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- PDB-6kly: Crystal structure of the type III effector XopAI from Xanthomonas... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kly
タイトルCrystal structure of the type III effector XopAI from Xanthomonas axonopodis pv. citri in space group P43212
要素Type III effector XopAI
キーワードCELL INVASION / type III effectors / peptide-binding domain / mono-ADP-ribosyltransferase fold / Xanthomonas axonopodis pv. citri
機能・相同性
機能・相同性情報


NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity => GO:0106274 / : / cellular anatomical entity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / nucleotidyltransferase activity
類似検索 - 分子機能
NAD:arginine ADP-ribosyltransferase, ART / NAD:arginine ADP-ribosyltransferase / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NAD(+)--protein-arginine ADP-ribosyltransferase / NAD(+)--protein-arginine ADP-ribosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Xanthomonas citri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 2.01 Å
データ登録者Liu, J.-H. / Wu, J.E. / Lin, H. / Chiu, S.W. / Yang, J.Y.
資金援助 台湾, 1件
組織認可番号国
Ministry of Science and Technology (Taiwan)MOST 106-2313-B-005-029 台湾
引用ジャーナル: Int J Mol Sci / 年: 2019
タイトル: Crystal Structure-Based Exploration of Arginine-Containing Peptide Binding in the ADP-Ribosyltransferase Domain of the Type III Effector XopAI Protein.
著者: Liu, J.H. / Yang, J.Y. / Hsu, D.W. / Lai, Y.H. / Li, Y.P. / Tsai, Y.R. / Hou, M.H.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2019年8月21日ID: 4ELN
改定 1.02019年8月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年10月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type III effector XopAI


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,8661
ポリマ－35,8661
非ポリマー00
水4,252236
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area12540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)73.050, 73.050, 114.060
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-327-

HOH

21A-407-

HOH

31A-409-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Type III effector XopAI


分子量: 35866.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Xanthomonas citri (バクテリア) / 株: XW19 / 遺伝子: XopAI, XAC3230 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): RIL+ / 参照: UniProt: Q8PHM1, UniProt: A0A0U5GCU5*PLUS
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 236 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8
詳細: 15% (v/v) PEG 400, 5.5% (w/v) PEG 20000, 0.05 M Potassium phosphate, pH 8.0

-
データ収集

回折
ID平均測定温度 (K)Crystal-IDSerial crystal experiment
11101N
21101N
放射光源
由来サイトビームラインID波長 (Å)
シンクロトロンNSRRC BL13C110.9762
シンクロトロンNSRRC BL13B120.9056, 0.9193, 0.9190
検出器
タイプID検出器日付詳細
ADSC QUANTUM 3151CCD2010年6月19日mirrors
ADSC QUANTUM 3152CCD2010年7月7日mirrors
放射
IDプロトコル単色(M)・ラウエ(L)散乱光タイプWavelength-ID
1SINGLE WAVELENGTHMx-ray1
2MADMx-ray2
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97621
20.90561
30.91931
40.9191
反射解像度: 2.01→28.35 Å / Num. obs: 19639 / % possible obs: 93.7 % / 冗長度: 4.1 % / Biso Wilson estimate: 18.7 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.082 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.094 / Χ2: 0.93 / Net I/σ(I): 11.1
反射 シェル解像度: 2.01→2.06 Å / 冗長度: 3.7 % / Rmerge(I) obs: 0.525 / Num. unique obs: 1275 / CC1/2: 0.712 / Rpim(I) all: 0.29 / Rrim(I) all: 0.605 / Χ2: 0.91 / % possible all: 85.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260: ???精密化
iMOSFLMv7.2.2データ削減
pointlessv1.11.21データスケーリング
PHENIX1.14_3260: ???位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 2.01→26.563 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 17.92
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1949 952 5 %
Rwork0.1657 --
obs0.1671 19036 89.7 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 25.93 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.01→26.563 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1961 0 0 236 2197
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.0102-2.11610.22971200.22312249236980
2.1161-2.24860.21991250.19462388251385
2.2486-2.42210.23071270.17272520264789
2.4221-2.66570.21151470.1742571271891
2.6657-3.05090.19311500.16732653280393
3.0509-3.8420.19551530.15082774292795
3.842-26.56530.16221300.15282929305995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1832-0.77520.07680.5408-0.04610.2738-0.06290.1621-0.1171-0.2590.08530.0089-0.5238-0.03690.00440.4036-0.1265-0.00140.2972-0.01120.1188-11.8683-29.8658-38.308
20.70660.16390.15470.92760.66160.6313-0.10620.1145-0.1246-0.23510.0850.1472-0.05450.0246-0.05120.1632-0.0281-0.0350.0911-0.01370.1189-12.9363-22.8574-26.5814
30.1014-0.06510.06210.86980.38180.5261-0.07460.0161-0.0029-0.15280.05220.0261-0.06590.07090.0040.1394-0.0311-0.01870.1232-0.00940.1143-10.4505-18.7898-21.4129
40.09810.1537-0.05290.4934-0.18470.2739-0.06590.0110.0278-0.12490.0210.0537-0.09260.0726-0.00220.1298-0.0108-0.01470.1182-0.00390.118-7.1477-11.3003-17.4241
50.20290.1076-0.23270.20730.03610.52570.0174-0.04670.0261-0.0745-0.04950.0285-0.04530.09110.00150.1241-0.0124-0.01630.09230.01290.1063-5.086-9.2718-10.8328
60.24380.1806-0.33040.65060.00740.5510.0075-0.0438-0.01620.0518-0.0195-0.118-0.01790.11170.02110.1451-0.0249-0.02790.12240.0170.1338-1.755-4.9298-10.2412
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 60:74 )A60 - 74
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 75:136 )A75 - 136
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 137:173 )A137 - 173
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 174:214 )A174 - 214
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 215:260 )A215 - 260
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 261:296 )A261 - 296

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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