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- PDB-6kk7: Structure of thermal-stabilised(M6) human GLP-1 receptor transmem... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kk7
タイトルStructure of thermal-stabilised(M6) human GLP-1 receptor transmembrane domain
要素Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
キーワードSIGNALING PROTEIN / GPCR / seven-transmembrane / allosteric modulators / diabetes
機能・相同性
機能・相同性情報


glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / peptidoglycan catabolic process / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / membrane / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. ...: / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1 receptor / GPCR, family 2, glucagon-like peptide-1/glucagon receptor / G-protein coupled receptors family 2 signature 1. / Hormone receptor domain / GPCR, family 2, extracellular hormone receptor domain / G-protein coupled receptors family 2 profile 1. / Domain present in hormone receptors / GPCR family 2, extracellular hormone receptor domain superfamily / G-protein coupled receptors family 2 signature 2. / GPCR, family 2, secretin-like, conserved site / GPCR, family 2, secretin-like / 7 transmembrane receptor (Secretin family) / GPCR, family 2-like / G-protein coupled receptors family 2 profile 2. / Endolysin T4 type / T4-type lysozyme / Glycoside hydrolase, family 24 / Lysozyme domain superfamily / Phage lysozyme / Lysozyme-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-97Y / Endolysin / Glucagon-like peptide 1 receptor
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Enterobacteria phage T4 (ファージ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.1 Å
データ登録者Song, G.
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2019
タイトル: Mutagenesis facilitated crystallization of GLP-1R.
著者: Xu, Y. / Wang, Y. / Wang, Y. / Liu, K. / Peng, Y. / Yao, D. / Tao, H. / Liu, H. / Song, G.
履歴
登録2019年7月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年11月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月25日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: audit_author / citation / citation_author
Item: _audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._audit_author.name / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)106,1304
ポリマ－105,0982
非ポリマー1,0312
水00
1
A: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0652
ポリマ－52,5491
非ポリマー5161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,0652
ポリマ－52,5491
非ポリマー5161
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.230, 71.060, 81.000
Angle α, β, γ (deg.)92.48, 92.61, 105.10
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor / GLP-1R / Lysis protein / Lysozyme / Muramidase / GLP-1R


分子量: 52549.227 Da / 分子数: 2
変異: S225A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R
由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ)
遺伝子: GLP1R / プラスミド: pfasctbac / Cell (発現宿主): SF9 / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE
発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾)
参照: UniProt: P43220, UniProt: P00720
#2: 化合物 ChemComp-97Y / N-{4-[(R)-(3,3-dimethylcyclobutyl)({6-[4-(trifluoromethyl)-1H-imidazol-1-yl]pyridin-3-yl}amino)methyl]benzene-1-carbonyl}-beta-alanine


分子量: 515.527 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28F3N5O3
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法
詳細: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年2月25日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→41.2 Å / Num. obs: 20302 / % possible obs: 79.9 % / 冗長度: 2.1 % / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.11 / Net I/σ(I): 4.6
反射 シェル解像度: 3.1→3.27 Å / 冗長度: 1.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 2761 / CC1/2: 0.61 / % possible all: 74.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.14_3260: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VEW

