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- PDB-6kjh: Functional and structural insights into the unusual oxyanion hole... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kjh
タイトルFunctional and structural insights into the unusual oxyanion hole-like geometry in macrolactin acyltransferase selective for dicarboxylic acyl donors
要素Putative beta-lactamase
キーワードTRANSFERASE / acyltransferase
機能・相同性: / Beta-lactamase-related / Beta-lactamase / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta / Putative beta-lactamase
機能・相同性情報
生物種Jeotgalibacillus marinus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.68 Å
データ登録者Xiao, F. / Sheng, D. / Feng, Y. / Li, W.
引用ジャーナル: J.Am.Chem.Soc. / 年: 2020
タイトル: Structural Basis of Specificity for Carboxyl-Terminated Acyl Donors in a Bacterial Acyltransferase.
著者: Xiao, F. / Dong, S. / Liu, Y. / Feng, Y. / Li, H. / Yun, C.H. / Cui, Q. / Li, W.
履歴
登録2019年7月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年9月2日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.year
改定 1.22020年9月30日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,3352
ポリマ－44,2391
非ポリマー961
水7,008389
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area15140 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)118.476, 118.476, 51.874
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number90
Space group name H-MP4212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-675-

HOH

21A-744-

HOH

31A-776-

HOH

41A-858-

HOH

51A-873-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Putative beta-lactamase / MlnI


分子量: 44239.426 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Jeotgalibacillus marinus (バクテリア)
遺伝子: mlnI / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0U1X4V6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 389 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 40.21 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 1.8 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 6.3

-
データ収集

回折平均測定温度: 77 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→118.48 Å / Num. obs: 42566 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 13.4 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.163 / Net I/σ(I): 13.1 / Num. measured all: 568360
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.68-1.729.61.0182900530210.7590.3431.0752.297.5
7.51-118.4810.80.05661895720.9980.0170.05831.799.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.29データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
XDSデータ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IVI

4ivi


解像度: 1.68→59.238 Å / SU ML: 0.15 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 18.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1892 2000 4.71 %
Rwork0.1644 --
obs0.1656 42481 99.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 181.19 Å2 / Biso mean: 28.0233 Å2 / Biso min: 9.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.68→59.238 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2853 0 5 389 3247
Biso mean--18.29 32.8 -
残基数----359
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.68-1.72210.25671370.2196277197
1.7221-1.76860.21341390.1916283899
1.7686-1.82070.19721410.17792838100
1.8207-1.87940.24141420.18332867100
1.8794-1.94660.2781410.24072856100
1.9466-2.02460.19561410.16052865100
2.0246-2.11670.17891420.15392876100
2.1167-2.22830.18181420.15192871100
2.2283-2.36790.17821430.17482877100
2.3679-2.55080.19151420.15082889100
2.5508-2.80740.20261440.15452909100
2.8074-3.21370.16241450.1612940100
3.2137-4.04870.16741470.14272955100
4.0487-59.2380.18251540.16583129100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3647-0.71441.33531.6389-0.38821.8461-0.1211-0.10240.26220.03440.02040.025-0.1532-0.06820.09660.14740.010.0110.1237-0.03470.125428.817522.568371.1844
20.7798-0.1916-0.15591.06980.27770.84140.03410.1221-0.108-0.1408-0.03130.01760.0481-0.04060.0010.12130.0101-0.00720.1449-0.01920.133428.4053-4.887855.9949
37.58530.5466-1.48274.65571.81775.14590.06650.6125-0.0344-0.4613-0.14850.2538-0.1196-0.798-0.06750.21550.0347-0.0530.3229-0.03380.195915.7532-4.762243.7881
40.9236-0.37890.03111.11930.25470.93770.0490.0599-0.0123-0.0874-0.06190.1064-0.0266-0.14730.01670.11930.0015-0.01490.1555-0.00670.14419.9960.943459.3426
51.9489-1.02210.4231.9594-0.02441.08470.0134-0.0705-0.01070.10150.012-0.09760.06560.0245-0.01620.0984-0.00770.00450.0830.00180.094934.3331-0.566769.2452
61.46470.4273-0.54714.3348-3.36112.9268-0.07150.23410.4312-0.1421-0.0333-0.403-0.20480.13260.170.1972-0.02350.02320.18620.05490.257538.98465.614251.1636
72.4566-0.30810.09291.88450.04140.80740.00740.08240.0507-0.0216-0.0072-0.0639-0.03750.0160.00860.1164-0.00670.0010.1121-0.00640.110938.001414.330964.9376
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 7 through 61 )A7 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 130 )A62 - 130
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 131 through 151 )A131 - 151
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 152 through 235 )A152 - 235
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 236 through 283 )A236 - 283
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 284 through 302 )A284 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 303 through 365 )A303 - 365

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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