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万見
- PDB-6ki6: Crystal structure of BCL11A in complex with gamma-globin -115 HPF... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ki6
タイトルCrystal structure of BCL11A in complex with gamma-globin -115 HPFH region
要素
  • B-cell lymphoma/leukemia 11A
  • DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
キーワードTRANSCRIPTION/DNA / Transcription factor / DNA binding / TRANSCRIPTION / TRANSCRIPTION-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of dendrite development / regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting ...negative regulation of neuron remodeling / negative regulation of branching morphogenesis of a nerve / transcription regulatory region nucleic acid binding / negative regulation of dendrite extension / negative regulation of protein homooligomerization / negative regulation of collateral sprouting / negative regulation of dendrite development / regulation of dendrite development / negative regulation of axon extension / positive regulation of collateral sprouting / ALK mutants bind TKIs / cellular response to L-glutamate / paraspeckles / SWI/SNF complex / protein sumoylation / transcription coregulator activity / positive regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription repressor activity, RNA polymerase II-specific / nuclear matrix / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / negative regulation of neuron projection development / DNA-binding transcription factor binding / postsynapse / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / protein heterodimerization activity / positive regulation of gene expression / regulation of transcription by RNA polymerase II / protein kinase binding / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / protein homodimerization activity / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / nucleoplasm / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / BCL-11A-like CCHC zinc finger / : / C2H2 zinc finger / Zinc finger, C2H2 type / zinc finger / Zinc finger C2H2 type domain profile. / Zinc finger C2H2 superfamily / Zinc finger C2H2 type domain signature. / Zinc finger C2H2-type
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / BCL11 transcription factor A
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Li, F.D. / Yang, Y. / Shi, Y.Y.
引用ジャーナル: Cell Res. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the recognition of gamma-globin gene promoter by BCL11A.
著者: Yang, Y. / Xu, Z. / He, C. / Zhang, B. / Shi, Y. / Li, F.
履歴
登録2019年7月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年9月11日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年11月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)41,49911
ポリマ－41,1726
非ポリマー3275
水1,24369
1
A: B-cell lymphoma/leukemia 11A
C: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')
D: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7826
ポリマ－20,5863
非ポリマー1963
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2880 Å2
ΔGint-25 kcal/mol
Surface area9510 Å2
手法PISA
2
B: B-cell lymphoma/leukemia 11A
E: DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')
F: DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,7175
ポリマ－20,5863
非ポリマー1312
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area7580 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)59.555, 59.555, 213.367
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221

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要素

#1: タンパク質 B-cell lymphoma/leukemia 11A


分子量: 12644.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BCL11A, CTIP1, EVI9, KIAA1809, ZNF856 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9H165
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*AP*TP*AP*TP*TP*GP*GP*TP*CP*AP*AP*GP*G)-3')


分子量: 4030.646 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*CP*CP*TP*TP*GP*AP*CP*CP*AP*AP*TP*A)-3')


