[日本語] English
万見
- PDB-6kgy: HOCl-induced flavoprotein disulfide reductase RclA from Escherich... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kgy
タイトルHOCl-induced flavoprotein disulfide reductase RclA from Escherichia coli
要素Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
キーワードOXIDOREDUCTASE / Flavoprotein / hypochlorous acid / reductase / cysteine disulfide
機能・相同性
機能・相同性情報


response to hypochlorite / cupric reductase (NADH) activity / oxidoreductase activity, acting on a sulfur group of donors, NAD(P) as acceptor / oxidoreductase activity, acting on NAD(P)H / flavin adenine dinucleotide binding / protein homodimerization activity
類似検索 - 分子機能
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, class I, active site / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductases class-I active site. / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase, dimerisation domain / FAD/NAD-linked reductase, dimerisation domain superfamily / FAD/NAD(P)-binding domain / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region / Probable pyridine nucleotide-disulfide oxidoreductase RclA
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli BL21 (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Baek, Y. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2020
タイトル: Structure and function of the hypochlorous acid-induced flavoprotein RclA fromEscherichia coli.
著者: Baek, Y. / Kim, J. / Ahn, J. / Jo, I. / Hong, S. / Ryu, S. / Ha, N.C.
履歴
登録2019年7月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年2月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年2月12日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22020年3月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.32024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年4月3日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
B: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
C: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
D: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)199,39611
ポリマ－196,1474
非ポリマー3,2497
水46826
1
A: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
B: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,6805
ポリマ－98,0742
非ポリマー1,6073
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8100 Å2
ΔGint-62 kcal/mol
Surface area33600 Å2
手法PISA
2
C: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
D: Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)99,7166
ポリマ－98,0742
非ポリマー1,6424
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area7810 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area34090 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.455, 189.429, 95.422
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 107.324, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Pyridine nucleotide-disulphide oxidoreductase dimerisation region / Flavoprotein disulfide reductase


分子量: 49036.820 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
株: BL21(DE3) / 遺伝子: ECBD_3354 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A140ND83, UniProt: P77212*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-FAD / FLAVIN-ADENINE DINUCLEOTIDE / FAD


分子量: 785.550 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C27H33N9O15P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: FAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 26 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.59 %
結晶化温度: 289.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris HCl pH 5.8, 13% PEG 3350, 2 mM TCEP

-
データ収集

回折平均測定温度: 100.15 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年7月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 54340 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 5 % / Biso Wilson estimate: 43.62 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.117 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.109 / Χ2: 0.708 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 2.9→2.95 Å / 冗長度: 3.2 % / Rmerge(I) obs: 0.281 / Mean I/σ(I) obs: 4.21 / Num. unique obs: 2560 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.144 / Rrim(I) all: 0.287 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: sequence based de novo model (Galaxy Web server)

解像度: 2.9→40.37 Å / SU ML: 0.4122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.58 / 位相誤差: 27.3977
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2793 2010 3.72 %
Rwork0.233 --
obs0.2348 54069 96.43 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso mean: 39.43 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.9→40.37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数13495 0 215 26 13736
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.002613994
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.529319034
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0432204
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00312463
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.19829900
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9-2.940.30751000.25952710X-RAY DIFFRACTION70.43
2.94-3.020.35771480.26583611X-RAY DIFFRACTION93.41
3.02-3.110.31451520.24653660X-RAY DIFFRACTION96.09
3.11-3.210.281360.24483736X-RAY DIFFRACTION97.31
3.21-3.320.29141420.25283805X-RAY DIFFRACTION98.36
3.32-3.460.30041490.25333780X-RAY DIFFRACTION98.67
3.46-3.610.31781410.24283851X-RAY DIFFRACTION99.2
3.61-3.80.27981530.22933803X-RAY DIFFRACTION99
3.8-4.040.28281390.21753848X-RAY DIFFRACTION99.55
4.04-4.350.25011420.21533820X-RAY DIFFRACTION99.77
4.35-4.790.27511570.20913865X-RAY DIFFRACTION99.73
4.79-5.480.25231510.22363829X-RAY DIFFRACTION99.62
5.48-6.90.27891460.253865X-RAY DIFFRACTION99.9
6.9-40.370.24641540.22693876X-RAY DIFFRACTION98.85

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る