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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6klf | |||||||||
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タイトル | Crystal structure of branching enzyme D434A mutant from Cyanothece sp. ATCC 51142 | |||||||||
要素 | 1,4-alpha-glucan branching enzyme GlgB | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / starch-producing cyanobacteria / inactive mutant | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 starch metabolic process / 1,4-alpha-glucan branching enzyme / : / 1,4-alpha-glucan branching enzyme activity / glycogen biosynthetic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Crocosphaera subtropica ATCC 51142 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | |||||||||
データ登録者 | Suzuki, R. / Suzuki, E. | |||||||||
資金援助 | 日本, 2件
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引用 | ジャーナル: Arch.Biochem.Biophys. / 年: 2021 タイトル: Cyanobacterial branching enzymes bind to alpha-glucan via surface binding sites 著者: El Mannai, Y. / Deto, R. / Kuroki, M. / Suzuki, R. / Suzuki, E. #1: ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017 タイトル: Bound Substrate in the Structure of Cyanobacterial Branching Enzyme Supports a New Mechanistic Model. 著者: Hayashi, M. / Suzuki, R. / Colleoni, C. / Ball, S.G. / Fujita, N. / Suzuki, E. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6klf.cif.gz | 182.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6klf.ent.gz | 141.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6klf.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6klf_validation.pdf.gz | 446.8 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6klf_full_validation.pdf.gz | 450.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6klf_validation.xml.gz | 32.5 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6klf_validation.cif.gz | 48.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6klf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kl/6klf | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 5gqxS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 88518.930 Da / 分子数: 1 / 変異: D434A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Crocosphaera subtropica ATCC 51142 (バクテリア) 株: ATCC 51142 / 遺伝子: glgB, glgB1, cce_2248 / プラスミド: pET15b / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: B1WPM8, 1,4-alpha-glucan branching enzyme | ||||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-GOL / #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.67 Å3/Da / 溶媒含有率: 73.64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.2 詳細: 8%(w/v) ethanol, 0.1 M HEPES-NaOH pH 7.2, 0.2 M MgCl2 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月25日 |
放射 | モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 58556 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 10.8 % / Rmerge(I) obs: 0.118 / Net I/σ(I): 18.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 8.3 % / Rmerge(I) obs: 0.365 / Num. unique obs: 2880 / % possible all: 99.8 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5GQX 解像度: 2.5→47.29 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.5→47.29 Å
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.565 Å
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