PDB-6kj9: E. coli ATCase catalytic subunit mutant - G128/130A

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kj9

タイトル

E. coli ATCase catalytic subunit mutant - G128/130A

要素

Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

キーワード

TRANSFERASE / aspartate transcarbamoylase catalytic subunit / de novo pyrimidine biosynthesis

機能・相同性

機能・相同性情報

aspartate carbamoyltransferase complex / aspartate carbamoyltransferase / aspartate carbamoyltransferase activity / glutamine metabolic process / amino acid binding / protein homotrimerization / 'de novo' UMP biosynthetic process / 'de novo' pyrimidine nucleobase biosynthetic process / identical protein binding / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli K-12 (大腸菌)

手法

X線回折 /

分子置換 / 解像度: 2.5 Å

データ登録者

Lei, Z. / Zheng, J. / Jia, Z.C.

資金援助

中国,

カナダ, 2件

引用

ジャーナル: Febs J. / 年: 2020
タイトル: New regulatory mechanism-based inhibitors of aspartate transcarbamoylase for potential anticancer drug development.
著者: Lei, Z. / Wang, B. / Lu, Z. / Wang, N. / Tan, H. / Zheng, J. / Jia, Z.

履歴

登録	2019年7月22日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年3月11日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年8月26日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6kj9.ent.gz	574.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kj9.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6kj9_validation.pdf.gz	478.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kj9_full_validation.pdf.gz	499.6 KB	表示
XML形式データ	6kj9_validation.xml.gz	67.1 KB	表示
CIF形式データ	6kj9_validation.cif.gz	93.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kj9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kj/6kj9	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	6kj7C 6kj8C 6kjaC 1za1S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4ep1-1 3csu-d 7k46-1 3sds-1 3sds-3 6jkq-1 4iv5-2 6jkq-2 3lxm-d 3sds-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (10)

登録構造単位

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

B: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

D: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

E: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

F: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

206 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

B: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

E: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
103 kDa, 3 ポリマー
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2

C: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

D: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

F: Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
103 kDa, 3 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	81.758, 96.729, 121.694
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 94.161, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1
Space group name Hall	P2yb
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y+1/2,-z

#1: タンパク質	Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate transcarbamylase / ATCase 分子量: 34365.156 Da / 分子数: 6 / 変異: G128A, G130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrB, b4245, JW4204 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

#1: タンパク質

Aspartate carbamoyltransferase catalytic subunit / Aspartate transcarbamylase / ATCase

分子量: 34365.156 Da / 分子数: 6 / 変異: G128A, G130A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株: K-12 / 遺伝子: pyrB, b4245, JW4204 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A786, aspartate carbamoyltransferase

#2: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 583 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.33 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.16 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2M NH4Ac, 0.1M Tris pH 8.5, 20% PEG3350, and 10% glycerol

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU R-AXIS IV / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年9月23日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 65582 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 4.1 % / CC_1/2: 0.994 / Net I/σ(I): 18.7
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / Num. unique obs: 3280 / CC_1/2: 0.784

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14-3260	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1ZA1

1za1

解像度: 2.5→48.36 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2283	2005	3.08 %
R_work	0.1916	-	-
obs	0.1928	65143	99.21 %

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.5→48.36 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13605	0	0	583	14188

