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- PDB-6kj5: Crystal structure of 10-Hydroxygeraniol Dehydrogenase apo form fr... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kj5
タイトルCrystal structure of 10-Hydroxygeraniol Dehydrogenase apo form from Cantharanthus roseus
要素10-hydroxygeraniol dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / 10-Hydroxygeraniol / Medium chain dehydrogenase/reductase / Cantharanthus roseus / MIA biosynthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


8-hydroxygeraniol dehydrogenase / 8-hydroxygeraniol dehydrogenase activity / zinc ion binding
類似検索 - 分子機能
: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain ...: / Alcohol dehydrogenase, zinc-type, conserved site / Zinc-containing alcohol dehydrogenases signature. / Quinone Oxidoreductase; Chain A, domain 1 / Medium-chain alcohol dehydrogenases, catalytic domain / Alcohol dehydrogenase-like, C-terminal / Zinc-binding dehydrogenase / Alcohol dehydrogenase, N-terminal / Alcohol dehydrogenase GroES-like domain / Polyketide synthase, enoylreductase domain / Enoylreductase / GroES-like superfamily / NAD(P)-binding Rossmann-like Domain / NAD(P)-binding domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
8-hydroxygeraniol dehydrogenase
類似検索 - 構成要素
生物種Catharanthus roseus (ニチニチカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.75 Å
データ登録者Sandholu, A.S. / Sharmila, P.M. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.A.
資金援助 インド, 1件
組織認可番号国
Council of Scientific & Industrial ResearchBSC0124 インド
引用ジャーナル: Proteins / 年: 2020
タイトル: Structural studies on 10-hydroxygeraniol dehydrogenase: A novel linear substrate-specific dehydrogenase from Catharanthus roseus.
著者: Sandholu, A.S. / Mujawar, S.P. / Ramakrishnan, K. / Thulasiram, H.V. / Kulkarni, K.
履歴
登録2019年7月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年3月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年4月7日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 10-hydroxygeraniol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)38,7163
ポリマ－38,5861
非ポリマー1312
水00
1
A: 10-hydroxygeraniol dehydrogenase
ヘテロ分子

A: 10-hydroxygeraniol dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)77,4336
ポリマ－77,1712
非ポリマー2624
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_555x,x-y,-z1
Buried area2810 Å2
ΔGint-95 kcal/mol
Surface area27640 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.385, 53.385, 253.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212

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要素

#1: タンパク質 10-hydroxygeraniol dehydrogenase / Cr10HGO / 8-hydroxygeraniol dehydrogenase


分子量: 38585.586 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Catharanthus roseus (ニチニチカ)
遺伝子: 10HGO / プラスミド: pRSET / 発現宿主: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6V4H0, 8-hydroxygeraniol dehydrogenase
#2: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.65 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.1M MES pH 6.5, 15% PEG 6000, 15% MPD, 2M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.97627 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射モノクロメーター: Si(111) double crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97627 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.75→126.9 Å / Num. obs: 4549 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.4 % / Biso Wilson estimate: 43.011 Å2 / CC1/2: 0.982 / Rmerge(I) obs: 0.267 / Rpim(I) all: 0.094 / Rrim(I) all: 0.284 / Net I/σ(I): 7.4
反射 シェル解像度: 3.75→4.19 Å / 冗長度: 9.5 % / Rmerge(I) obs: 0.56 / Mean I/σ(I) obs: 4.6 / Num. unique obs: 1255 / CC1/2: 0.942 / Rpim(I) all: 0.196 / Rrim(I) all: 0.595 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
XDSJan 26, 2018データ削減
Aimless1.10.18データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1YQD

1yqd


解像度: 3.75→84.6 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.893 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 97.993 / SU ML: 0.645 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.847 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2788 238 5.3 %RANDOM
Rwork0.2202 ---
obs0.2234 4268 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 227.03 Å2 / Biso mean: 82.79 Å2 / Biso min: 39.57 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.53 Å2-0.26 Å2-0 Å2
2---0.53 Å20 Å2
3---1.72 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.75→84.6 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2697 0 2 0 2699
Biso mean--169.14 --
残基数----356
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0192758
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7721.9713738
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1975355
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.48524.059101
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg18.18515469
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg11.6621510
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.2428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.0212036
LS精密化 シェル解像度: 3.751→3.848 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.365 30 -
Rwork0.248 310 -
all-340 -
obs--100 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.1214 Å / Origin y: 4.4851 Å / Origin z: 22.0233 Å
111213212223313233
T0.1742 Å20.1636 Å2-0.0303 Å2-0.2626 Å2-0.0241 Å2--0.0202 Å2
L0.0023 °2-0.0006 °20.0204 °2-0.4401 °20.7549 °2--2.6497 °2
S0.0211 Å °0.0113 Å °-0.0009 Å °-0.1075 Å °-0.1481 Å °0.0238 Å °-0.0396 Å °0.1129 Å °0.1269 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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