5vew


解像度: 3.1→40.392 Å / SU ML: 0.63 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 39.34 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3032 955 4.72 %
Rwork0.2568 19263 -
obs0.2589 20218 79.64 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 266.65 Å2 / Biso mean: 104.4108 Å2 / Biso min: 37.02 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.1→40.392 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6590 0 74 0 6664
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0136825
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.5579295
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0851085
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0091132
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9323932
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.1001-3.26340.53061360.44422525266173
3.2634-3.46780.39071450.35332700284579
3.4678-3.73540.30061350.30022739287479
3.7354-4.11090.31841650.2662847301283
4.1109-4.7050.27721390.22742806294581
4.705-5.92480.29551220.24092905302783
5.9248-40.39520.23491130.20682741285479
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.4940.1224-3.08431.2808-0.68353.73830.0320.7402-0.524-0.1901-0.3115-0.19410.70140.0498-0.09180.86720.0787-0.03230.7879-0.0720.685711.7186-40.0325-47.1605
21.9420.0732-0.00662.7056-0.22864.61790.14071.0666-1.13870.0288-0.09250.61480.33661.0834-0.23720.8962-0.1051-0.0354-0.5187-0.12340.80562.1522-34.4071-39.6093
31.6711-0.1464-0.00492.39371.26511.73280.21891.59870.7739-0.5813-0.80370.5326-0.04040.01110.16550.5708-0.4375-0.1776-1.7397-0.48550.47783.1924-25.7883-46.9925
41.1709-0.02590.39712.4222-0.31780.26190.3551-1.30840.51340.23870.24970.3598-0.69340.3009-0.33290.7178-0.14610.17081.3335-0.20630.8379-0.982-18.707-48.661
53.3327-0.85610.02581.8552-0.09163.09790.1263-0.81470.20750.17640.371-0.01210.02590.3296-0.13170.5462-0.02060.02261.02420.10670.494614.652-19.129-35.715
62.10871.3360.12282.5799-2.02282.7640.0645-0.42960.07420.37891.25480.36740.5078-0.6771-0.20930.2352-0.52950.17872.01770.36630.806714.378-34.514-38.543
71.37190.0013-0.15031.2479-0.09234.5854-0.04290.3082-0.1116-0.1877-0.1555-0.0413-0.42020.04330.08810.40.05280.01250.58250.05420.47934.152-50.509-19.612
83.4428-0.87143.41231.8527-2.17026.38770.36940.51520.3003-0.0098-0.07770.12440.83820.9627-0.12470.44290.05130.11980.50440.06250.5186-5.775-10.053-3.342
91.62550.0273-0.59691.628-0.19072.0021-0.0104-0.5645-0.0512-0.2178-0.0482-0.04540.05520.70250.14810.59160.0462-0.02390.6325-0.07160.7383.107-12.638-1.128
104.76751.65740.14327.62180.44244.25110.5138-0.3793-0.30571.03120.21430.10411.35760.1616-0.22411.5016-0.02740.17541.5946-0.01221.348-3.627-29.982-6.484
112.96511.33511.86371.21391.19524.33710.2242-0.29770.003-0.04570.4163-0.7207-0.64870.0781-0.33890.8235-0.22110.13421.2112-0.60841.268845.67084.788-36.0783
121.9568-0.44910.07491.7908-0.55581.85610.1896-0.42430.34840.1039-0.07560.2386-0.39040.7392-0.13750.53290.00820.03730.5596-0.10260.561336.3167-5.2934-40.8685
131.76571.05731.02592.50140.45691.57620.20730.770.0214-0.57780.02440.3490.5266-0.1714-0.17820.87580.1183-0.19261.0201-0.10040.875331.417-16.035-35.132
143.90792.65640.87029.0931.36172.24350.05860.5835-1.1581-0.8032-0.0044-0.73980.67940.2287-0.44910.80020.1524-0.03891.1249-0.24660.890445.093-20.249-45.487
151.4-0.0077-0.44312.1828-0.03012.50120.32360.7652-0.1919-0.59150.0475-0.0354-0.750.974-0.19680.480.02450.03941.18920.1140.544149.877-10.711-57.915
163.339-0.43060.78071.1239-0.04591.02250.13730.27330.5592-0.1775-0.06760.6731-0.3834-0.3449-0.05260.90260.00220.00291.81150.18020.736150.938-9.418-34.104
172.61930.2468-0.63923.706-2.33414.1746-0.2548-0.52820.46430.25170.33920.15180.1146-0.36530.05670.4999-0.0099-0.03580.89430.24050.691446.571-58.935
181.52050.6294-0.50641.137-0.82862.10220.0913-1.13480.2520.3522-0.44280.0138-0.55610.06990.08860.55350.03190.03331.1568-0.13890.577939.37622.277-64.341
193.88480.6785-2.31912.3012-2.21353.89930.068-0.43580.10240.11030.0732-0.0217-0.32970.6887-0.05640.5047-0.0823-0.00790.3498-0.06540.64829.544-24.566-80.447
202.48820.29560.152.24850.70840.557-0.27981.51930.26230.17920.6378-0.1625-0.5042-0.35980.11040.45940.32210.0344-0.02490.17710.615132.376-34.81-86.043
210.53720.3640.08352.01440.55750.0121-0.78630.42-0.21910.39920.1126-1.4285-0.12280.06470.38180.7330.0321-0.06061.3025-0.1920.922943.726-13.06-79.654
221.7555-3.88721.43528.3381-3.55421.55590.0720.77570.326-0.8714-0.0296-0.0145-1.0946-0.49410.12191.56410.0792-0.04941.1235-0.01570.836433.19-4.904-77.406
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1( CHAIN A AND RESID 136:168 )A136 - 168
2X-RAY DIFFRACTION2( CHAIN A AND RESID 169:201 )A169 - 201
3X-RAY DIFFRACTION3( CHAIN A AND RESID 202:256 )A202 - 256
4X-RAY DIFFRACTION4( CHAIN A AND RESID 257:304 )A257 - 304
5X-RAY DIFFRACTION5( CHAIN A AND RESID 305:381 )A305 - 381
6X-RAY DIFFRACTION6( CHAIN A AND RESID 382:411 )A382 - 411
7X-RAY DIFFRACTION7( CHAIN A AND RESID 412:422 )A412 - 422
8X-RAY DIFFRACTION8( CHAIN A AND RESID 1001:1033 )A1001 - 1033
9X-RAY DIFFRACTION9( CHAIN A AND RESID 1034:1099 )A1034 - 1099
10X-RAY DIFFRACTION10( CHAIN A AND RESID 1100:1160 )A1100 - 1160
11X-RAY DIFFRACTION11( CHAIN B AND RESID 136:168 )B136 - 168
12X-RAY DIFFRACTION12( CHAIN B AND RESID 169:256 )B169 - 256
13X-RAY DIFFRACTION13( CHAIN B AND RESID 257:304 )B257 - 304
14X-RAY DIFFRACTION14( CHAIN B AND RESID 305:335 )B305 - 335
15X-RAY DIFFRACTION15( CHAIN B AND RESID 336:361 )B336 - 361
16X-RAY DIFFRACTION16( CHAIN B AND RESID 362:398 )B362 - 398
17X-RAY DIFFRACTION17( CHAIN B AND RESID 399:419 )B399 - 419
18X-RAY DIFFRACTION18( CHAIN B AND RESID 420:422 )B420 - 422
19X-RAY DIFFRACTION19( CHAIN B AND RESID 1001:1033 )B1001 - 1033
20X-RAY DIFFRACTION20( CHAIN B AND RESID 1034:1063 )B1034 - 1063
21X-RAY DIFFRACTION21( CHAIN B AND RESID 1064:1098 )B1064 - 1098
22X-RAY DIFFRACTION22( CHAIN B AND RESID 1099:1160 )B1099 - 1160

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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