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データを開く
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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kf7 | ||||||
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タイトル | Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant S285G | ||||||
![]() | Lipase | ||||||
![]() | HYDROLASE / Esterase / Microbial Hormone-sensitive lipase | ||||||
機能・相同性 | ![]() | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Xiaochen, Y. / Zhengyang, L. / Xuewei, X. / Jixi, L. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Microbial Hormone-sensitive lipase E53 mutant S285G 著者: Xiaochen, Y. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 339.3 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 219.9 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 1.8 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 62.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 92.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4ypvS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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3 | ![]()
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4 | ![]()
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD
#1: タンパク質 | 分子量: 33128.703 Da / 分子数: 4 / 変異: S285G / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: EH31_02760 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: A0A074MDU6 |
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-非ポリマー , 8種, 1448分子 ![](data/chem/img/D8F.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/6NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/NPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/EDO.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/6NA.gif)
![](data/chem/img/PGE.gif)
![](data/chem/img/NPO.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | ChemComp-D8F / ( #3: 化合物 | #4: 化合物 | ChemComp-EDO / #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 化合物 | #7: 化合物 | ChemComp-PGE / | #8: 化合物 | ChemComp-NPO / | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.62 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: Calcium chloride, Bis-Tris, PEG MME 550, pH 6.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2017年5月1日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97916 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→48.53 Å / Num. obs: 186934 / % possible obs: 99.62 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 24.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.119 / Net I/σ(I): 21.756 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.86 Å / Rmerge(I) obs: 0.548 / Num. unique obs: 18389 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4YPV 解像度: 1.8→48.53 Å / SU ML: 0.1754 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.9413
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 28.49 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→48.53 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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