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万見
- PDB-6kdv: Crystal structure of TtCas1-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kdv
タイトルCrystal structure of TtCas1-DNA complex
要素
  • CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
  • DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
  • DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
キーワードDNA BINDING PROTEIN/DNA / CRISPR / Cas1 / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


maintenance of CRISPR repeat elements / DNA endonuclease activity / defense response to virus / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
CRISPR-associated protein Cas1, ECOLI subtype / CRISPR-associated protein Cas1, type I-E / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR-associated endonuclease Cas1, N-terminal domain / CRISPR-associated protein Cas1 / CRISPR-associated endonuclease Cas1, C-terminal domain / CRISPR associated protein Cas1 / Four Helix Bundle (Hemerythrin (Met), subunit A) / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA / DNA (> 10) / CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermus thermophilus (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多波長異常分散 / 解像度: 3.11 Å
データ登録者Wang, Y.L. / Li, J.Z. / Yang, J. / Wang, J.Y.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China31630015 中国
National Natural Science Foundation of China31725008 中国
引用ジャーナル: Sci China Life Sci / 年: 2020
タイトル: Crystal structure of Cas1 in complex with branched DNA.
著者: Yang, J. / Li, J. / Wang, J. / Sheng, G. / Wang, M. / Zhao, H. / Yang, Y. / Wang, Y.
履歴
登録2019年7月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年12月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')
G: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)172,0558
ポリマ－172,0558
非ポリマー00
水00
1
B: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
A: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
G: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
H: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0274
ポリマ－86,0274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10020 Å2
ΔGint-69 kcal/mol
Surface area26780 Å2
手法PISA
2
D: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
C: CRISPR-associated endonuclease Cas1 2
E: DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')
F: DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)86,0274
ポリマ－86,0274
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9300 Å2
ΔGint-66 kcal/mol
Surface area26660 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)116.547, 201.199, 77.660
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21
31
41
12
22

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A21 - 32
121(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A34 - 84
131(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A87 - 96
141(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A100 - 120
151(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A122 - 125
161(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A127
171(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A133 - 134
181(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A138
191(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A141 - 144
1101(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A146 - 157
1111(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A163 - 164
1121(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A174
1131(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A176 - 228
1141(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A231 - 242
1151(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A246 - 248
1161(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A250 - 260
1171(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A264
1181(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A267
1191(chain 'A' and (resid 21 through 32 or resid 34...A269 - 278
2201(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B21 - 32
2211(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B34 - 84
2221(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B87 - 96
2231(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B100 - 120
2241(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B122 - 125
2251(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B127
2261(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B133 - 134
2271(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B138
2281(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B141 - 144
2291(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B146 - 157
2301(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B163 - 164
2311(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B174
2321(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B176 - 228
2331(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B231 - 242
2341(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B246 - 248
2351(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B250 - 260
2361(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B264
2371(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B267
2381(chain 'B' and (resid 21 through 32 or resid 34...B269 - 278
3391(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C21 - 32
3401(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C34 - 84
3411(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C87 - 96
3421(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C100 - 120
3431(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C122 - 125
3441(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C127
3451(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C133 - 134
3461(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C138
3471(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C141 - 144
3481(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C146 - 157
3491(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C163 - 164
3501(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C174
3511(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C176 - 228
3521(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C231 - 242
3531(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C246 - 248
3541(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C250 - 260
3551(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C264
3561(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C267
3571(chain 'C' and (resid 21 through 32 or resid 34...C269 - 278
4581(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D21 - 32
4591(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D34 - 84
4601(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D87 - 96
4611(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D100 - 120
4621(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D122 - 125
4631(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D127
4641(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D133 - 134
4651(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D138
4661(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D141 - 144
4671(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D146 - 157
4681(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D163 - 164
4691(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D174
4701(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D176 - 228
4711(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D231 - 242
4721(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D246 - 248
4731(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D250 - 260
4741(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D264
4751(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D267
4761(chain 'D' and (resid 21 through 32 or resid 34...D269 - 278
1772chain 'E'E7 - 21
2782chain 'G'G7 - 21

NCSアンサンブル:
ID
1
2

-
要素

#1: タンパク質
CRISPR-associated endonuclease Cas1 2


分子量: 35999.703 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermus thermophilus (strain HB8 / ATCC 27634 / DSM 579) (バクテリア)
遺伝子: cas1-2, TTHB193 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q53WG8, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*AP*GP*TP*CP*GP*AP*TP*GP*CP*TP*GP*GP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*T)-3')


分子量: 7089.561 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*TP*CP*CP*AP*GP*CP*AP*TP*CP*GP*AP*CP*TP*C)-3')


分子量: 6938.479 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.65 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.52 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M ammonium chloride, 0.1M calcium chloride, 20% PEG 4000, 0.05M Tris-HCl
PH範囲: 8.0-9.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.97910,0.97937,0.96414
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月19日
放射プロトコル: MAD / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
ID波長 (Å)相対比
10.97911
20.979371
30.964141
反射解像度: 3.1→50 Å / Num. obs: 33449 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 18.1 % / Biso Wilson estimate: 115.47 Å2 / Rsym value: 0.13 / Net I/σ(I): 19
反射 シェル解像度: 3.1→3.15 Å / Num. unique obs: 1633 / Rsym value: 0.54

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 多波長異常分散 / 解像度: 3.11→19.89 Å / SU ML: 0.5937 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 33.6333
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2792 1698 5.1 %
Rwork0.2392 31596 -
obs0.2413 33294 99.17 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 121.34 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.11→19.89 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8107 1067 0 0 9174
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00699476
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.953613076
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.06051440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00561526
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d23.28263384
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.11-3.20.45071310.43272333X-RAY DIFFRACTION90.96
3.2-3.30.43221240.40012623X-RAY DIFFRACTION99.64
3.3-3.420.37581450.35862641X-RAY DIFFRACTION99.96
3.42-3.550.36641640.32562569X-RAY DIFFRACTION99.93
3.55-3.710.34721460.29882635X-RAY DIFFRACTION100
3.71-3.910.28651370.25672638X-RAY DIFFRACTION99.96
3.91-4.150.28011660.23022603X-RAY DIFFRACTION99.93
4.15-4.470.23371360.21462660X-RAY DIFFRACTION99.96
4.47-4.910.25631280.20112680X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.610.27721320.21862696X-RAY DIFFRACTION100
5.61-7.010.29391550.24212695X-RAY DIFFRACTION100
7.01-19.890.22711340.20282823X-RAY DIFFRACTION99.56

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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