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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kf9 | |||||||||||||||
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タイトル | Cryo-EM structure of Thermococcus kodakarensis RNA polymerase | |||||||||||||||
要素 |
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キーワード | TRANSCRIPTION / apo-RNA polymerase | |||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity ...transcription open complex formation at RNA polymerase II promoter / transcription initiation at RNA polymerase III promoter / RNA polymerase III activity / tRNA transcription by RNA polymerase III / RNA polymerase I activity / DNA-directed RNA polymerase complex / RNA polymerase II activity / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed 5'-3' RNA polymerase activity / DNA-directed RNA polymerase / protein dimerization activity / nucleotide binding / DNA-templated transcription / regulation of DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||
生物種 | Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) | |||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.79 Å | |||||||||||||||
データ登録者 | Jun, S.-H. / Hyun, J. / Jeong, H. / Cha, J.S. / Kim, H. / Bartlett, M.S. / Cho, H.-S. / Murakami, K.S. | |||||||||||||||
資金援助 | 韓国, 米国, 4件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2020 タイトル: Direct binding of TFEα opens DNA binding cleft of RNA polymerase. 著者: Sung-Hoon Jun / Jaekyung Hyun / Jeong Seok Cha / Hoyoung Kim / Michael S Bartlett / Hyun-Soo Cho / Katsuhiko S Murakami / 要旨: Opening of the DNA binding cleft of cellular RNA polymerase (RNAP) is necessary for transcription initiation but the underlying molecular mechanism is not known. Here, we report on the cryo-electron ...Opening of the DNA binding cleft of cellular RNA polymerase (RNAP) is necessary for transcription initiation but the underlying molecular mechanism is not known. Here, we report on the cryo-electron microscopy structures of the RNAP, RNAP-TFEα binary, and RNAP-TFEα-promoter DNA ternary complexes from archaea, Thermococcus kodakarensis (Tko). The structures reveal that TFEα bridges the RNAP clamp and stalk domains to open the DNA binding cleft. Positioning of promoter DNA into the cleft closes it while maintaining the TFEα interactions with the RNAP mobile modules. The structures and photo-crosslinking results also suggest that the conserved aromatic residue in the extended winged-helix domain of TFEα interacts with promoter DNA to stabilize the transcription bubble. This study provides a structural basis for the functions of TFEα and elucidates the mechanism by which the DNA binding cleft is opened during transcription initiation in the stalk-containing RNAPs, including archaeal and eukaryotic RNAPs. | |||||||||||||||
履歴 |
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-構造の表示
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kf9.cif.gz | 637.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kf9.ent.gz | 508.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kf9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6kf9_validation.pdf.gz | 1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6kf9_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 6kf9_validation.xml.gz | 96.4 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6kf9_validation.cif.gz | 147.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kf/6kf9 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-タンパク質 , 2種, 2分子 AG
#1: タンパク質 | 分子量: 103038.633 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JE33, DNA-directed RNA polymerase |
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#12: タンパク質 | 分子量: 22088.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: TK2024 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JDD5 |
-DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 8種, 8分子 BCDHKLNP
#2: タンパク質 | 分子量: 127468.039 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JE32, DNA-directed RNA polymerase |
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#3: タンパク質 | 分子量: 43727.410 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JE34, DNA-directed RNA polymerase |
#4: タンパク質 | 分子量: 29429.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JJF4, DNA-directed RNA polymerase |
#7: タンパク質 | 分子量: 9522.031 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JE31, DNA-directed RNA polymerase |
#8: タンパク質 | 分子量: 6286.519 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JJD0, DNA-directed RNA polymerase |
#9: タンパク質 | 分子量: 11013.504 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JE88, DNA-directed RNA polymerase |
#10: タンパク質 | 分子量: 7601.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JJC9, DNA-directed RNA polymerase |
#11: タンパク質・ペプチド | 分子量: 5553.708 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) / 株: KOD1 / 参照: UniProt: Q5JDM8, DNA-directed RNA polymerase |
-DNA-directed RNA polymerase, subunit ... , 2種, 2分子 EF
#5: タンパク質 | 分子量: 21893.438 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: TK1699 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JIY4 |
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#6: タンパク質 | 分子量: 14519.659 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) 株: KOD1 / 遺伝子: TK0901 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JI52 |
-DNA鎖 , 2種, 2分子 XY
#13: DNA鎖 | 分子量: 4834.142 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) |
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#14: DNA鎖 | 分子量: 8245.336 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) |
-非ポリマー , 2種, 7分子
#15: 化合物 | ChemComp-MG / |
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#16: 化合物 | ChemComp-ZN / |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | N |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: ternary complex of RNA polymerase, TFE, and promoter DNA タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#14 / 由来: MULTIPLE SOURCES |
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由来(天然) | 生物種: Thermococcus kodakarensis KOD1 (古細菌) |
由来(組換発現) | 生物種: Escherichia coli BL21 (大腸菌) / 株: BL21 |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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3次元再構成 | 解像度: 3.79 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 312092 / 対称性のタイプ: POINT |