PDB-6keu: Wildtype E53, a microbial HSL esterase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6keu

タイトル

Wildtype E53, a microbial HSL esterase

要素

Lipase

キーワード

HYDROLASE / esterase / Hormone-sensitive lipase

機能・相同性

機能・相同性情報

hydrolase activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Erythrobacter longus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.99 Å

データ登録者

Yang, X.C. / Li, Z.Y. / Xu, X.W. / Li, J.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Wildtype E53, a microbial HSL esterase
著者: Yang, X.C. / Yingyi, H. / Li, Z.Y. / Shuling, J. / Zhen, R. / Zhao, W. / Henglin, C. / Li, J.X. / Xu, X.W.

履歴

登録	2019年7月5日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2020年7月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6keu.cif.gz	340.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6keu.ent.gz	219.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6keu.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6keu_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6keu_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	6keu_validation.xml.gz	61.6 KB	表示
CIF形式データ	6keu_validation.cif.gz	93.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6keu ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ke/6keu	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4ypvS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6kf7-d 6kf5-d 6kf1-d 4hwk-d 7c61-d 6cp0-d 3t7t-d 3pnm-d 6v28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Lipase

B: Lipase

C: Lipase

D: Lipase

ヘテロ分子

134 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	70.605, 129.888, 221.239
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁
Space group name Hall	P22ab(y,z,x)
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: x+1/2,-y,-z+1/2 #3: -x,y,-z #4: -x+1/2,-y,z+1/2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-803- HOH
2	1	D-839- HOH

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質	Lipase 分子量: 32811.344 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Erythrobacter longus (バクテリア) / 参照: UniProt: A0A074MDU6

-
非ポリマー , 6種, 1564分子

#2: 化合物	ChemComp-D8F / (4-nitrophenyl) hexanoate 分子量: 237.252 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₂H₁₅NO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#4: 化合物	ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル分子量: 62.068 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆O₂
#5: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#6: 化合物	ChemComp-6NA / HEXANOIC ACID / ヘキサン酸分子量: 116.158 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₂O₂
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 1534 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.9 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.43 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG MME550, Bis-Tris, Calcium chloride

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U1 / 波長: 0.97915 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月24日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.99→47.8 Å / Num. obs: 139433 / % possible obs: 99.79 % / 冗長度: 1.92 % / B_iso Wilson estimate: 24.82 Å² / R_merge(I) obs: 0.071 / Net I/σ(I): 27.42
反射シェル	解像度: 1.99→2.06 Å / R_merge(I) obs: 0.322 / Num. unique obs: 13627

-
解析

ソフトウェア

名称	分類
PHENIX	精密化
XDS	データ削減
XDS	データスケーリング
MR-Rosetta	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4YPV

4ypv

解像度: 1.99→42.49 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1794	6865	1.43 %
R_work	0.156	-	-
obs	0.1562	139423	99.8 %

原子変位パラメータ

B_iso mean: 29.35 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.99→42.49 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	9140	0	184	1534	10858

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0067	9502
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8249	12920
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0525	1476
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0063	1705
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	7.3759	5708

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.99-2.02	0.2118	138	0.1849	9469	X-RAY DIFFRACTION	99.52
2.02-2.04	0.2055	143	0.1856	9701	X-RAY DIFFRACTION	100
2.04-2.07	0.2258	140	0.181	9910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.07-2.1	0.2066	142	0.1787	9749	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.1-2.13	0.2844	143	0.1774	9861	X-RAY DIFFRACTION	99.97
2.13-2.17	0.1767	142	0.1714	9719	X-RAY DIFFRACTION	99.98
2.17-2.2	0.1784	149	0.1696	9919	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.2-2.24	0.2276	140	0.1623	9744	X-RAY DIFFRACTION	100
2.24-2.28	0.1661	140	0.1594	9901	X-RAY DIFFRACTION	100
2.28-2.32	0.1975	138	0.1595	9728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.32-2.37	0.1861	142	0.1615	9838	X-RAY DIFFRACTION	99.99
2.37-2.42	0.199	146	0.168	9835	X-RAY DIFFRACTION	100
2.42-2.48	0.2083	142	0.1692	9741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.48-2.54	0.189	142	0.1667	9881	X-RAY DIFFRACTION	100
2.54-2.61	0.2069	140	0.1665	9812	X-RAY DIFFRACTION	100
2.61-2.69	0.2017	140	0.1662	9801	X-RAY DIFFRACTION	100
2.69-2.77	0.2115	138	0.1663	9784	X-RAY DIFFRACTION	100
2.77-2.87	0.2072	145	0.169	9810	X-RAY DIFFRACTION	100
2.87-2.99	0.1886	145	0.1708	9830	X-RAY DIFFRACTION	100
2.99-3.12	0.1853	139	0.1707	9777	X-RAY DIFFRACTION	99.96
3.12-3.29	0.1844	143	0.166	9858	X-RAY DIFFRACTION	99.98
3.29-3.49	0.1707	141	0.1536	9813	X-RAY DIFFRACTION	100
3.49-3.76	0.1848	142	0.1453	9791	X-RAY DIFFRACTION	100
3.76-4.14	0.1464	144	0.132	9852	X-RAY DIFFRACTION	100
4.14-4.74	0.1263	145	0.1161	9798	X-RAY DIFFRACTION	100
4.74-5.97	0.145	142	0.142	9836	X-RAY DIFFRACTION	100
5.97-42.49	0.131	145	0.1502	9707	X-RAY DIFFRACTION	99.01

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1564分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-非ポリマー , 6種, 1564分子

-詳細

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

-
非ポリマー , 6種, 1564分子

-
詳細

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)