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- PDB-6kcn: Crystal structure of plasmodium lysyl-tRNA synthetase in complex ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6kcn
タイトルCrystal structure of plasmodium lysyl-tRNA synthetase in complex with a cladosporin derivative 4
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE / Inhibitor / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 ...Bacterial/eukaryotic lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-D5F / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å
データ登録者Zhou, J. / Fang, P.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Science Foundation (China)21778064 中国
引用ジャーナル: Acs Chem.Biol. / 年: 2020
タイトル: Atomic Resolution Analyses of Isocoumarin Derivatives for Inhibition of Lysyl-tRNA Synthetase.
著者: Zhou, J. / Zheng, L. / Hei, Z. / Li, W. / Wang, J. / Yu, B. / Fang, P.
履歴
登録2019年6月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02020年4月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月6日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)241,23516
ポリマ－239,1254
非ポリマー2,11112
水15,853880
1
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6188
ポリマ－119,5622
非ポリマー1,0556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9730 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area39330 Å2
手法PISA
2
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)120,6188
ポリマ－119,5622
非ポリマー1,0556
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9740 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area38990 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.174, 89.920, 100.044
Angle α, β, γ (deg.)76.700, 72.950, 80.110
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase


分子量: 59781.133 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (isolate NF54) (マラリア病原虫)
株: isolate NF54 / 遺伝子: PFNF54_04763 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: W7JP72, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-D5F / 3-[[(1~{S},3~{S})-3-methylcyclohexyl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)isochromen-1-one


分子量: 288.338 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C17H20O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 880 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.31 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: tri-sodium citrate, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2019年3月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.2→50 Å / Num. obs: 107713 / % possible obs: 92 % / 冗長度: 3.4 % / Biso Wilson estimate: 30.15 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.104 / Rpim(I) all: 0.065 / Rrim(I) all: 0.124 / Χ2: 0.831 / Net I/σ(I): 4.5 / Num. measured all: 361081
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.2-2.283.20.506111520.6140.3310.6080.60195
2.28-2.373.20.4110150.820.2610.480.57694
2.37-2.483.20.345105000.8610.2240.4130.64390.3
2.48-2.613.30.281106510.8950.1790.3340.73391
2.61-2.773.40.234109880.9220.1480.2780.80193.6
2.77-2.993.40.175108600.9530.1090.2070.94292.7
2.99-3.293.40.135101350.9650.0850.161.1186.7
3.29-3.763.50.095108430.9770.0590.1121.14392.6
3.76-4.743.40.063105980.990.0390.0741.03290.4
4.74-503.60.047109710.9950.0280.0550.68394

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.13_2998精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.25データ抽出
HKL-3000データ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4YCV

4ycv


解像度: 2.2→49.057 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.95 / 位相誤差: 24.38 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2331 5310 4.96 %
Rwork0.1883 101803 -
obs0.1905 107113 91.98 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 134.75 Å2 / Biso mean: 38.1027 Å2 / Biso min: 19.18 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.2→49.057 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15820 0 108 880 16808
Biso mean--30.07 38.84 -
残基数----2002
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2-2.27860.28845640.2347104991106395
2.2786-2.36990.27035430.2221104251096894
2.3699-2.47770.2945110.226199321044390
2.4777-2.60840.28525190.2227101051062491
2.6084-2.77180.27425120.2175103811089394
2.7718-2.98570.25865880.2079102111079993
2.9857-3.28620.24395300.193995661009687
3.2862-3.76150.235290.1788102501077993
3.7615-4.73850.17855170.1496100191053690
4.7385-49.06950.20424970.1736104151091294
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 1.4697 Å / Origin y: 13.0838 Å / Origin z: 22.8897 Å
111213212223313233
T0.1952 Å2-0.0067 Å20.0196 Å2-0.2381 Å20.0294 Å2--0.2884 Å2
L0.0551 °20.037 °20.0475 °2-0.1531 °20.1076 °2--0.276 °2
S0.0095 Å °0.0003 Å °-0.0014 Å °-0.0132 Å °0.0066 Å °0.0115 Å °-0.0241 Å °-0.0054 Å °-0.0134 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA78 - 582
2X-RAY DIFFRACTION1allB79 - 582
3X-RAY DIFFRACTION1allC78 - 582
4X-RAY DIFFRACTION1allD78 - 582
5X-RAY DIFFRACTION1allE1 - 4
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 917
7X-RAY DIFFRACTION1allG1 - 3
8X-RAY DIFFRACTION1allG4
9X-RAY DIFFRACTION1allK1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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