PDB-6kgd: Crystal structure of CaDoc0917(R49D)-CaCohA2 complex at pH 8.0

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6kgd

タイトル

Crystal structure of CaDoc0917(R49D)-CaCohA2 complex at pH 8.0

要素

And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain
Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain

キーワード

HYDROLASE / cohesin / dockerin / cellulosome / calcium-binding

機能・相同性

機能・相同性情報

cellulose binding / polysaccharide catabolic process / cellulose catabolic process / hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Feng, Y. / Yao, X.

資金援助

中国, 2件

引用

ジャーナル: Sci Adv / 年: 2020
タイトル: Discovery and mechanism of a pH-dependent dual-binding-site switch in the interaction of a pair of protein modules.
著者: Yao, X. / Chen, C. / Wang, Y. / Dong, S. / Liu, Y.J. / Li, Y. / Cui, Z. / Gong, W. / Perrett, S. / Yao, L. / Lamed, R. / Bayer, E.A. / Cui, Q. / Feng, Y.

履歴

登録	2019年7月11日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年11月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6kgd.cif.gz	135 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6kgd.ent.gz	104.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6kgd.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6kgd_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6kgd_full_validation.pdf.gz	1.3 MB	表示
XML形式データ	6kgd_validation.xml.gz	12.4 KB	表示
CIF形式データ	6kgd_validation.cif.gz	18.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgd ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kg/6kgd	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6kg8C 6kg9C 6kgcC 6kgeC 6kgfC 1ohzS C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kge-1 6kge-2 5xgr-4 3a5p-2 1fap-d 3nts-2 3kaw-1 6kgc-d 6kgf-1 6f0f-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (3) #74 - 2006年2月 α-アミラーゼ (alpha-Amylase) 類似性 (2)

登録構造単位

A: Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain

B: And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain

ヘテロ分子

22.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	31.110, 62.500, 100.320
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Probably cellulosomal scaffolding protein, secreted cellulose-binding and cohesin domain 分子量: 15624.421 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア) 株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0910 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q977Y4
#2: タンパク質	And cellulose-binding endoglucanase family 9 CelL ortholog dockerin domain 分子量: 6584.346 Da / 分子数: 1 / Mutation: R49D / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Clostridium acetobutylicum ATCC 824 (バクテリア) 株: ATCC 824 / 遺伝子: CA_C0917 / プラスミド: pET28a-SMT3 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / Variant (発現宿主): Rosetta / 参照: UniProt: Q97KK2
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 275 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.18 %
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M sodium acetate, 0.1 M Tris-HCl, and 30% (w/v) PEG4000 at pH 8.0

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

SSRF

/ ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å

検出器

タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月3日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97915 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.65→39.119 Å / Num. obs: 44604 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 3.514 % / B_iso Wilson estimate: 14.19 Å² / CC_1/2: 0.978 / R_merge(I) obs: 0.125 / R_rim(I) all: 0.147 / Χ²: 1.024 / Net I/σ(I): 7.9 / Num. measured all: 156729

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
1.65-1.69	2.251	0.196	3.9	7170	3348	3185	0.914	0.251	95.1
1.69-1.74	2.645	0.189	4.54	8600	3289	3251	0.929	0.236	98.8
1.74-1.79	3.486	0.185	5.78	11130	3195	3193	0.95	0.219	99.9
1.79-1.84	3.797	0.169	6.75	11776	3103	3101	0.959	0.197	99.9
1.84-1.91	3.772	0.164	7.2	11263	2990	2986	0.955	0.191	99.9
1.91-1.97	3.775	0.152	7.77	10945	2903	2899	0.963	0.177	99.9
1.97-2.05	3.774	0.146	8.37	10586	2810	2805	0.963	0.171	99.8
2.05-2.13	3.775	0.137	8.71	10073	2670	2668	0.965	0.16	99.9
2.13-2.22	3.776	0.136	8.97	9881	2620	2617	0.971	0.158	99.9
2.22-2.33	3.768	0.134	9.18	9153	2431	2429	0.964	0.156	99.9
2.33-2.46	3.755	0.13	9.26	8836	2356	2353	0.965	0.152	99.9
2.46-2.61	3.78	0.131	9.56	8490	2249	2246	0.965	0.152	99.9
2.61-2.79	3.765	0.127	9.68	7835	2083	2081	0.97	0.148	99.9
2.79-3.01	3.749	0.124	9.93	7202	1922	1921	0.972	0.145	99.9
3.01-3.3	3.693	0.117	9.98	6643	1803	1799	0.968	0.137	99.8
3.3-3.69	3.571	0.115	9.94	5739	1625	1607	0.962	0.137	98.9
3.69-4.26	3.428	0.108	9.77	4638	1408	1353	0.963	0.128	96.1
4.26-5.22	3.168	0.107	9.37	3387	1224	1069	0.957	0.129	87.3
5.22-7.38	3.313	0.104	9.57	2680	920	809	0.958	0.125	87.9
7.38-39.119	3.026	0.097	8.99	702	508	232	0.97	0.117	45.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
XSCALE		データスケーリング
PHENIX	(1.13_2998: ???)	精密化
PHASER		位相決定
XDS		データ削減
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1OHZ

