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万見
- PDB-6kfd: Hydroxynitrile lyase from the millipede, Chamberlinius hualienens... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kfd
タイトルHydroxynitrile lyase from the millipede, Chamberlinius hualienensis, complexed with iodoacetate
要素Hydroxynitrile lyase
キーワードLYASE / Hydroxynitrile lyase / lipocalin fold / four disulfide bonds / dimer
機能・相同性Ricin B-like lectins / lyase activity / iodoacetic acid / Hydroxynitrile lyase
機能・相同性情報
生物種Chamberlinius hualienensis (節足動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.55 Å
データ登録者Motojima, F. / Izumi, A. / Asano, Y.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Japan Science and TechnologyJPMJER1102 日本
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2021
タイトル: R-hydroxynitrile lyase from the cyanogenic millipede, Chamberlinius hualienensis-A new entry to the carrier protein family Lipocalines.
著者: Motojima, F. / Izumi, A. / Nuylert, A. / Zhai, Z. / Dadashipour, M. / Shichida, S. / Yamaguchi, T. / Nakano, S. / Asano, Y.
履歴
登録2019年7月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _entity.pdbx_description ..._chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22021年6月23日Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: chem_comp / citation / citation_author
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)18,8704
ポリマ－18,2411
非ポリマー6283
水4,161231
1
A: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子

A: Hydroxynitrile lyase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,7398
ポリマ－36,4832
非ポリマー1,2576
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation10_444-y-1,-x-1,-z-1/61
Buried area4210 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area14390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.091, 58.091, 225.456
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number178
Space group name H-MP6122

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要素

#1: タンパク質 Hydroxynitrile lyase


分子量: 18241.252 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Chamberlinius hualienensis (節足動物) / 参照: UniProt: A0A0H5BR52
#2: 化合物 ChemComp-04E / iodoacetic acid / ヨ-ド酢酸


分子量: 185.948 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H3IO2
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.83 % / 解説: bipyramid
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M sodium acetate (pH 5.0), 28-32% (w/v) PEG monomethyl ether 2000, 0.3 M NDSB-195

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: N2 / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-1A / 波長: 1.1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 4M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年11月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.55→50.31 Å / Num. obs: 34029 / % possible obs: 100 % / Observed criterion σ(I): 3 / 冗長度: 17.9 % / Biso Wilson estimate: 18.6 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.066 / Rpim(I) all: 0.022 / Rrim(I) all: 0.069 / Rsym value: 0.066 / Net I/σ(I): 25.1
反射 シェル解像度: 1.55→1.63 Å / 冗長度: 16.6 % / Rmerge(I) obs: 0.624 / Mean I/σ(I) obs: 4.2 / Num. unique obs: 4822 / CC1/2: 0.956 / Rpim(I) all: 0.223 / Rrim(I) all: 0.663 / Rsym value: 0.624 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDS0.48データ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP11.2.08位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6KFA

6kfa


解像度: 1.55→50.31 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.967 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.962 / SU B: 1.036 / SU ML: 0.038 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.064 / ESU R Free: 0.062 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.17891 1721 5.1 %RANDOM
Rwork0.16468 ---
obs0.16545 32191 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 18.592 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20.23 Å20 Å2
2--0.46 Å20 Å2
3----1.5 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.55→50.31 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1280 0 33 231 1544
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0191390
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021176
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2751.9611904
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.89732766
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5025171
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.12425.52267
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.06115215
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg9.057153
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2206
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0211571
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02270
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6941.668666
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.6931.668665
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.152.503837
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.1492.503838
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.3521.919724
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.3511.924725
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.1662.8311066
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.45722.2821595
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.05920.9151527
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.55→1.59 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.237 130 -
Rwork0.24 2288 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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