdbx_nmr_sample_details / pdbx_nmr_software / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / struct / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y ..._atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.group_PDB / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity_poly.nstd_monomer / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code / _entity_poly.pdbx_seq_one_letter_code_can / _entity_poly_seq.mon_id / _ndb_struct_na_base_pair.buckle / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.i_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_auth_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_asym_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_comp_id / _ndb_struct_na_base_pair.j_label_seq_id / _ndb_struct_na_base_pair.opening / _ndb_struct_na_base_pair.pair_name / _ndb_struct_na_base_pair.propeller / _ndb_struct_na_base_pair.shear / _ndb_struct_na_base_pair.stagger / _ndb_struct_na_base_pair.stretch / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.helical_twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.i_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.inclination / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_auth_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_asym_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_comp_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_1 / _ndb_struct_na_base_pair_step.j_label_seq_id_2 / _ndb_struct_na_base_pair_step.rise / _ndb_struct_na_base_pair_step.roll / _ndb_struct_na_base_pair_step.shift / _ndb_struct_na_base_pair_step.slide / _ndb_struct_na_base_pair_step.step_name / _ndb_struct_na_base_pair_step.tilt / _ndb_struct_na_base_pair_step.tip / _ndb_struct_na_base_pair_step.twist / _ndb_struct_na_base_pair_step.x_displacement / _ndb_struct_na_base_pair_step.y_displacement / _pdbx_nmr_exptl_sample.component / _pdbx_nmr_refine.software_ordinal / _pdbx_nmr_sample_details.contents / _pdbx_nmr_software.authors / _pdbx_nmr_software.classification / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_software.version / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _struct.pdbx_descriptor
改定 2.12021年2月24日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22024年5月1日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
B: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
C: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,7616
ポリマ－8,6744
非ポリマー1,0872
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area3640 Å2
ΔGint-12 kcal/mol
Surface area5460 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)8 / 16structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

-
要素

#1: DNA鎖
DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3')


分子量: 2168.445 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#2: 化合物 ChemComp-DM2 / DOXORUBICIN / ADRIAMYCIN / ドキソルビシン


分子量: 543.519 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C27H29NO11 / コメント: 薬剤, 化学療法薬*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
151isotropic12D 1H-1H NOESY
161isotropic11D

-
試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1.16 mM DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3'), 90% H2O/10% D2O
Label: 1H / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.16 mM / 構成要素: DNA (5'-D(*TP*TP*AP*GP*GP*GP*T)-3') / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 100 mM / Label: Condition 1 / pH: 7.4 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

-
NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE II / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE II / 磁場強度: 500 MHz

-
解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
Amber16CASE, DARDEN, CHEATHAM III, SIMMERLING, WANG, DUKE, LUO, ... AND KOLLMAN精密化
TopSpin構造決定
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 16 / 登録したコンフォーマーの数: 8

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る