1ohz

解像度: 1.65→39.119 Å / SU ML: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.41 / 位相誤差: 15.93
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1881	3722	8.34 %
R_work	0.1516	-	-
obs	0.1545	44604	98.1 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 101.69 Å² / B_iso mean: 23.4857 Å² / B_iso min: 7.41 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.65→39.119 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1493	0	2	275	1770
B_iso mean	-	-	17.04	34.68	-
残基数	-	-	-	-	203

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	% reflection obs (%)
1.65-1.6708	0.2344	132	0.186	1399	92
1.6708-1.6927	0.2069	136	0.1877	1517	97
1.6927-1.7159	0.2589	137	0.1776	1527	98
1.7159-1.7404	0.2222	143	0.167	1540	100
1.7404-1.7664	0.1637	134	0.1566	1504	100
1.7664-1.794	0.1529	145	0.1483	1569	100
1.794-1.8234	0.1985	141	0.1539	1549	100
1.8234-1.8549	0.1907	139	0.1589	1532	100
1.8549-1.8886	0.1946	142	0.1658	1521	100
1.8886-1.9249	0.2087	142	0.1541	1561	100
1.9249-1.9642	0.1839	137	0.1606	1533	100
1.9642-2.0069	0.2212	144	0.1455	1549	100
2.0069-2.0536	0.2022	138	0.1548	1543	100
2.0536-2.105	0.212	146	0.1507	1552	100
2.105-2.1619	0.1594	140	0.1548	1503	100
2.1619-2.2255	0.2219	145	0.1495	1591	100
2.2255-2.2973	0.1602	137	0.144	1494	100
2.2973-2.3794	0.1532	140	0.1387	1573	100
2.3794-2.4747	0.1785	142	0.1359	1530	100
2.4747-2.5873	0.1676	136	0.1403	1570	100
2.5873-2.7236	0.2063	139	0.1436	1519	100
2.7236-2.8942	0.1885	139	0.1523	1539	100
2.8942-3.1176	0.2091	143	0.1521	1561	100
3.1176-3.4312	0.1857	136	0.1515	1538	99
3.4312-3.9273	0.1739	138	0.1422	1523	99
3.9273-4.9464	0.144	127	0.1311	1398	91
4.9464-39.119	0.2387	104	0.1979	1147	74

精密化 TLS

手法: refined / Origin x: 4.2389 Å / Origin y: -0.3016 Å / Origin z: -30.088 Å

	11	12	13	21	22	23	31	32	33
T	0.0798 Å²	0.0036 Å²	0.0087 Å²	-	0.0813 Å²	-0.0125 Å²	-	-	0.0903 Å²
L	0.4042 °²	0.162 °²	0.4027 °²	-	0.2665 °²	0.0862 °²	-	-	0.706 °²
S	-0.0112 Å °	0.0051 Å °	-0.0259 Å °	-0.0397 Å °	0.0125 Å °	0.0002 Å °	-0.0453 Å °	-0.005 Å °	-0.0006 Å °

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	1 - 146
2	X-RAY DIFFRACTION	1	all	A	147 - 389
3	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	5 - 61
4	X-RAY DIFFRACTION	1	all	B	62 - 118

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)