分子量: 3910.574 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト)
#4: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 69 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.64 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.2 M calcium acetate hydrate, 0.1 M sodium cacodylate trihydrate (pH6.5), 18% w/v polyethylene glycol 8,000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40 Å / Num. obs: 16230 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 8.7 % / Rmerge(I) obs: 0.083 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.089 / Χ2: 0.881 / Net I/σ(I): 9.1 / Num. measured all: 141021
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.5-2.547.80.9947570.7490.3661.0620.7299.9
2.54-2.597.90.8058030.8090.2930.8590.74199.5
2.59-2.648.50.6197910.8980.2160.6570.72999.6
2.64-2.698.50.5537850.9070.1930.5870.77399.5
2.69-2.758.30.4937880.9220.1750.5250.776100
2.75-2.828.60.3958000.9690.140.420.805100
2.82-2.898.50.3088010.9730.1090.3280.8100
2.89-2.968.70.2667940.9720.0940.2820.831100
2.96-3.058.60.2098030.9770.0740.2220.887100
3.05-3.158.50.1858000.9830.0670.1970.913100
3.15-3.268.30.1327870.9920.0480.141.095100
3.26-3.398.70.1088010.9950.0390.1151.145100
3.39-3.559.40.0918370.9940.0310.0961.118100
3.55-3.739.60.0848070.9960.0290.0881.092100
3.73-3.979.70.0798210.9960.0270.0831.076100
3.97-4.279.40.0688170.9960.0240.0730.973100
4.27-4.78.50.0628130.9960.0230.0660.882100
4.7-5.3890.0588400.9970.0210.0620.792100
5.38-6.789.40.0538550.9980.0180.0560.701100
6.78-407.90.0569300.9950.0220.060.67599.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.5→37.078 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.44
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2514 744 4.7 %
Rwork0.2067 --
obs0.2088 15839 99.06 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 173.53 Å2 / Biso mean: 60.9986 Å2 / Biso min: 13.31 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→37.078 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1051 1054 5 69 2179
Biso mean--55.38 39.62 -
残基数----185
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.5-2.6930.29521150.2549287496
2.693-2.96390.30151790.25852963100
2.9639-3.39250.26931370.21853003100
3.3925-4.27320.25011460.18453062100
4.2732-37.0780.21781670.18963193100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
16.9260.495-4.08821.8768-0.04653.73080.57941.11050.6959-0.4952-0.00050.307-0.2672-1.03310.25640.40070.1526-0.02630.2548-0.00270.3448-4.688854.6639-47.3663
25.3779-2.1617-3.3385.34480.00713.42120.1219-0.3263-0.01460.25970.01040.211-0.2714-0.1954-0.07950.1722-0.0385-0.05940.1865-0.07520.18841.255446.4783-42.8297
34.7578-3.53281.94253.1524-1.64684.58910.11970.0051-0.3768-0.43990.03720.2090.0775-0.0693-0.10280.1945-0.0058-0.05810.1229-0.05060.147615.017339.3962-42.1741
44.57621.0715-0.83976.2712-2.73611.87340.146-0.0859-0.5313-0.2852-0.319-1.06940.49050.76250.39670.25040.0786-0.04670.23820.02590.402127.879233.3053-36.6822
55.9161.5642-3.12724.8853-2.69663.53850.1581-0.53960.3630.5792-0.1761-0.7214-0.74690.90280.00660.3659-0.0488-0.12170.3122-0.08680.388926.704539.7377-29.6411
62.0112-1.08320.45793.6499-2.78742.22870.08980.30470.389-0.9354-0.48240.7889-1.3559-0.60540.19720.69550.2625-0.13080.4423-0.05970.46079.986645.6106-22.461
71.3665-0.78650.81563.9770.91981.0394-0.0364-1.1811-0.24541.09650.02050.1501-1.25511.2997-0.20180.95390.0310.04531.5175-0.13610.335615.9248.0691-3.3281
85.6289-0.75972.13421.8027-1.7563.5945-0.01410.35350.5737-0.1457-0.0948-0.27-0.21310.1549-0.10970.2687-0.00950.00080.1894-0.02180.285315.035751.4045-48.4806
94.69851.20381.51284.0721-0.5065.0097-0.01480.34830.6089-0.2003-0.0117-0.5313-0.5029-0.0380.16030.29810.0515-0.04390.2359-0.06830.401511.798850.7346-49.1629
104.6267-1.48911.21483.32080.34830.46510.1974-0.92190.26730.65680.39641.1517-1.0014-0.3378-0.42851.48140.48050.33880.82470.15350.73584.323444.8288-8.9399
112.12941.6905-1.14411.2957-0.90992.9428-0.4264-1.358-0.3160.98460.31180.7634-1.21660.05330.07831.15360.58430.13381.0340.20540.72193.273543.2977-6.5032
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 740 through 753 )A740 - 753
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 754 through 770 )A754 - 770
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 771 through 792 )A771 - 792
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 793 through 811 )A793 - 811
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 812 through 824 )A812 - 824
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 742 through 765 )B742 - 765
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 766 through 793 )B766 - 793
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 1 through 13 )C1 - 13
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'D' and (resid 1 through 13 )D1 - 13
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 1 through 13 )E1 - 13
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'F' and (resid 1 through 13 )F1 - 13

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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