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- PDB-6klr: Crystal structure of human WIPI3 in complex with the WIR-peptide ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6klr
タイトルCrystal structure of human WIPI3 in complex with the WIR-peptide from ATG2A
要素chimera ATG2A and WIPI3
キーワードLIPID BINDING PROTEIN / MEMBRANE BOUND PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


TSC1-TSC2 complex binding / organelle membrane contact site / phagophore / protein lipidation / lipid transfer activity / glycophagy / nucleophagy / positive regulation of autophagosome assembly / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site ...TSC1-TSC2 complex binding / organelle membrane contact site / phagophore / protein lipidation / lipid transfer activity / glycophagy / nucleophagy / positive regulation of autophagosome assembly / autophagy of mitochondrion / protein localization to phagophore assembly site / phagophore assembly site membrane / piecemeal microautophagy of the nucleus / phosphatidylinositol-3-phosphate binding / phagophore assembly site / phosphatidylinositol-3,5-bisphosphate binding / reticulophagy / Macroautophagy / extrinsic component of membrane / autophagosome assembly / protein-membrane adaptor activity / cellular response to starvation / lipid droplet / lysosome / endoplasmic reticulum membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Autophagy-related protein 2/VPS13, C-terminal / Autophagy-related protein 2 / ATG2/VPS13, C terminal domain / Vacuolar protein sorting-associated protein 13-like, N-terminal domain / VPS13-like, N-terminal / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Autophagy-related protein 2 homolog A / WD repeat domain phosphoinositide-interacting protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.21 Å
データ登録者Ren, J.Q. / Liang, R.B. / Feng, W.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020
タイトル: Multi-site-mediated entwining of the linear WIR-motif around WIPI beta-propellers for autophagy.
著者: Ren, J. / Liang, R. / Wang, W. / Zhang, D. / Yu, L. / Feng, W.
履歴
登録2019年7月30日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月17日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: chimera ATG2A and WIPI3
B: chimera ATG2A and WIPI3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,9202
ポリマ－76,9202
非ポリマー00
水32418
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, A chain and B chain forms a complex with the molar ratio of 1:1
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2480 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area13980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)75.124, 121.063, 37.768
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質 chimera ATG2A and WIPI3 / WIPI-3 / WD repeat-containing protein 45-like / WDR45-like protein / WD repeat-containing protein ...WIPI-3 / WD repeat-containing protein 45-like / WDR45-like protein / WD repeat-containing protein 45B / WIPI49-like protein


分子量: 38459.828 Da / 分子数: 2 / 変異: Deletion of 75-80 and Deletion of 264-280 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The sequence provided here is chimeric. We fused ATG2A (1374-1404) to the N-terminal of WIPI3. And we also deleted two loops in WIPI3 (Loop1: 75-80; loop2: 264-281). The first four residues ...詳細: The sequence provided here is chimeric. We fused ATG2A (1374-1404) to the N-terminal of WIPI3. And we also deleted two loops in WIPI3 (Loop1: 75-80; loop2: 264-281). The first four residues (GPGS) is the expression tag. Residues form 5 to 35 (PRDGEPVVTQLHPGPIVVRDGYFSRPIGSTD) is the fused ATG2A sequence (from 1374 to 1404). Residues from 36 to 37 (GS) is the linker. The rest part is form WIPI3.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ATG2A, KIAA0404, WDR45B, WDR45L, WIPI3 / プラスミド: pET32a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q2TAZ0, UniProt: Q5MNZ6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.01 %
解説: Authors state that Sfcheck gives the Matthews coefficient about 2.44, Phenix.Xtriage gives 2.18.
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.1M Tirs-HCl, pH 8.5, 20% (v/v) Ethanol / PH範囲: 8.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97855 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年1月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97855 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 17842 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 11.6 % / Biso Wilson estimate: 53.4 Å2 / CC1/2: 0.989 / Rmerge(I) obs: 0.093 / Rpim(I) all: 0.029 / Rrim(I) all: 0.102 / Χ2: 0.934 / Net I/av σ(I): 20.6 / Net I/σ(I): 23.1
反射 シェル解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 7.9 % / Rmerge(I) obs: 0.423 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / Num. unique obs: 1650 / CC1/2: 0.925 / CC star: 0.98 / Rpim(I) all: 0.149 / Rrim(I) all: 0.451 / Χ2: 0.745 / % possible all: 96.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6IYY

6iyy


解像度: 2.21→24.52 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 36.27
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2553 864 4.9 %Random selection
Rwork0.2126 ---
obs0.2147 17638 98.38 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 184.12 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.21→24.52 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2451 0 0 18 2469
Biso mean---67.47 -
残基数----319
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.21-2.350.42891520.35982606275895
2.35-2.530.34591520.29452737288999
2.53-2.780.30231320.24962788292099
2.78-3.190.3021350.244728262961100
3.19-4.010.26011340.216828592993100
4.01-24.520.21521590.1782958311798
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.91920.701-1.33233.73470.26051.643-0.22690.17180.8958-0.18970.26150.46650.1877-0.0879-0.0030.5061-0.0364-0.10490.49570.01760.486990.9591137.017846.244
21.3229-1.3322-0.52222.10930.16251.288-0.1205-0.3120.9828-0.1393-0.1951-1.11520.11750.3004-0.3450.62020.00890.07060.9183-0.20091.1166111.1411141.997346.1801
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain 'A' and resid 9 through 311)A9 - 311
2X-RAY DIFFRACTION2(chain 'B' and resid 1378 through 1399)B1378 - 1399

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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