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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kjv | ||||||
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タイトル | Structure of thermal-stabilised(M9) human GLP-1 receptor transmembrane domain | ||||||
要素 | Glucagon-like peptide 1 receptor,Endolysin,Glucagon-like peptide 1 receptor | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / GPCR / seven-transmembrane / allosteric modulators / diabetes | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity ...glucagon-like peptide 1 receptor activity / glucagon receptor activity / hormone secretion / positive regulation of blood pressure / post-translational protein targeting to membrane, translocation / response to psychosocial stress / regulation of heart contraction / peptide hormone binding / viral release from host cell by cytolysis / activation of adenylate cyclase activity / negative regulation of blood pressure / peptidoglycan catabolic process / cAMP-mediated signaling / adenylate cyclase-activating G protein-coupled receptor signaling pathway / Glucagon-type ligand receptors / Glucagon-like Peptide-1 (GLP1) regulates insulin secretion / transmembrane signaling receptor activity / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme / lysozyme activity / positive regulation of cytosolic calcium ion concentration / G alpha (s) signalling events / host cell cytoplasm / learning or memory / cell surface receptor signaling pathway / defense response to bacterium / membrane / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) Enterobacteria phage T4 (ファージ) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å | ||||||
データ登録者 | Song, G. | ||||||
引用 | ジャーナル: Iucrj / 年: 2019 タイトル: Mutagenesis facilitated crystallization of GLP-1R. 著者: Xu, Y. / Wang, Y. / Wang, Y. / Liu, K. / Peng, Y. / Yao, D. / Tao, H. / Liu, H. / Song, G. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kjv.cif.gz | 350.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kjv.ent.gz | 284.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kjv.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kjv_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kjv_full_validation.pdf.gz | 1.3 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kjv_validation.xml.gz | 31.8 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kjv_validation.cif.gz | 41.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjv ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kjv | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 52583.305 Da / 分子数: 2 変異: S193C,I196F,S225A,S271A,I317C,G318I,K346A,C347F,G361C,205-214deletion,R1011G,C1053T,C1096A,I1136R 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) Enterobacteria phage T4 (ファージ) 遺伝子: GLP1R / プラスミド: pfasctbac / Cell (発現宿主): SF9 / 細胞株 (発現宿主): IPLB-Sf-21-AE 発現宿主: Spodoptera aff. frugiperda 1 BOLD-2017 (蝶・蛾) 参照: UniProt: P43220, UniProt: P00720 #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.43 Å3/Da / 溶媒含有率: 64 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 脂質キュービック相法 詳細: 0.4-0.45 M ammonium acetate, 0.1 M sodium cacodylate, pH 6.2-6.6, 35-38% PEG400, 3% w/v aminohexanoic acid |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Ambient temp details: liquid nitrogen / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: RAYONIX MX225HE / 検出器: CCD / 日付: 2017年3月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.8→45.2 Å / Num. obs: 30099 / % possible obs: 88.8 % / 冗長度: 2.5 % / CC1/2: 0.98 / Rmerge(I) obs: 0.12 / Net I/σ(I): 5.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.8→2.95 Å / 冗長度: 1.8 % / Rmerge(I) obs: 0.57 / Num. unique obs: 3968 / CC1/2: 0.62 / % possible all: 79.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5VEW 解像度: 2.8→29.8 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: THROUGHOUT / 位相誤差: 37.27
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 216.23 Å2 / Biso mean: 84.0806 Å2 / Biso min: 25.01 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.8→29.8 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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