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- PDB-6kez: Crystal structure of GAPDH/CP12/PRK complex from Arabidopsis thaliana -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kez
タイトルCrystal structure of GAPDH/CP12/PRK complex from Arabidopsis thaliana
要素
  • Calvin cycle protein CP12-2
  • Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
  • Phosphoribulokinase
キーワードOXIDOREDUCTASE/TRANSFERASE/PROTEIN BINDING / glyceraldehyde-2-phosphate dehydrogenase / phosphoribulokinase / CP12 chloroplast / OXIDOREDUCTASE-TRANSFERASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide cross-linking via L-cystine / phosphoribulokinase / phosphoribulokinase activity / supramolecular complex / negative regulation of reductive pentose-phosphate cycle / cellular response to anoxia / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / stromule / salicylic acid binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity ...peptide cross-linking via L-cystine / phosphoribulokinase / phosphoribulokinase activity / supramolecular complex / negative regulation of reductive pentose-phosphate cycle / cellular response to anoxia / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) / stromule / salicylic acid binding / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating) activity / chloroplast membrane / response to sucrose / apoplast / reductive pentose-phosphate cycle / glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NAD+) (phosphorylating) activity / chloroplast envelope / thylakoid / cellular response to cold / chloroplast stroma / chloroplast thylakoid membrane / nickel cation binding / response to light stimulus / response to cold / chloroplast / glucose metabolic process / disordered domain specific binding / NAD binding / NADP binding / cellular response to heat / protein-macromolecule adaptor activity / protein-containing complex assembly / protein homotetramerization / copper ion binding / mRNA binding / protein-containing complex binding / enzyme binding / protein homodimerization activity / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
Phosphoribulokinase signature. / Phosphoribulokinase / Calvin cycle protein CP12-like / CP12 domain / CP12 domain / CP12 / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site ...Phosphoribulokinase signature. / Phosphoribulokinase / Calvin cycle protein CP12-like / CP12 domain / CP12 domain / CP12 / Phosphoribulokinase/uridine kinase / Phosphoribulokinase / Uridine kinase family / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase, type I / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, active site / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase active site. / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD(P) binding domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, catalytic domain / Glyceraldehyde/Erythrose phosphate dehydrogenase family / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, C-terminal domain / Glyceraldehyde 3-phosphate dehydrogenase, NAD binding domain / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / Dihydrodipicolinate Reductase; domain 2 / NAD(P)-binding domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Phosphoribulokinase, chloroplastic / Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1, chloroplastic / Calvin cycle protein CP12-2, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.5 Å
データ登録者Yu, A. / Xie, Y. / Li, M.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31770778 中国
引用ジャーナル: Plant Cell / 年: 2020
タイトル: Photosynthetic Phosphoribulokinase Structures: Enzymatic Mechanisms and the Redox Regulation of the Calvin-Benson-Bassham Cycle.
著者: Yu, A. / Xie, Y. / Pan, X. / Zhang, H. / Cao, P. / Su, X. / Chang, W. / Li, M.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年5月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月20日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年11月6日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
I: Phosphoribulokinase
K: Phosphoribulokinase
J: Phosphoribulokinase
L: Phosphoribulokinase
M: Calvin cycle protein CP12-2
N: Calvin cycle protein CP12-2
O: Calvin cycle protein CP12-2
P: Calvin cycle protein CP12-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)490,27724
ポリマ－484,96916
非ポリマー5,3078
水66737
1
A: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
B: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
C: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
D: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
I: Phosphoribulokinase
K: Phosphoribulokinase
O: Calvin cycle protein CP12-2
P: Calvin cycle protein CP12-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,13812
ポリマ－242,4858
非ポリマー2,6544
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30620 Å2
ΔGint-179 kcal/mol
Surface area78620 Å2
手法PISA
2
E: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
F: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
G: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
H: Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1
J: Phosphoribulokinase
L: Phosphoribulokinase
M: Calvin cycle protein CP12-2
N: Calvin cycle protein CP12-2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)245,13812
ポリマ－242,4858
非ポリマー2,6544
水905
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area30750 Å2
ΔGint-169 kcal/mol
Surface area80250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)92.813, 204.734, 157.036
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.880, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

-
要素

#1: タンパク質
Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase GAPA1 / GAPDH / NADP-dependent glyceraldehydephosphate dehydrogenase A subunit 1


分子量: 36592.750 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: GAPA1, GAPA, At3g26650, MLJ15.4, MLJ15_5 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P25856, glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (NADP+) (phosphorylating)
#2: タンパク質
Phosphoribulokinase / PRKase / Phosphopentokinase


分子量: 39514.785 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At1g32060, T12O21.4 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P25697, phosphoribulokinase
#3: タンパク質
Calvin cycle protein CP12-2 / CP12 domain-containing protein 2 / Chloroplast protein 12-2


分子量: 8542.076 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: CP12-2, At3g62410, T12C14.110 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LZP9
#4: 化合物
ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: NAD*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 37 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.97 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM HEPES, pH7.5, 100mM KCl, 15% polyethylene glycol 6000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.5→50 Å / Num. obs: 68615 / % possible obs: 97.8 % / 冗長度: 3.3 % / Biso Wilson estimate: 55.99606247 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Net I/σ(I): 7.56
反射 シェル解像度: 3.5→3.56 Å / Rmerge(I) obs: 0.554 / Num. unique obs: 3452

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.12_2829精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3RVD, 6KEW

3rvd

6kew


解像度: 3.5→50 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2868 --
Rwork0.2465 --
obs-63151 87.32 %
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.5→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数33437 0 352 37 33826
LS精密化 シェル解像度: 3.497→3.622 Å /
反射数%反射
obs2386 33.97 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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