LS精密化シェル

解像度: 2.5→2.56 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3183	134	-
R_work	0.2587	4152	-
obs	-	-	92 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2153	-0.0113	0.1072	0.4385	-0.1566	0.2482	-0.0876	-0.3524	0.2732	0.2425	0.338	-0.7833	-0.0768	0.3361	-0.0153	0.4557	-0.0084	-0.1447	0.5119	-0.0948	0.478	46.9111	2.6197	107.3117
2	0.18	-0.3118	0.1061	0.066	0.0764	0.4861	-0.006	0.1346	0.1017	0.1839	0.1454	-0.3269	-0.1484	-0.1889	0.001	0.4136	0.0029	-0.0396	0.2735	-0.0374	0.3564	35.4428	6.7696	97.2791
3	0.3149	0.0214	0.0284	0.5226	-0.537	0.3654	-0.3206	-0.5561	0.099	-0.1208	0.1737	0.0331	-0.0254	-0.0287	-0.0002	0.4527	0.019	-0.0703	0.3834	-0.0052	0.3209	30.6894	1.3395	95.8413
4	0.8074	-0.4305	0.4005	1.2433	-0.6233	0.5294	-0.0392	-0.1058	0.0868	0.0205	0.1175	-0.3441	0.022	-0.1958	0.0705	0.3436	-0.0205	-0.0983	0.3685	-0.0118	0.334	39.7156	-5.989	103.7658
5	0.3031	-0.3913	-0.051	0.255	0.0821	0.2188	-0.3156	-0.4065	-0.153	0.2728	0.325	-0.3013	0.1818	0.3545	-0.0264	0.5518	0.1181	-0.1744	0.5727	-0.0009	0.4486	42.5126	-16.4064	119.3567
6	0.1823	-0.1942	0.31	0.2387	-0.2805	0.5105	-0.6139	-0.334	-0.5409	1.1019	0.5478	0.0983	-0.5041	-0.1894	0.4849	0.6301	0.2911	-0.1873	0.7562	0.1602	0.144	35.9437	-14.5163	127.4817
7	0.1734	-0.0375	0.0766	0.1162	0.064	0.1386	-0.5855	0.2291	-0.1331	0.3233	0.245	0.7677	0.0814	-0.375	-0.0098	0.6574	-0.0076	0.1381	0.5136	0.0286	0.4631	23.6908	-24.7006	117.3484
8	1.1964	-0.2402	-0.2079	0.252	-0.0245	0.0857	-0.6631	-0.2811	-0.7777	0.5922	0.4362	0.099	-0.3513	-0.369	-0.3457	0.6528	0.3058	-0.0637	0.63	0.1311	0.1964	24.3724	-6.9814	124.1388
9	0.4634	-0.3535	0.2157	0.401	-0.3685	0.1581	-0.4272	-0.8696	0.5376	0.2076	0.2289	-0.2153	-0.6991	0.121	-0.1127	0.5284	-0.0118	-0.1306	0.4146	-0.1154	0.4519	38.2645	5.8803	107.591
10	0.9561	-0.5169	0.2471	0.2132	-0.3419	0.8953	-0.0168	-0.0071	0.1215	-0.2088	-0.0318	-0.1004	-0.1735	-0.1679	-0.0023	0.4232	-0.0163	0.039	0.2243	-0.0114	0.396	30.7936	15.5127	73.9641
11	1.2692	0.1395	-0.652	0.8209	-0.4211	0.4391	0.0155	0.0304	0.0464	-0.1103	-0.0017	-0.0334	-0.1171	-0.072	-0	0.2982	0.0197	-0.0074	0.2807	-0.0041	0.2536	20.8687	7.7284	77.9069
12	0.9623	0.1193	-0.3549	0.9179	-0.4514	1.8138	-0.11	0.1013	-0.0124	-0.1044	0.0954	-0.0264	0.1209	0	0	0.2869	-0.0073	0.0918	0.2108	0.0008	0.3907	39.6093	-0.149	57.8936
13	0.1112	-0.2585	0.0049	0.2197	0.0002	0.0622	0.2777	-0.0921	-0.1173	0.0817	-0.2638	-0.0799	0.24	-0.2567	0.0093	0.4882	-0.0762	0.1283	0.2239	-0.0409	0.3651	35.5296	-16.2189	63.0589
14	0.5087	0.4323	-0.3309	0.3539	-0.0475	1.315	-0.0274	-0.1767	-0.1279	0.1839	-0.0425	-0.1001	0.1217	0.206	-0.0006	0.3365	0.0285	0.0442	0.2413	0.0507	0.406	43.6222	-0.1353	71.5469
15	2.0199	0.2683	-0.8057	0.5548	-0.5722	1.496	-0.0456	-0.1554	0.0011	0.1437	-0.0748	-0.0292	0.0198	0.0989	0.0002	0.2706	0.0107	0.0251	0.2824	0.0092	0.2384	4.354	-38.374	105.8921
16	0.6571	0.3179	-0.3121	1.9559	-0.5022	1.3891	0.0594	-0.0173	0.0831	0.3033	0.1084	0.1417	-0.059	-0.1382	0.0068	0.3132	-0.0086	0.0708	0.3458	0.0012	0.2603	-9.9776	-52.0697	118.8308
17	0.4877	0.0856	0.1577	0.6236	-0.5171	0.4643	-0.1989	0.2207	0.1643	-0.3053	0.2255	-0.178	-0.1973	0.1925	-0.0009	0.2364	-0.0241	0.0183	0.2196	0.023	0.3174	19.3479	-25.3152	76.8426
18	0.5095	0.3904	0.3693	0.5898	0.5802	0.4408	0.0222	-0.1818	-0.0199	-0.1305	-0.0308	0.0532	-0.0708	-0.0667	0.0002	0.2154	0.0168	0.0082	0.2224	-0.0006	0.2876	8.8739	-37.0348	85.1196
19	1.0823	0.1556	0.3034	0.2141	0.3114	0.87	-0.1392	0.1626	-0.0956	-0.1297	0.0632	-0.0898	-0.1017	0.0634	0	0.2399	0.0003	-0.0063	0.2193	0.0109	0.2958	21.9653	-36.4455	80.1459
20	0.5	-0.719	-0.0195	0.6818	0.3626	0.801	-0.1624	0.251	-0.2546	-0.2031	0.3484	-0.3957	-0.1817	0.5564	0.1582	0.2051	-0.0914	0.0231	0.3713	-0.017	0.4472	41.6618	-30.8224	85.8658
21	0.4616	0.1579	-0.0702	0.4983	0.0772	0.7799	-0.0649	-0.2141	-0.0288	0.0719	0.0614	-0.1519	0.0554	-0.0819	-0.0369	0.2058	0.0186	-0.0387	0.1943	0.0547	0.2824	27.0017	-30.5039	95.0628
22	0.3526	0.16	0.154	0.5418	-0.2545	0.4266	-0.3923	-0.3231	0.1006	0.4409	0.6753	0.2109	-0.6152	-0.2764	0.0195	0.7293	0.3818	0.1231	0.6682	0.044	0.4039	7.2449	21.9887	104.7077
23	0.642	-0.3854	-0.104	0.8515	-0.3772	0.8259	-0.1933	-0.0809	-0.1104	0.1392	0.231	0.0145	-0.3708	-0.2905	0.0068	0.417	0.1386	-0.0008	0.5254	0.0412	0.3001	17.0367	8.0758	101.8504
24	0.9029	-0.6405	-0.3309	0.4822	0.5608	0.8175	-0.1965	-0.5313	-0.0484	0.2885	0.5449	0.344	-0.0742	-0.3726	0.161	0.4829	0.1486	0.1163	0.7997	0.3346	0.491	-9.8408	16.4428	94.3738
25	-0.0237	-0.3628	-0.0428	1.1542	-0.3029	0.2928	-0.2344	-0.2006	-0.3083	0.1952	0.4908	0.4221	-0.1223	-0.0861	-0.0144	0.4104	0.1486	0.0382	0.5126	0.1325	0.4373	0.8829	17.5205	85.9015
26	0.7427	0.5259	0.1914	0.8824	-0.1291	1.5825	0.0772	-0.1277	-0.0062	0.0473	-0.0339	0.1101	0.0082	-0.0808	-0.0001	0.2413	0.0123	-0.0153	0.3464	0.0398	0.2907	-11.2287	-48.8855	84.4729
27	0.338	0.5951	-0.3976	1.0796	0.0485	1.0168	-0.0695	-0.0311	-0.0478	-0.3004	0.1993	-0.003	0.0511	-0.1854	0.008	0.3193	-0.0321	-0.089	0.2777	-0.0082	0.2992	-12.5157	-60.6941	60.8624
28	0.4507	-0.0872	-0.3905	0.2559	0.0564	0.224	-0.0385	0.0422	-0.233	-0.4175	0.1358	0.0291	0.1687	0.0907	0.0005	0.4015	-0.0077	-0.0172	0.3563	-0.0556	0.3247	0.7658	-62.5892	58.2128
29	0.5704	1.1081	0.1176	1.0707	0.3891	0.3369	0.0765	-0.0685	0.0516	-0.1467	0.1963	-0.1787	-0.1387	0.0515	0.0021	0.2542	0.0294	-0.0248	0.3211	-0.005	0.2813	-4.4054	-47.175	68.9064

