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- PDB-6khx: Crystal structure of Prx from Akkermansia muciniphila -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6khx
タイトルCrystal structure of Prx from Akkermansia muciniphila
要素Peroxiredoxin
キーワードOXIDOREDUCTASE / Peroxiredoxins / Akkermansia muciniphila / Crystal structure / peroxidase activity
機能・相同性
機能・相同性情報


peroxiredoxin activity
類似検索 - 分子機能
Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily ...Peroxiredoxin, AhpC-type / Peroxiredoxin, C-terminal / C-terminal domain of 1-Cys peroxiredoxin / Alkyl hydroperoxide reductase subunit C/ Thiol specific antioxidant / AhpC/TSA family / Thioredoxin domain profile. / Thioredoxin domain / Glutaredoxin / Glutaredoxin / Thioredoxin-like superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
生物種Akkermansia muciniphila (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.58 Å
データ登録者Li, M. / Wang, J. / Xu, W. / Wang, Y. / Zhang, M. / Wang, M.
引用ジャーナル: Febs Lett. / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Akkermansia muciniphila peroxiredoxin reveals a novel regulatory mechanism of typical 2-Cys Prxs by a distinct loop.
著者: Li, M. / Wang, J. / Xu, W. / Wang, Y. / Zhang, M. / Wang, M.
履歴
登録2019年7月16日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年6月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peroxiredoxin
B: Peroxiredoxin
C: Peroxiredoxin
D: Peroxiredoxin
E: Peroxiredoxin
F: Peroxiredoxin
G: Peroxiredoxin
H: Peroxiredoxin
I: Peroxiredoxin
J: Peroxiredoxin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,53918
ポリマ－239,21910
非ポリマー3218
水11,187621
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area34250 Å2
ΔGint-280 kcal/mol
Surface area76220 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)132.733, 211.371, 92.802
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
21(chain B and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
31(chain C and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
41(chain D and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
51(chain E and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
61(chain F and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
71(chain G and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
81(chain H and resid 1 through 208)
91(chain I and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))
101(chain J and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11METMETGLUGLU(chain A and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))AA1 - 1201 - 120
12ASNASNLEULEU(chain A and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))AA127 - 208127 - 208
21METMETGLUGLU(chain B and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))BB1 - 1201 - 120
22ASNASNLEULEU(chain B and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))BB127 - 208127 - 208
31METMETGLUGLU(chain C and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))CC1 - 1201 - 120
32ASNASNLEULEU(chain C and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))CC127 - 208127 - 208
41METMETGLUGLU(chain D and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))DD1 - 1201 - 120
42ASNASNLEULEU(chain D and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))DD127 - 208127 - 208
51METMETGLUGLU(chain E and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))EE1 - 1201 - 120
52ASNASNLEULEU(chain E and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))EE127 - 208127 - 208
61METMETGLUGLU(chain F and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))FF1 - 1201 - 120
62ASNASNLEULEU(chain F and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))FF127 - 208127 - 208
71METMETGLUGLU(chain G and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))GG1 - 1201 - 120
72ASNASNLEULEU(chain G and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))GG127 - 208127 - 208
81METMETLEULEU(chain H and resid 1 through 208)HH1 - 2081 - 208
91METMETGLUGLU(chain I and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))II1 - 1201 - 120
92ASNASNLEULEU(chain I and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))II127 - 208127 - 208
101METMETGLUGLU(chain J and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))JJ1 - 1201 - 120
102ASNASNLEULEU(chain J and (resid 1 through 120 or resid 127 through 208))JJ127 - 208127 - 208

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要素

#1: タンパク質
Peroxiredoxin / Prx


分子量: 23921.850 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Akkermansia muciniphila (バクテリア)
遺伝子: CXU17_12910, CXU19_10505 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2N8HPY4
#2: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 621 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.72 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.8 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 0.1 M Sodium citrate pH 5.0, 0.06 M CaCl2, 30% MPD

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.58→50 Å / Num. obs: 81798 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 13.3 % / Rmerge(I) obs: 0.094 / Rpim(I) all: 0.027 / Rrim(I) all: 0.098 / Χ2: 0.962 / Net I/σ(I): 7.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.6-2.6913.31.00980920.880.2821.0490.85899.7
2.69-2.813.40.66680810.9410.1860.6920.8899.8
2.8-2.9313.40.45981310.9690.1290.4770.9199.9
2.93-3.0813.20.29481330.9840.0830.3060.96899.8
3.08-3.2812.60.280340.990.0580.2091.02698.6
3.28-3.5313.60.13881780.9950.0380.1431.08499.7
3.53-3.8813.90.10482100.9960.0290.1081.098100
3.88-4.4513.40.07982170.9970.0220.0821.0799.6
4.45-5.613.20.06781830.9970.0190.070.9498.4
5.6-50130.05785390.9970.0170.0590.78298.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-2000データ削減
MoRDa位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2I81

2i81


解像度: 2.58→49.095 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 22.81
Rfactor反射数%反射
Rfree0.218 3981 5.02 %
Rwork0.1768 --
obs0.179 79345 96.05 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 133.49 Å2 / Biso mean: 42.8824 Å2 / Biso min: 16.14 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.58→49.095 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16325 0 8 621 16954
Biso mean--76.89 37.82 -
残基数----2089
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
12B9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
13C9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
14D9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
15E9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
16F9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
17G9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
18H9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
19I9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
110J9629X-RAY DIFFRACTION8.004TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.58-2.61430.3404890.2482166961
2.6143-2.64740.31831200.2547221480
2.6474-2.68220.30771110.2362237786
2.6822-2.71890.27421310.2333249090
2.7189-2.75780.32651260.2442260194
2.7578-2.79890.30531240.2342268096
2.7989-2.84270.28931480.2329273299
2.8427-2.88930.30531810.2267275199
2.8893-2.93910.24971340.2252272199
2.9391-2.99250.29721470.21852799100
2.9925-3.05010.2741560.21272730100
3.0501-3.11230.25081290.20412804100
3.1123-3.180.22761260.2053276799
3.18-3.25390.2421350.2082270297
3.2539-3.33530.2731410.2158275999
3.3353-3.42550.28041560.20322800100
3.4255-3.52620.25051510.19112774100
3.5262-3.640.21671310.19182792100
3.64-3.77010.25041600.18182789100
3.7701-3.9210.18381440.16182814100
3.921-4.09930.17411550.1445277899
4.0993-4.31530.18181480.13982800100
4.3153-4.58550.19241400.12932830100
4.5855-4.93930.14761660.13270096
4.9393-5.43570.16911640.13272816100
5.4357-6.2210.18481550.16752858100
6.221-7.83260.18161580.16012885100
7.8326-490.16581550.1445293297

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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