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- PDB-6keb: Structure basis for Diltiazem block of a voltage-gated calcium channel -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6keb
タイトルStructure basis for Diltiazem block of a voltage-gated calcium channel
要素Ion transport protein
キーワードTRANSPORT PROTEIN / Tetrameric / Voltage-gated Ion Channel / Voltage-gated Calcium Channel Block / MEMBRANE PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


voltage-gated sodium channel complex / voltage-gated sodium channel activity / metal ion binding / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Voltage-gated cation channel calcium and sodium / Voltage-dependent channel domain superfamily / Ion transport domain / Ion transport protein
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D6C / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / Ion transport protein
類似検索 - 構成要素
生物種Arcobacter butzleri (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Tang, L.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)R01HL112808 米国
National Institutes of Health/National Institute of Dental and Craniofacial Research (NIH/NIDCR)R01NS015751 米国
Howard Hughes Medical Institute 米国
引用ジャーナル: Mol.Pharmacol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for Diltiazem Block of a Voltage-Gated Ca2+Channel.
著者: Tang, L. / Gamal El-Din, T.M. / Lenaeus, M.J. / Zheng, N. / Catterall, W.A.
履歴
登録2019年7月4日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年10月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年3月23日Group: Author supporting evidence / Database references / カテゴリ: database_2 / pdbx_audit_support
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22024年5月29日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ion transport protein
B: Ion transport protein
C: Ion transport protein
D: Ion transport protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,56519
ポリマ－131,9234
非ポリマー8,64215
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area18790 Å2
ΔGint-150 kcal/mol
Surface area45380 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)125.600, 125.630, 191.840
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質
Ion transport protein / CavAb


分子量: 32980.801 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arcobacter butzleri (バクテリア)
発現宿主: Trichoplusia ni (イラクサキンウワバ) / 参照: UniProt: A8EVM5
#2: 化合物
ChemComp-PX4 / 1,2-DIMYRISTOYL-SN-GLYCERO-3-PHOSPHOCHOLINE / O-(1-O,2-O-ジミリストイル-L-グリセロ-3-ホスホ)コリン


分子量: 678.940 Da / 分子数: 12 / 由来タイプ: 合成 / 式: C36H73NO8P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: DMPC, リン脂質*YM
#3: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-D6C / [(2~{S},3~{R})-5-[2-(dimethylamino)ethyl]-2-(4-methoxyphenyl)-4-oxidanylidene-2,3-dihydro-1,5-benzothiazepin-3-yl] ethanoate / l-trans-ジルチアゼム


分子量: 414.518 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C22H26N2O4S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.74 Å3/Da / 溶媒含有率: 78.56 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: CHAPSO:DMPC BICELLES,0.1M Na-citrate,pH5.0,2M Ammonium Sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.2.1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.528
11K, H, -L20.472
反射解像度: 3.2→30 Å / Num. obs: 45703 / % possible obs: 90.5 % / 冗長度: 5.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.137 / Net I/σ(I): 9.8
反射 シェル解像度: 3.2→3.37 Å / 冗長度: 5.2 % / Rmerge(I) obs: 0.592 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 6686 / CC1/2: 0.813 / % possible all: 91.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0151精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.2→29.85 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.836 / SU B: 12.206 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.13 / ESU R Free: 0.082 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2773 2296 5 %RANDOM
Rwork0.2435 ---
obs0.2452 43340 89.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 245.66 Å2 / Biso mean: 84.033 Å2 / Biso min: 21.06 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-26.62 Å20 Å20 Å2
2---1.81 Å2-0 Å2
3----24.82 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.2→29.85 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7269 0 195 5 7469
Biso mean--78.39 100.98 -
残基数----885
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.027656
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0060.027580
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7211.97310407
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.201317306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4685881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62521.864295
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.909151256
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.6641540
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0990.21241
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.028085
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.021881
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it6.4168.5793536
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other6.48.5783535
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it9.30812.8444413
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other9.30912.8464414
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.9248.4824120
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.9238.4824121
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.38512.6675995
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined12.01531113
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other12.01531114
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.2→3.281 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.613 160 -
Rwork0.441 3148 -
obs--89.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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