[日本語] English
万見
- PDB-6key: Structural basis for the regulation of inducible nitric oxide syn... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6key
タイトルStructural basis for the regulation of inducible nitric oxide synthase (iNOS) by the SPRY domain-containing SOCS box protein 2 (SPSB2)
要素
  • Nitric oxide synthase, inducible
  • SPRY domain-containing SOCS box protein 2
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / SPRY domain-containing SOCS box protein / SPSB2 / inducible nitric oxide synthase / iNOS / E3 ubiquitin ligase / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / Inhibition of nitric oxide production / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of cellular respiration / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / prostaglandin secretion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / SCF ubiquitin ligase complex ...positive regulation of leukocyte mediated cytotoxicity / Inhibition of nitric oxide production / peptidyl-cysteine S-nitrosylation / regulation of cellular respiration / Nitric oxide stimulates guanylate cyclase / prostaglandin secretion / ROS and RNS production in phagocytes / tetrahydrobiopterin binding / arginine binding / SCF ubiquitin ligase complex / superoxide metabolic process / cortical cytoskeleton / regulation of cytokine production involved in inflammatory response / Fc-gamma receptor signaling pathway involved in phagocytosis / peroxisomal matrix / nitric oxide mediated signal transduction / nitric-oxide synthase (NADPH) / nitric-oxide synthase activity / ubiquitin-like ligase-substrate adaptor activity / L-arginine catabolic process / response to hormone / negative regulation of blood pressure / nitric oxide biosynthetic process / regulation of insulin secretion / cell redox homeostasis / Peroxisomal protein import / innate immune response in mucosa / positive regulation of interleukin-8 production / response to bacterium / negative regulation of protein catabolic process / cellular response to type II interferon / positive regulation of interleukin-6 production / circadian rhythm / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / cellular response to xenobiotic stimulus / peroxisome / FMN binding / flavin adenine dinucleotide binding / NADP binding / Neddylation / regulation of cell population proliferation / cellular response to lipopolysaccharide / ubiquitin-dependent protein catabolic process / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / defense response to Gram-negative bacterium / response to lipopolysaccharide / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / response to hypoxia / calmodulin binding / protein ubiquitination / intracellular signal transduction / defense response to bacterium / inflammatory response / negative regulation of gene expression / heme binding / perinuclear region of cytoplasm / protein homodimerization activity / nucleoplasm / metal ion binding / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain ...SSB2, SOCS box domain / : / suppressors of cytokine signalling / SOCS box / SOCS box-like domain superfamily / SOCS box domain / SOCS box domain profile. / SOCS_box / SPRY domain / B30.2/SPRY domain / B30.2/SPRY domain profile. / B30.2/SPRY domain superfamily / Domain in SPla and the RYanodine Receptor. / SPRY domain / Nitric-oxide synthase, eukaryote / Nitric oxide synthase, N-terminal / Nitric oxide synthase, N-terminal domain superfamily / Nitric oxide synthase, domain 2 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 1 superfamily / Nitric oxide synthase, domain 3 superfamily / : / Nitric oxide synthase, oxygenase domain / Nitric oxide synthase (NOS) signature. / Sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component-like, FAD-binding / NADPH-cytochrome p450 reductase, FAD-binding, alpha-helical domain superfamily / FAD binding domain / Flavodoxin-like / Flavoprotein pyridine nucleotide cytochrome reductase / Flavodoxin / Flavodoxin-like domain profile. / Flavodoxin/nitric oxide synthase / Oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding / Oxidoreductase NAD-binding domain / FAD-binding domain, ferredoxin reductase-type / Ferredoxin-NADP reductase (FNR), nucleotide-binding domain / Ferredoxin reductase-type FAD binding domain profile. / Riboflavin synthase-like beta-barrel / Flavoprotein-like superfamily / Concanavalin A-like lectin/glucanase domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Nitric oxide synthase, inducible / SPRY domain-containing SOCS box protein 2
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.24 Å
データ登録者Li, K. / Kuang, Z.
資金援助 中国, 3件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31270817 中国
National Natural Science Foundation of China81571539 中国
Ministry of Education (China)21617443 中国
引用ジャーナル: Nitric Oxide / 年: 2021
タイトル: Structural basis for the regulation of inducible nitric oxide synthase by the SPRY domain-containing SOCS box protein SPSB2, an E3 ubiquitin ligase.
著者: Li, K. / You, T. / Zhao, P. / Luo, Y. / Zhang, D. / Wei, H. / Wang, Y. / Yang, J. / Guan, X. / Kuang, Z.
履歴
登録2019年7月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年7月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年7月28日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: SPRY domain-containing SOCS box protein 2
B: Nitric oxide synthase, inducible


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,9722
ポリマ－23,9722
非ポリマー00
水2,198122
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area700 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area9640 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)40.240, 64.080, 70.730
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

#1: タンパク質 SPRY domain-containing SOCS box protein 2 / SSB-2


分子量: 22896.604 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SPSB2, GRCC9, SSB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q99619
#2: タンパク質・ペプチド Nitric oxide synthase, inducible / Hepatocyte NOS / HEP-NOS / Inducible NO synthase / iNOS / NOS type II / Peptidyl-cysteine S-nitrosylase NOS2


分子量: 1075.173 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P35228, nitric-oxide synthase (NADPH)
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 122 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.01 Å3/Da / 溶媒含有率: 38.66 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M Sodium chloride, 0.1M BIS-TRIS pH5.5, 25% w/v Polyethylene glycol 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.9778 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9778 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.24→64.08 Å / Num. obs: 52182 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6.6 % / CC1/2: 0.995 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.04 / Rrim(I) all: 0.11 / Net I/σ(I): 10 / Num. measured all: 346278 / Scaling rejects: 492
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.24-1.266.60.3421763026620.9390.1410.3724.498.7
6.65-64.088.20.08630253700.9950.0310.09119.493.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0230精密化
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
iMOSFLMデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 1.24→35 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.938 / SU B: 0.639 / SU ML: 0.029 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.047 / ESU R Free: 0.048
詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I/F_MINUS AND I/F_PLUS COLUMNS. HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2043 2553 4.9 %RANDOM
Rwork0.1843 ---
obs0.1853 49579 97.95 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 37.35 Å2 / Biso mean: 9.098 Å2 / Biso min: 3.23 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.17 Å20 Å2-0 Å2
2---0.67 Å2-0 Å2
3---0.85 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.24→35 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1602 0 0 122 1724
Biso mean---15.88 -
残基数----208
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0140.0141642
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0171427
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8081.6582227
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.051.6333359
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.3745206
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09421.18393
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.06715256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9681515
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0940.2193
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.021897
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02299
LS精密化 シェル解像度: 1.24→1.267 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.221 166 -
Rwork0.203 3638 -
obs--98.35 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る