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 2 through 32 )	A	2 - 32
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 33 through 52 )	A	33 - 52
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 53 through 87 )	A	53 - 87
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 88 through 166 )	A	88 - 166
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 167 through 204 )	A	167 - 204
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 205 through 227 )	A	205 - 227
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 228 through 247 )	A	228 - 247
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 248 through 284 )	A	248 - 284
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 285 through 309 )	A	285 - 309
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 1 through 52 )	B	1 - 52
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 53 through 134 )	B	53 - 134
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 135 through 223 )	B	135 - 223
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 224 through 242 )	B	224 - 242
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 243 through 310 )	B	243 - 310
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'C' and (resid 1 through 134 )	C	1 - 134
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'C' and (resid 135 through 309 )	C	135 - 309
17	X-RAY DIFFRACTION	17	chain 'D' and (resid 1 through 32 )	D	1 - 32
18	X-RAY DIFFRACTION	18	chain 'D' and (resid 33 through 87 )	D	33 - 87
19	X-RAY DIFFRACTION	19	chain 'D' and (resid 88 through 166 )	D	88 - 166
20	X-RAY DIFFRACTION	20	chain 'D' and (resid 167 through 227 )	D	167 - 227
21	X-RAY DIFFRACTION	21	chain 'D' and (resid 228 through 310 )	D	228 - 310
22	X-RAY DIFFRACTION	22	chain 'E' and (resid 1 through 32 )	E	1 - 32
23	X-RAY DIFFRACTION	23	chain 'E' and (resid 33 through 126 )	E	33 - 126
24	X-RAY DIFFRACTION	24	chain 'E' and (resid 127 through 223 )	E	127 - 223
25	X-RAY DIFFRACTION	25	chain 'E' and (resid 224 through 310 )	E	224 - 310
26	X-RAY DIFFRACTION	26	chain 'F' and (resid 2 through 134 )	F	2 - 134
27	X-RAY DIFFRACTION	27	chain 'F' and (resid 135 through 221 )	F	135 - 221
28	X-RAY DIFFRACTION	28	chain 'F' and (resid 222 through 265 )	F	222 - 265
29	X-RAY DIFFRACTION	29	chain 'F' and (resid 266 through 309 )	F	266 - 309

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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