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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6kck | ||||||
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タイトル | Crystal structure of Plasmodium falciparum HPPK-DHPS wild type with pterin and p-hydroxybenzoate | ||||||
要素 | 7,8-dihydro-6-hydroxymethylpterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase | ||||||
キーワード | TRANSFERASE / TIM barrel / kinase | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 2-amino-4-hydroxy-6-hydroxymethyldihydropteridine diphosphokinase activity / dihydropteroate synthase activity / folic acid biosynthetic process / mitochondrial envelope / tetrahydrofolate biosynthetic process / kinase activity / ATP binding / metal ion binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å | ||||||
Model details | Crystal structure of Plasmodium falciparum HPPK-DHPS wild type with Pteroate | ||||||
データ登録者 | Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Yuthavong, Y. | ||||||
資金援助 | タイ, 1件
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引用 | ジャーナル: Febs J. / 年: 2020 タイトル: The structure of Plasmodium falciparum hydroxymethyldihydropterin pyrophosphokinase-dihydropteroate synthase reveals the basis of sulfa resistance. 著者: Chitnumsub, P. / Jaruwat, A. / Talawanich, Y. / Noytanom, K. / Liwnaree, B. / Poen, S. / Yuthavong, Y. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6kck.cif.gz | 254.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6kck.ent.gz | 199.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6kck.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kck ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/kc/6kck | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 6jwqC 6jwrSC 6jwsC 6jwtC 6jwuC 6jwvC 6jwwC 6jwxC 6jwyC 6jwzC 6kclC 6kcmC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 2分子 AB
#1: タンパク質 | 分子量: 85957.492 Da / 分子数: 2 / 断片: HPPK-DHPS / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: PPPK-DHPS / プラスミド: pET29a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 Rosetta(DE3)pLysS / 参照: UniProt: Q25704 |
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-非ポリマー , 8種, 251分子
#2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | #7: 化合物 | #8: 化合物 | #9: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.82 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.4 % / Mosaicity: 0.582 ° |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 9 詳細: 0.1 M bicine buffer pH 9.0, 0.5-0.6 M Ca acetate and 20%w/v PEG4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年11月21日 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 2.5→30 Å / Num. obs: 66864 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.6 % / Rmerge(I) obs: 0.036 / Rpim(I) all: 0.019 / Rrim(I) all: 0.041 / Χ2: 0.845 / Net I/σ(I): 20.4 / Num. measured all: 308938 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6JWR 解像度: 2.5→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.932 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / SU B: 6.508 / SU ML: 0.152 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.376 / ESU R Free: 0.268 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.4 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 120 Å2 / Biso mean: 44.676 Å2 / Biso min: 7.66 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.5→30 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.5→2.553 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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